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万見
- PDB-9od9: Structure of disulfide-stabilized IL-18 variant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9od9
タイトルStructure of disulfide-stabilized IL-18 variant
要素Interleukin-18
キーワードCYTOKINE / protein structure
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-18 receptor binding / Interleukin-18 signaling / positive regulation of tissue remodeling / positive regulation of T-helper 1 cell cytokine production / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / positive regulation of interleukin-13 production / interleukin-18-mediated signaling pathway / positive regulation of neuroinflammatory response / neutrophil activation / negative regulation of myoblast differentiation ...interleukin-18 receptor binding / Interleukin-18 signaling / positive regulation of tissue remodeling / positive regulation of T-helper 1 cell cytokine production / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / positive regulation of interleukin-13 production / interleukin-18-mediated signaling pathway / positive regulation of neuroinflammatory response / neutrophil activation / negative regulation of myoblast differentiation / Interleukin-1 processing / sleep / positive regulation of NK T cell proliferation / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / natural killer cell activation / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / type 2 immune response / triglyceride homeostasis / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / T-helper 1 type immune response / natural killer cell mediated cytotoxicity / Interleukin-10 signaling / positive regulation of interleukin-17 production / positive regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of natural killer cell proliferation / Pyroptosis / establishment of skin barrier / regulation of cell adhesion / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / positive regulation of chemokine production / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / cholesterol homeostasis / cytokine activity / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of type II interferon production / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of inflammatory response / cell-cell signaling / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cellular response to lipopolysaccharide / angiogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / cell population proliferation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / inflammatory response / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能
Interleukin-18 / Interleukin-1 family / Interleukin-1 / 18 / Cytokine IL1/FGF
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Sun, D. / Masureel, M. / Bainbridge, T. / Bulutoglu, B.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J Immunother Cancer / 年: 2025
タイトル: Engineered IL-18 variants with half-life extension and improved stability for cancer immunotherapy.
著者: Bainbridge, T.W. / Wang, L. / Moskalenko, M. / Herrera, R. / Paluch, M.T. / Sun, D. / Tasneem, K. / Saini, H. / Sadek, M. / Kwong, M. / Kim, Y.M. / Bhatt, J.M. / Tam, C. / Chan, P.P.F. / ...著者: Bainbridge, T.W. / Wang, L. / Moskalenko, M. / Herrera, R. / Paluch, M.T. / Sun, D. / Tasneem, K. / Saini, H. / Sadek, M. / Kwong, M. / Kim, Y.M. / Bhatt, J.M. / Tam, C. / Chan, P.P.F. / Ovacik, A.M. / Masureel, M. / Zhao, Y. / Sockolosky, J.T. / Qu, Y. / West, N.R. / Bulutoglu, B.
履歴
登録2025年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-18


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1641
ポリマ－19,1641
非ポリマー00
水2,198122
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.821, 70.821, 88.660
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
Space group name HallP61
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-18 / IL-18 / Iboctadekin / Interferon gamma-inducing factor / IFN-gamma-inducing factor / Interleukin-1 ...IL-18 / Iboctadekin / Interferon gamma-inducing factor / IFN-gamma-inducing factor / Interleukin-1 gamma / IL-1 gamma


分子量: 19163.521 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL18, IGIF, IL1F4 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14116
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.28 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M sodium citrate, pH 5.0, 20% PEG 600

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50.44 Å / Num. obs: 32207 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 10.4 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 22.9
反射 シェル解像度: 1.6→1.627 Å / Num. unique obs: 1652 / CC1/2: 0.857

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20rc3-4406精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→35.93 Å / SU ML: 0.1458 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.5882
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1878 1561 4.85 %
Rwork0.1706 30614 -
obs0.1713 32175 96.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 35.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→35.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1277 0 0 122 1399
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00611298
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89771739
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0652187
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052229
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.0335169
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.650.20731390.23342862X-RAY DIFFRACTION99.34
1.65-1.710.27921570.21332824X-RAY DIFFRACTION99.57
1.71-1.780.26681550.22432867X-RAY DIFFRACTION99.67
1.78-1.860.22651420.19462877X-RAY DIFFRACTION99.74
1.86-1.960.20141490.17492540X-RAY DIFFRACTION89.39
1.96-2.080.21441580.17832600X-RAY DIFFRACTION91.29
2.08-2.240.24441250.17582878X-RAY DIFFRACTION99.97
2.24-2.470.21551210.1842727X-RAY DIFFRACTION93.53
2.47-2.820.19941530.19062745X-RAY DIFFRACTION96.44
2.82-3.560.16461550.16572817X-RAY DIFFRACTION97.51
3.56-35.930.14961070.14652877X-RAY DIFFRACTION97.14
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9380605179280.0960138355825-0.8029888217440.860515717801-0.6269716606983.772677513490.02800194736440.1164574563190.0921237882681-0.03941363630830.09944271333330.0414560738117-0.11917460607-0.154110416486-0.1321099894990.196919750114-0.0007412035259760.0004379674579420.221865799420.01568511585120.24251909361225.737884736323.5948145469-2.64885847843
23.21100326426-0.7420680718850.2713234020382.363361263880.2053702645754.24454378690.0681342349233-0.02018781449510.0127956818773-0.02430901013640.009037553051490.0583767793591-0.0338409045715-0.258899308946-0.05869879809870.151797118755-0.01229373109960.005076875122310.1609000513450.008560888466560.17058003545323.328653664918.50249136768.42256079138
33.133910276830.0670029796352-1.448802592942.919534629960.2411980373644.21317119279-0.1833901447010.492279592724-0.226594868439-0.4217837069290.2256567867520.3832849473260.809963452396-0.550784936314-0.1183646390990.297279115956-0.123210474134-0.03609481961110.29729510863-0.004800302777280.30283412989519.77413057910.1753093018-2.4986680325
45.20120793977-1.8273664928-1.088438755465.19554775662-0.4650331638966.02555297123-0.00423703530892-0.045250425953-0.1772477159390.2955888889360.01679886335410.4453993275560.241614024116-0.1021918541310.05731633563680.1832445916610.03015226532830.02889679364720.21114548922-0.007756222598640.15664266525331.226349846912.8971943308-1.15329327838
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 37 through 90 )37 - 901 - 54
22chain 'A' and (resid 91 through 153 )91 - 15355 - 117
33chain 'A' and (resid 154 through 176 )154 - 176118 - 140
44chain 'A' and (resid 177 through 194 )177 - 194141 - 158

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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