PDB-9o3b: PKM2 bound to MCTI-566

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9o3b

タイトル

PKM2 bound to MCTI-566

要素

Pyruvate kinase PKM

キーワード

TRANSFERASE / activator / pyruvate kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / programmed cell death / Pyruvate metabolism / positive regulation of cytoplasmic translation / histone H3T11 kinase activity / canonical glycolysis / Glycolysis / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.416 Å

データ登録者

Stuckey, J.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Transl Vis Sci Technol / 年: 2025
タイトル: A Novel, Long-Acting, Small Molecule PKM2 Activator and Its Potential Broad Application Against Photoreceptor Degeneration.
著者: Pan, W.W. / Weh, K.M. / Chaudhury, S. / Fernando, R. / Hager, H. / Wen, B. / Chinnaswamy, K. / Stuckey, J.A. / Rech, J.C. / Besirli, C.G. / Weh, E. / Wubben, T.J.

履歴

登録	2025年4月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb9o3b.ent.gz		表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9o3b_validation.pdf.gz	3.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9o3b_full_validation.pdf.gz	3.3 MB	表示
XML形式データ	9o3b_validation.xml.gz	166.5 KB	表示
CIF形式データ	9o3b_validation.cif.gz	218.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o3/9o3b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o3/9o3b	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (15) #102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pyruvate kinase PKM

B: Pyruvate kinase PKM

C: Pyruvate kinase PKM

D: Pyruvate kinase PKM

E: Pyruvate kinase PKM

F: Pyruvate kinase PKM

G: Pyruvate kinase PKM

H: Pyruvate kinase PKM

ヘテロ分子

485 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Pyruvate kinase PKM

B: Pyruvate kinase PKM

C: Pyruvate kinase PKM

D: Pyruvate kinase PKM

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
242 kDa, 4 ポリマー
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2

E: Pyruvate kinase PKM

F: Pyruvate kinase PKM

G: Pyruvate kinase PKM

H: Pyruvate kinase PKM

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
242 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	80.807, 93.855, 153.660
Angle α, β, γ (deg.)	89.73, 89.68, 75.79
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 12分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質

Pyruvate kinase PKM / Cytosolic thyroid hormone-binding protein / CTHBP / Opa-interacting protein 3 / OIP-3 / Pyruvate ...

分子量: 60050.102 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PKM, OIP3, PK2, PK3, PKM2 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14618, pyruvate kinase

#2: 糖

ChemComp-FBP / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / BETA-FRUCTOSE-1,6-DIPHOSPHATE / FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス1,6-ビスりん酸

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 340.116 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₁₂P₂

