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- PDB-9oev: HalA I151N with lysine, succinate, chloride, and vanadium(IV)-oxo -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9oev
タイトルHalA I151N with lysine, succinate, chloride, and vanadium(IV)-oxo
要素Lysine halogenase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Halogenase / Fe/2OG oxidase
機能・相同性: / Halogenase D / LYSINE / SUCCINIC ACID / VANADIUM ION / oxovanadium(2+) / ArpA protein
機能・相同性情報
生物種Actinoplanes teichomyceticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Kissman, E.N. / Chang, M.C.Y.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DOE/LBL DEAC02-05CH11231 FWP CH030201 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM134271 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Dynamic metal coordination controls chemoselectivity in a radical halogenase
著者: Kissman, E.N. / Kipouros, I. / Slater, J.W. / Stone, E.A. / Yang, A.Y. / Braun, A. / Ensberg, A.R. / Whitten, A.M. / Chatterjee, K. / Bogacz, I. / Yano, J. / Bollinger Jr, J.M. / Chang, M.C.Y.
履歴
登録2025年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine halogenase
B: Lysine halogenase
C: Lysine halogenase
D: Lysine halogenase
E: Lysine halogenase
F: Lysine halogenase
G: Lysine halogenase
H: Lysine halogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,42139
ポリマ－238,5318
非ポリマー2,89031
水7,981443
1
A: Lysine halogenase
D: Lysine halogenase
G: Lysine halogenase
H: Lysine halogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,68519
ポリマ－119,2654
非ポリマー1,41915
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Lysine halogenase
C: Lysine halogenase
E: Lysine halogenase
F: Lysine halogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,73620
ポリマ－119,2654
非ポリマー1,47116
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)146.604, 146.604, 286.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-460-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Lysine halogenase


分子量: 29816.352 Da / 分子数: 8 / 変異: I151N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Actinoplanes teichomyceticus (バクテリア)
遺伝子: FHX34_1011265 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A561WR11

-
非ポリマー , 6種, 474分子

#2: 化合物
ChemComp-LYS / LYSINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID


分子量: 118.088 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-VVO / oxovanadium(2+)


分子量: 66.941 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: OV / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-V / VANADIUM ION


分子量: 50.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: V / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 443 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.53 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: HalA I151N crystals were obtained by the hanging drop vapor diffusion method by combining equal volumes of protein solution (HalA I151N (5 mg/ml), lysine (50 mM, pH 7), sodium succinate (20 ...詳細: HalA I151N crystals were obtained by the hanging drop vapor diffusion method by combining equal volumes of protein solution (HalA I151N (5 mg/ml), lysine (50 mM, pH 7), sodium succinate (20 mM, pH 7), sodium chloride (100 mM) and vanadium(IV) oxide sulfate hydrate (1 mM)) and reservoir solution (potassium phosphate monobasic (40 mM), 20% (w/v) PEG 8000, 15% (v/v) glycerol)

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11583 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11583 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→116.09 Å / Num. obs: 119209 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 10.38 % / CC1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.224 / Rpim(I) all: 0.108 / Rrim(I) all: 0.249 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.17→2.248 Å / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 1.599 / Mean I/σ(I) obs: 1.69 / Num. unique obs: 11791 / CC1/2: 0.586 / CC star: 0.86 / Rpim(I) all: 0.5135 / Rrim(I) all: 1.681 / % possible all: 96.99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21rc1_5156精密化
PDB_EXTRACT4.3データ抽出
XDSJune 1, 2017データ削減
Aimless0.7.9データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.17→95.05 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 35.49 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2148 6067 5.09 %
Rwork0.189 --
obs0.2177 119201 98.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.17→95.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15666 0 166 443 16275
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00216162
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.44821995
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2735747
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0392502
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072857
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.17-2.210.32662800.28735582X-RAY DIFFRACTION92
2.21-2.250.31463160.29015609X-RAY DIFFRACTION92
2.25-2.290.36723260.2885567X-RAY DIFFRACTION92
2.29-2.340.31252890.28635643X-RAY DIFFRACTION93
2.34-2.390.33222800.27335615X-RAY DIFFRACTION93
2.39-2.440.35312930.28155654X-RAY DIFFRACTION93
2.44-2.510.31993140.27995608X-RAY DIFFRACTION92
2.51-2.570.29432630.25955668X-RAY DIFFRACTION93
2.57-2.650.33542740.26225654X-RAY DIFFRACTION93
2.65-2.730.29233280.24965641X-RAY DIFFRACTION92
2.73-2.830.30863150.24425646X-RAY DIFFRACTION93
2.83-2.950.27293070.23595650X-RAY DIFFRACTION93
2.95-3.080.23793700.22225592X-RAY DIFFRACTION92
3.08-3.240.26862530.21175728X-RAY DIFFRACTION94
3.24-3.440.23193400.20595640X-RAY DIFFRACTION93
3.44-3.710.20932810.19935714X-RAY DIFFRACTION94
3.71-4.080.21973330.18145699X-RAY DIFFRACTION93
4.08-4.670.16882860.16315738X-RAY DIFFRACTION94
4.68-5.890.17412980.17065744X-RAY DIFFRACTION94
5.89-95.050.19733000.1855763X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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