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万見
- PDB-9o4g: Cryo-EM structure of the CHSY3-CHPF1 chondroitin synthase heterodimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9o4g
タイトルCryo-EM structure of the CHSY3-CHPF1 chondroitin synthase heterodimer
要素
  • Chondroitin sulfate synthase 2
  • Chondroitin sulfate synthase 3
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / TRANSFERASE / Chondroitin sulfate / Chondroitin sulfate synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


glucuronosyl-N-acetylgalactosaminyl-proteoglycan 4-beta-N-acetylgalactosaminyltransferase / N-acetylgalactosaminyl-proteoglycan 3-beta-glucuronosyltransferase / glucuronosyl-N-acetylgalactosaminyl-proteoglycan 4-beta-N-acetylgalactosaminyltransferase activity / N-acetylgalactosaminyl-proteoglycan 3-beta-glucuronosyltransferase activity / CS-GAG biosynthesis / chondroitin sulfate proteoglycan biosynthetic process / Golgi cisterna membrane / mitochondrial matrix / Golgi membrane / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Chondroitin N-acetylgalactosaminyltransferase / : / Chondroitin N-acetylgalactosaminyltransferase / Nucleotide-diphospho-sugar transferases
類似検索 - ドメイン・相同性
: / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Chondroitin sulfate synthase 3 / Chondroitin sulfate synthase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Human adenovirus sp. (ヒトアデノウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.42 Å
データ登録者Tehari, D. / Cortiella, N. / Perez, C. / Moremen, K.
資金援助 米国, スイス, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM154846 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM130915 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103390 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM158187 米国
Swiss National Science Foundation310030_207974 スイス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis of chondroitin sulfate backbone polymer synthesis
著者: Tehari, D. / Cortiella, N. / Perez, C. / Moremen, K.W.
履歴
登録2025年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chondroitin sulfate synthase 3
B: Chondroitin sulfate synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,5985
ポリマ－179,0842
非ポリマー5143
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Chondroitin sulfate synthase 3 / Carbohydrate synthase 2 / Chondroitin glucuronyltransferase 3 / Chondroitin synthase 2 / ChSy-2 / ...Carbohydrate synthase 2 / Chondroitin glucuronyltransferase 3 / Chondroitin synthase 2 / ChSy-2 / Glucuronosyl-N-acetylgalactosaminyl-proteoglycan 4-beta-N-acetylgalactosaminyltransferase II / N-acetylgalactosaminyl-proteoglycan 3-beta-glucuronosyltransferase 3 / N-acetylgalactosaminyltransferase 3


分子量: 97018.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human adenovirus sp. (ヒトアデノウイルス)
遺伝子: CHSY3, CHSY2, CSS3 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q70JA7, glucuronosyl-N-acetylgalactosaminyl-proteoglycan 4-beta-N-acetylgalactosaminyltransferase, N-acetylgalactosaminyl-proteoglycan 3-beta-glucuronosyltransferase
#2: タンパク質 Chondroitin sulfate synthase 2 / Chondroitin glucuronyltransferase 2 / Chondroitin-polymerizing factor / ChPF / Glucuronosyl-N- ...Chondroitin glucuronyltransferase 2 / Chondroitin-polymerizing factor / ChPF / Glucuronosyl-N-acetylgalactosaminyl-proteoglycan 4-beta-N-acetylgalactosaminyltransferase II / N-acetylgalactosaminyl-proteoglycan 3-beta-glucuronosyltransferase II / N-acetylgalactosaminyltransferase 2


分子量: 82065.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHPF, CSS2, UNQ651/PRO1281 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q8IZ52, glucuronosyl-N-acetylgalactosaminyl-proteoglycan 4-beta-N-acetylgalactosaminyltransferase, N-acetylgalactosaminyl-proteoglycan 3-beta-glucuronosyltransferase
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: CHSY3-CHPF1 heterocomplex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HEK293
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS TALOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm
撮影電子線照射量: 54.9 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
4cryoSPARC4.5.1CTF補正
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.42 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 163527 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.42 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00311266
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.53815273
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.6751525
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0411636
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0052004

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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