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- PDB-9ofh: Extended conformation of dusk state KaiC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ofh
タイトルExtended conformation of dusk state KaiC
要素Circadian clock oscillator protein KaiC
キーワードCIRCADIAN CLOCK PROTEIN / AAA ATPase / circadian oscillator / kinase / phosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of phosphorelay signal transduction system / negative regulation of circadian rhythm / entrainment of circadian clock / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / circadian rhythm / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity ...regulation of phosphorelay signal transduction system / negative regulation of circadian rhythm / entrainment of circadian clock / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / circadian rhythm / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Circadian clock KaiC, bacteria / : / Circadian clock protein kinase KaiC / : / : / KaiC domain / KaiC domain profile. / KaiC-like domain / KaiC / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Circadian clock oscillator protein KaiC
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus elongatus (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Dzimianski, J.V. / Crosby, P. / Balasco Serrao, V.H. / Partch, C.L.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM141849 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Extended conformation of dusk state KaiC
著者: Dzimianski, J.V. / Crosby, P. / Balasco Serrao, V.H. / Partch, C.L.
履歴
登録2025年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月14日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月14日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月14日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月14日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月14日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月14日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月14日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月14日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Circadian clock oscillator protein KaiC
B: Circadian clock oscillator protein KaiC
C: Circadian clock oscillator protein KaiC
D: Circadian clock oscillator protein KaiC
E: Circadian clock oscillator protein KaiC
F: Circadian clock oscillator protein KaiC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)361,21730
ポリマ－354,8396
非ポリマー6,37824
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "F"
d_2ens_1chain "B"
d_3ens_1chain "A"
d_4ens_1chain "D"
d_5ens_1chain "E"
d_6ens_1chain "C"

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ALAALAILEILEFF17 - 49725 - 505
d_12ATPATPATPATPFAA1001
d_13ATPATPATPATPFBA1002
d_14MGMGMGMGFCA1003
d_21ALAALAILEILEBB17 - 49725 - 505
d_22ATPATPATPATPBK1001
d_23ATPATPATPATPBL1002
d_24MGMGMGMGBM1003
d_31ALAALAILEILEAA17 - 49725 - 505
d_32ATPATPATPATPAG1001
d_33ATPATPATPATPAH1002
d_34MGMGMGMGAI1003
d_41ALAALAILEILEDD17 - 49725 - 505
d_42ATPATPATPATPDS1001
d_43ATPATPATPATPDT1002
d_44MGMGMGMGDU1003
d_51ALAALAILEILEEE17 - 49725 - 505
d_52ATPATPATPATPEW1001
d_53ATPATPATPATPEX1002
d_54MGMGMGMGEY1003
d_61ALAALAILEILECC17 - 49725 - 505
d_62ATPATPATPATPCO1001
d_63ATPATPATPATPCP1002
d_64MGMGMGMGCQ1003

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.499993115233, -0.86602937794, -3.55671694044E-5), (0.866029377672, -0.499993112262, -6.85538575745E-5), (4.15863149057E-5, -6.50786703947E-5, 0.999999997018)268.380124995, 71.9576056731, 0.00265520306471
2given(0.50000196609, -0.866024268265, -2.61051077063E-5), (0.866024267639, 0.500001966737, -3.34447140819E-5), (4.20165392352E-5, -5.88523398673E-6, 0.9999999991)154.960042693, -41.4949996558, -0.00381508024671
3given(-0.500164379883, 0.865930445286, 0.00023879383083), (-0.865930476506, -0.500164377187, -7.5170589523E-5), (5.43436656151E-5, -0.000244376507012, 0.999999968663)71.8655304464, 268.411007762, 0.0240289535845
4given(0.499977566304, 0.866038354531, 4.09032479566E-5), (-0.866038354795, 0.499977567243, -1.66531215731E-5), (-3.48729484107E-5, -2.70975943706E-5, 0.999999999025)-41.5435893625, 154.94833685, 0.00699277587609
5given(-0.999999999848, 1.60743869088E-5, 6.77370332571E-6), (-1.60750022931E-5, -0.999999995743, -9.08587557575E-5), (6.77224279808E-6, -9.0858864631E-5, 0.999999995849)226.828122483, 226.911507518, 0.0094372674312

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要素

#1: タンパク質
Circadian clock oscillator protein KaiC


分子量: 59139.801 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus elongatus (バクテリア)
遺伝子: kaiC, Synpcc7942_1216, see0011 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q79PF4, non-specific serine/threonine protein kinase, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: KaiC hexamer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Synechococcus elongatus (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 15001

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.2.1粒子像選択
2SerialEM4.1画像取得
4cryoSPARC4.2.1CTF補正
7UCSF ChimeraX1.8モデルフィッティング
9Coot0.9.8.95モデル精密化
10ISOLDE1.8モデル精密化
11PHENIX1.21.2_5419モデル精密化
12cryoSPARC4.4.1初期オイラー角割当
13cryoSPARC4.4.1最終オイラー角割当
14cryoSPARC4.4.1分類
15cryoSPARC4.4.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 5642652
対称性点対称性: C6 (6回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.59 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 501579 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築PDB-ID: 8JON

8jon


Accession code: 8JON / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 48.07 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.001422722
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.364130684
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03963438
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00263894
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.63838742
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2FFELECTRON MICROSCOPYNCS constraints8.08054786058E-13
ens_1d_3FFELECTRON MICROSCOPYNCS constraints5.07144714819E-13
ens_1d_4FFELECTRON MICROSCOPYNCS constraints5.64063211343E-13
ens_1d_5FFELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.67940727639E-12
ens_1d_6FFELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.31854598203E-10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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