-
非ポリマー , 6種, 1198分子

#3: 化合物	ChemComp-OXL / OXALATE ION / しゅう酸ジアニオン分子量: 88.019 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂O₄
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物	ChemComp-A1B77 / 7-[(dimethylamino)methyl]-8-fluoro-5-methyl-3-[(6-methylpyridin-2-yl)methyl]-3,5-dihydro-4H-pyridazino[4,5-b]indol-4-one 分子量: 379.431 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₂FN₅O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.11 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 5 uL of protein complex solution and 5 uL of well solution containing 0.1 M MES pH 6.5 and 25% polyethylene glycol 6000.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: MAR CCD 300 mm / 検出器: CCD / 日付: 2022年12月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.416→50 Å / Num. obs: 165005 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 45.55 Å² / CC_1/2: 0.991 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.072 / R_pim(I) all: 0.042 / R_rim(I) all: 0.084 / Χ²: 0.82 / Net I/σ(I): 9.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.42-2.46	3.8	0.922	8245	0.607	0.869	0.542	1.071	0.78	97.8
2.46-2.51	3.8	0.759	8208	0.696	0.906	0.446	0.881	0.787	97.9
2.51-2.55	3.8	0.649	8169	0.758	0.929	0.381	0.753	0.802	98
2.55-2.61	3.9	0.567	8262	0.797	0.942	0.332	0.658	0.826	98
2.61-2.66	3.9	0.477	8107	0.852	0.959	0.279	0.552	0.82	98
2.66-2.73	3.9	0.405	8217	0.884	0.969	0.237	0.47	0.855	98.2
2.73-2.79	3.9	0.32	8239	0.919	0.979	0.187	0.371	0.881	98.2
2.79-2.87	3.9	0.279	8193	0.935	0.983	0.163	0.323	0.886	98.3
2.87-2.95	3.9	0.226	8231	0.955	0.988	0.132	0.262	0.907	98.4
2.95-3.05	3.9	0.181	8275	0.965	0.991	0.106	0.21	0.954	98.5
3.05-3.16	3.9	0.146	8247	0.976	0.994	0.085	0.169	0.953	98.7
3.16-3.28	4	0.113	8262	0.982	0.995	0.065	0.13	0.967	98.7
3.28-3.43	4	0.087	8249	0.987	0.997	0.05	0.1	0.994	98.8
3.43-3.61	4	0.07	8327	0.99	0.997	0.041	0.081	1.011	98.9
3.61-3.84	3.9	0.058	8315	0.991	0.998	0.034	0.067	1.036	99.1
3.84-4.14	3.9	0.046	8238	0.993	0.998	0.027	0.053	0.888	99.1
4.14-4.55	3.9	0.035	8267	0.995	0.999	0.021	0.041	0.697	98.9
4.55-5.21	3.9	0.03	8315	0.996	0.999	0.018	0.035	0.549	99.3
5.21-6.56	3.8	0.027	8309	0.995	0.999	0.016	0.032	0.436	99.5
6.56-50	3.8	0.022	8330	0.997	0.999	0.013	0.026	0.334	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.4 (8-JUN-2022)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
MOLREP		位相決定
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.416→45.49 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU R Cruickshank DPI: 0.501 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.454 / SU R_free Blow DPI: 0.246 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.253
詳細: HYDROGENS WERE FULLY REFINED WITH ZERO OCCUPANCY AT NUCLEAR POSITION.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2263	7818	5.02 %	RANDOM
R_work	0.1858	-	-	-
obs	0.1878	155831	92.9 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.46 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.8586 Å²	0.982 Å²	0.8423 Å²
2-	-	2.8301 Å²	0.7964 Å²
3-	-	-	-3.6887 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.28 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.416→45.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	30397	0	268	1172	31837

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.007	31591	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.9	43122	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		10782	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		5637	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		31294	HARMONIC	10
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.73
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	16.32
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		4310	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		26510	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.42→2.45 Å / Total num. of bins used: 51

