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万見
- PDB-9o8u: (1-methylalkyl)succinate synthase alpha-beta-gamma-delta complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9o8u
タイトル(1-methylalkyl)succinate synthase alpha-beta-gamma-delta complex with bound fumarate
要素
  • (1-methyl alkyl succinate synthase subunit ...) x 3
  • MasB protein
キーワードLYASE / glycyl radical enzyme / (1-methylalkyl)succinate synthase / X-succinate synthase / alkylsuccinate synthase / Hydrocarbon degradation / fumarate addition
機能・相同性
機能・相同性情報


lyase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Benzylsuccinate synthase gamma subunit / Benzylsuccinate synthase gamma subunit superfamily / BssC/TutF protein / : / Pyruvate formate lyase domain / Pyruvate formate lyase-like / Pyruvate formate-lyase domain profile. / Glycine radical / Formate C-acetyltransferase glycine radical, conserved site / Glycine radical domain signature. ...Benzylsuccinate synthase gamma subunit / Benzylsuccinate synthase gamma subunit superfamily / BssC/TutF protein / : / Pyruvate formate lyase domain / Pyruvate formate lyase-like / Pyruvate formate-lyase domain profile. / Glycine radical / Formate C-acetyltransferase glycine radical, conserved site / Glycine radical domain signature. / Glycine radical domain / Glycine radical domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / : / FUMARIC ACID / IRON/SULFUR CLUSTER / MasB protein / 1-methyl alkyl succinate synthase subunit MasC / 1-methyl alkyl succinate synthase subunit MasD / 1-methyl alkyl succinate synthase subunit Mas E
類似検索 - 構成要素
生物種Azoarcus sp. HxN1 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Andorfer, M.C. / Drennan, C.L.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM126982 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM129882 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM145910 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: Structural basis for anaerobic alkane activation by a multisubunit glycyl radical enzyme.
著者: Mary C Andorfer / Talya S Levitz / Jian Liu / Ankush Chakraborty / Devin T King-Roberts / Delight Nweneka / Christa N Imrich / Catherine L Drennan /
要旨: X-succinate synthases (XSSs) are glycyl radical enzymes (GREs) that catalyze the addition of hydrocarbons to fumarate via radical chemistry, thereby activating them for microbial metabolism. To date, ...X-succinate synthases (XSSs) are glycyl radical enzymes (GREs) that catalyze the addition of hydrocarbons to fumarate via radical chemistry, thereby activating them for microbial metabolism. To date, the only structurally characterized XSS is benzylsuccinate synthase (BSS), which functionalizes toluene. A distinct subclass of XSSs acts on saturated hydrocarbons, which possess much stronger C(sp)-H bonds than toluene, suggesting mechanistic and structural differences from BSS. Here, we use cryogenic electron microscopy to determine the structure of one such enzyme, (1-methylalkyl)succinate synthase (MASS) from strain HxN1, which functionalizes -alkanes (C6-C8). The structure reveals an asymmetric dimer in which both sides contain a catalytic α-subunit and accessory γ-subunit. One α-subunit also binds two additional subunits, β and δ. The β-subunit binds a [4Fe-4S] cluster and adopts a fold similar to BSSβ. The β-subunit appears to regulate the flexibility of the α-subunit to enable opening of the active site, affording the binding of -alkane substrates. The δ-subunit, which lacks homology to known GRE subunits, adopts a rubredoxin-like fold that binds a single Fe ion, an architecture not previously reported for GREs. MASSδ occupies the same region of the α-subunit as the activating enzyme (AE) and may regulate the conformational changes required for glycyl radical installation. Structural comparisons between MASS and BSS reveal differences in how fumarate is bound and show amino acid substitutions that could account for the binding of alkanes versus toluene. Together, this structure offers insight into anaerobic alkane activation via fumarate addition.
履歴
登録2025年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月23日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月23日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月23日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月23日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月23日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月23日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月23日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月23日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年8月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1-methyl alkyl succinate synthase subunit MasD
B: MasB protein
C: 1-methyl alkyl succinate synthase subunit MasC
D: 1-methyl alkyl succinate synthase subunit Mas E
E: 1-methyl alkyl succinate synthase subunit MasD
F: 1-methyl alkyl succinate synthase subunit MasC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,77012
ポリマ－229,3896
非ポリマー1,3816
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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1-methyl alkyl succinate synthase subunit ... , 3種, 5分子 AECFD

#1: タンパク質 1-methyl alkyl succinate synthase subunit MasD / (1-methylalkyl)succinate synthase alpha chain


分子量: 97053.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Azoarcus sp. HxN1 (バクテリア) / 遺伝子: masD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NiCo21(DE3) / 参照: UniProt: A9J4K4
#3: タンパク質 1-methyl alkyl succinate synthase subunit MasC / (1-methylalkyl)succinate synthase gamma chain


分子量: 6894.553 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Azoarcus sp. HxN1 (バクテリア) / 遺伝子: masC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NiCo21(DE3) / 参照: UniProt: A9J4K2
#4: タンパク質 1-methyl alkyl succinate synthase subunit Mas E / (1-methylalkyl)succinate synthase delta chain


分子量: 8033.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Azoarcus sp. HxN1 (バクテリア) / 遺伝子: masE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NiCo21(DE3) / 参照: UniProt: A9J4K6

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タンパク質 , 1種, 1分子 B

#2: タンパク質 MasB protein / (1-methylalkyl)succinate synthase beta chain


分子量: 13460.091 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Azoarcus sp. HxN1 (バクテリア) / 遺伝子: masB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NiCo21(DE3) / 参照: UniProt: A9J4K0

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非ポリマー , 4種, 6分子

#5: 化合物 ChemComp-FUM / FUMARIC ACID


分子量: 116.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Heterodimer complex of MASS alpha with beta, gamma, delta subunits
タイプ: COMPLEX
詳細: one alpha subunits binds beta, gamma, delta subunits, and the other alpha subunit bind only gamma subunits.
Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.229 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Azoarcus sp. HxN1 (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: NiCo21-DE3
緩衝液pH: 8
詳細: 50 mM HEPES pH 8.0, 300 mM NaCl, 1 mM Fumarate, 1 mM DTT
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
150 mMHEPES1
2300 mMSodium Chloride1
31 mMFumarate1
41 mMDTT1
試料濃度: 0.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 1.42 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
7UCSF ChimeraXモデルフィッティング
12RELION4３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 356678 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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