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- PDB-9of4: Structure of the Acinetobacter baumannii Response Regulator PmrA ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9of4
タイトルStructure of the Acinetobacter baumannii Response Regulator PmrA Receiver Domain M12I Mutation
要素PmrA
キーワードTRANSCRIPTION / Response regulator / two component system / Polymyxin resistance / Resistant mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay response regulator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / cytosol
類似検索 - 分子機能
OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Jaimes, F.E. / Milton, M.E. / Hondros, A.D. / Cavanagh, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI136904 米国
引用ジャーナル: Microorganisms / 年: 2025
タイトル: PmrA Mutations in Drug-Resistant Acinetobacter baumannii Affect Sensor Kinase-Response Regulator Interaction and Phosphotransfer
著者: Jaimes, F.E. / Hondros, A.D. / Kinkead, J. / Milton, M.E. / Thompson, R.J. / Figg, A.M. / Melander, C. / Cavanagh, J.
履歴
登録2025年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PmrA
B: PmrA
C: PmrA
D: PmrA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6756
ポリマ－57,6274
非ポリマー492
水1,58588
1
A: PmrA
B: PmrA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8383
ポリマ－28,8132
非ポリマー241
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: PmrA
D: PmrA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8383
ポリマ－28,8132
非ポリマー241
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.575, 59.450, 93.930
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.068, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
PmrA / Transcriptional regulator / Two-component system DNA-binding response regulator / Two-component ...Transcriptional regulator / Two-component system DNA-binding response regulator / Two-component system response regulator QseB


分子量: 14406.647 Da / 分子数: 4 / 変異: M12I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: pmrA, basR_1, basR_2, qseB, qseB_2, A7M90_18170, ABR2091_2956, ABUW_0828, AUO97_02740, B9W25_09955, B9X95_17090, CBE85_16420, DWA16_01580, EJ062_06180, F2P40_15420, F4T83_01935, FJU42_ ...遺伝子: pmrA, basR_1, basR_2, qseB, qseB_2, A7M90_18170, ABR2091_2956, ABUW_0828, AUO97_02740, B9W25_09955, B9X95_17090, CBE85_16420, DWA16_01580, EJ062_06180, F2P40_15420, F4T83_01935, FJU42_11495, FPK81_16510, FQZ18_03960, G3N53_18550, GNY86_16835, GSE42_16350, IAG11_11965, IHV20_16245, J6E47_03800, JHZ39_002196, LV35_02798, MKP18_003095, SAMEA104305318_02859, SAMEA4394745_03473
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: E2FGC2
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶溶媒含有率: 34.19 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 0.2 M MgCl2, 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→50 Å / Num. obs: 107064 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 25.28 Å2 / CC1/2: 0.986 / CC star: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Rpim(I) all: 0.069 / Rrim(I) all: 0.149 / Rsym value: 0.131 / Net I/σ(I): 25.693
反射 シェル解像度: 2.07→2.11 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.444 / Mean I/σ(I) obs: 4.723 / Num. unique obs: 1205 / CC1/2: 0.817 / CC star: 0.948 / Rpim(I) all: 0.26 / Rrim(I) all: 0.518 / Rsym value: 0.444 / % possible all: 93.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER1.19.2_4158位相決定
PHENIX1.19.2_4158精密化
JBluIce-EPICSデータ収集
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.08→38.57 Å / SU ML: 0.2396 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 29.5967
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2786 1990 8.04 %
Rwork0.2223 22757 -
obs0.2266 24747 95.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.08→38.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3942 0 2 88 4032
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00263994
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5435396
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0411638
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0168692
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.9426530
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.08-2.130.35581320.27031434X-RAY DIFFRACTION85.02
2.13-2.190.30121400.26471617X-RAY DIFFRACTION96.01
2.19-2.250.29151390.25641615X-RAY DIFFRACTION95.85
2.25-2.320.28711460.25391634X-RAY DIFFRACTION96.63
2.32-2.40.34781440.24631663X-RAY DIFFRACTION96.58
2.41-2.50.26841470.25041605X-RAY DIFFRACTION96.9
2.5-2.620.30081450.25921651X-RAY DIFFRACTION97.13
2.62-2.750.29281480.24671661X-RAY DIFFRACTION97.57
2.75-2.930.32091430.24881628X-RAY DIFFRACTION97.31
2.93-3.150.25981390.23121641X-RAY DIFFRACTION96.53
3.15-3.470.2461470.22091687X-RAY DIFFRACTION97.29
3.47-3.970.25371350.20191598X-RAY DIFFRACTION94.85
3.97-50.25381380.17111638X-RAY DIFFRACTION94.67
5-38.570.2741470.20721685X-RAY DIFFRACTION95.77

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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