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3305	135	4.33 %
R_work	0.2488	2982	-
all	0.2525	3117	-
obs	-	-	51.4 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2329	-0.0297	0.13	0.9836	-0.1946	0.5833	0.2853	0.1098	0.3684	-0.1461	-0.0538	0.1472	-0.3442	-0.0235	-0.2315	0.002	0.1	0.0816	-0.0517	0.0731	0.006	-24.9722	25.1287	6.735
2	7.2669	1.3118	-0.1531	11.5968	7.172	18.5334	-0.0452	-1.6817	-0.1061	0.8497	-0.0894	0.6015	0.3428	-0.808	0.1346	-0.4307	-0.0371	0.1836	0.5804	-0.0461	-0.4347	-29.0718	18.7927	42.1056
3	1.1699	-0.1132	-0.3419	0.3692	0.3626	0.9403	0.1694	0.1341	0.1148	-0.1105	-0.0641	0.1439	-0.0925	-0.1449	-0.1053	-0.0453	0.0696	0.0032	0.0255	0.0756	0.0106	-25.1361	13.7497	4.4998
4	2.1311	0.5256	0.1948	0.8052	0.6413	0.9841	0.2505	-0.437	0.173	0.0711	0.0382	0.018	0.0283	0.0486	-0.2887	-0.0697	-0.0266	0.1114	0.0853	-0.091	-0.078	4.3862	18.4092	31.1563
5	5.4074	1.9378	0.7732	5.2338	1.0877	1.9791	-0.0817	0.1244	1.63	-0.258	-0.0558	0.8459	-0.6153	0.2189	0.1375	-0.1284	0.0136	0.2282	-0.4226	0.1467	0.7068	-1.7006	51.0009	11.1034
6	1.2679	-0.1908	-0.0391	0.785	0.0117	0.2951	0.2081	-0.2298	0.1725	0.0027	-0.0677	-0.0331	-0.0319	0.1332	-0.1404	-0.0945	-0.0518	0.0998	0.0894	-0.0405	-0.0141	10.6459	15.6589	21.7886
7	1.159	-0.5184	0.527	1.1195	0.0813	0.6511	0.151	0.212	-0.3111	-0.3538	-0.112	0.1476	0.039	-0.4033	-0.039	0.1754	0.0177	-0.0054	0.0152	-0.1355	-0.2123	-3.8851	-16.988	-30.5568
8	4.6394	0.2368	-0.452	8.4	0.6339	5.781	0.2232	0.1829	0.0363	-0.1998	-0.13	-0.5551	-0.6158	0.6866	-0.0931	-0.1081	-0.0762	0.151	0.0876	-0.0495	-0.1912	31.1894	-19.1803	-39.8831
9	0.9265	-0.5365	-0.3312	0.9558	-0.1226	0.5998	0.0327	0.2506	-0.0161	-0.4343	-0.0961	0.0139	0.0586	-0.2446	0.0634	0.183	0.0592	-0.0173	0.0696	-0.0314	-0.1989	-2.6564	-6.3512	-27.6141
10	0.3734	-0.9604	0.2846	2.5536	-0.425	2.44	-0.0479	0.1344	0.1708	-0.1593	-0.0406	-0.4387	0.4858	0.4042	0.0885	0.0906	0.1714	0.119	-0.1146	0.0131	-0.0498	24.3908	-25.4641	-5.9293
11	7.2204	0.193	-0.6815	8.2377	1.4173	6.8183	0.1079	0.5398	-0.815	-0.5289	-0.0905	0.4225	0.9461	-0.4519	-0.0174	0.566	-0.4054	0.1175	-0.3632	-0.1388	-0.2514	-5.9972	-48.6403	-15.6196
12	0.2687	0.1912	0.1539	1.3412	0.8326	1.6407	-0.0157	-0.09	-0.0628	0.0529	-0.0647	-0.2397	0.4392	0.1042	0.0804	0.1356	0.0828	0.085	-0.0802	0.0555	-0.0649	16.9527	-22.919	2.1566
13	2.0526	0.3769	-0.212	0.4866	-0.3199	0.8199	0.2364	-0.4294	-0.1559	0.0796	0.0238	-0.0423	-0.0301	-0.0329	-0.2602	-0.0814	-0.0174	-0.099	0.0911	0.1092	-0.0756	-33.0267	26.8628	-45.5841
14	7.8884	-0.092	-0.4324	9.3107	0.0803	2.9346	-0.1926	-0.059	-1.6675	-0.3151	0.011	-0.8697	0.6621	-0.1183	0.1817	-0.1742	0.0082	-0.1196	-0.4764	-0.0995	0.6741	-27.0957	-5.7641	-65.7147
15	1.2379	-0.1284	0.0277	0.7605	0.0188	0.298	0.2026	-0.2238	-0.1902	0.0067	-0.0399	0.036	0.0159	-0.1188	-0.1628	-0.0926	-0.0343	-0.0926	0.0881	0.0708	-0.0153	-39.3436	29.6055	-54.9075
16	1.7549	0.1959	-0.0373	0.6188	0.069	0.5464	0.291	0.1298	-0.425	-0.1265	-0.0802	-0.1353	0.3074	0.0128	-0.2108	0.0063	0.1164	-0.1052	-0.0439	-0.078	0.0056	-3.7937	20.0939	-70.0756
17	6.4832	0.0562	0.8693	9.7121	-7.0623	18.2833	-0.0521	-1.5531	0.0557	0.7163	-0.1558	-0.4438	-0.3889	0.841	0.2079	-0.4596	-0.0313	-0.1282	0.6289	0.1519	-0.4071	0.5818	26.6102	-34.7512
18	1.0898	-0.1127	0.2526	0.4227	-0.398	0.6735	0.1769	0.1164	-0.107	-0.1223	-0.06	-0.1245	0.0802	0.1262	-0.117	-0.0258	0.0762	-0.0152	0.0296	-0.0644	-0.0044	-3.6852	31.442	-72.4156
19	0.8343	-1.063	-0.2683	2.3206	0.1385	2.1337	-0.0265	0.1098	-0.1552	-0.0892	-0.04	0.4221	-0.4499	-0.3679	0.0664	0.1057	0.1849	-0.0959	-0.1034	-0.0065	-0.0922	-53.2833	70.5914	-82.6463
20	6.0693	0.568	-0.3256	8.0724	-1.4942	4.8002	0.081	0.4457	0.7153	-0.4896	-0.1619	-0.3872	-0.9557	0.4974	0.0809	0.5787	-0.3998	-0.0558	-0.3615	0.158	-0.2156	-22.985	93.7621	-92.5483
21	0.2995	0.1622	-0.1872	1.1889	-0.7758	1.5857	-0.0165	-0.1028	0.044	0.0652	-0.0405	0.2283	-0.4359	-0.1133	0.057	0.1448	0.089	-0.0661	-0.083	-0.0367	-0.0615	-45.8791	67.9336	-74.4948
22	1.1344	-0.3847	-0.5164	1.0483	0.0347	0.6168	0.0635	0.2128	0.3072	-0.3035	-0.1018	-0.0812	-0.0941	0.4126	0.0384	0.1231	0.0154	-0.0048	0.0488	0.1496	-0.2023	-25.2061	61.8689	-107.2635
23	5.5524	0.9392	-0.2823	8.0897	-0.7899	4.8015	0.2084	0.2883	0.0195	-0.152	-0.0171	0.5377	0.5792	-0.5471	-0.1913	-0.0965	-0.0668	-0.1415	0.073	0.0896	-0.2022	-60.4558	64.0501	-116.5153
24	0.8435	-0.5317	0.2551	0.97	0.2039	0.5411	0.0678	0.2294	0.0101	-0.4421	-0.0938	-0.0329	-0.0987	0.2046	0.026	0.1817	0.0632	0.0159	0.0634	0.0224	-0.1916	-26.3824	51.3329	-104.469

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|13 - 117}
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|118 - 217}
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|218 - 531}
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{B\|14 - 117}
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{B\|118 - 217}
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{B\|218 - 531}
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{C\|11 - 117}
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{C\|118 - 217}
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{C\|218 - 531}
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{D\|14 - 117}
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{D\|118 - 217}
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{D\|218 - 531}
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{E\|14 - 117}
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{E\|118 - 217}
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{E\|218 - 531}
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{F\|13 - 117}
17	X-RAY DIFFRACTION	17	{F\|118 - 217}
18	X-RAY DIFFRACTION	18	{F\|218 - 531}
19	X-RAY DIFFRACTION	19	{G\|14 - 117}
20	X-RAY DIFFRACTION	20	{G\|118 - 217}
21	X-RAY DIFFRACTION	21	{G\|218 - 531}
22	X-RAY DIFFRACTION	22	{H\|11 - 117}
23	X-RAY DIFFRACTION	23	{H\|118 - 217}
24	X-RAY DIFFRACTION	24	{H\|218 - 531}

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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