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Yorodumi- PDB-9o15: Crystal Structure of BCL-2 (G101V) mutant in complex with a stapl... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 9o15 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal Structure of BCL-2 (G101V) mutant in complex with a stapled BAD BH3 peptide BAD SAHB 4.2 | ||||||
Components |
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Keywords | APOPTOSIS / Apoptosis regulator / stapled peptide | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationnegative regulation of cellular pH reduction / negative regulation of retinal cell programmed cell death / pigment granule organization / CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / BAD-BCL-2 complex / positive regulation of skeletal muscle fiber development / regulation of glycoprotein biosynthetic process / positive regulation of melanocyte differentiation / channel inhibitor activity / melanin metabolic process ...negative regulation of cellular pH reduction / negative regulation of retinal cell programmed cell death / pigment granule organization / CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / BAD-BCL-2 complex / positive regulation of skeletal muscle fiber development / regulation of glycoprotein biosynthetic process / positive regulation of melanocyte differentiation / channel inhibitor activity / melanin metabolic process / positive regulation of neuron maturation / myeloid cell apoptotic process / cochlear nucleus development / osteoblast proliferation / mesenchymal cell development / retinal cell programmed cell death / negative regulation of osteoblast proliferation / stem cell development / gland morphogenesis / apoptotic process in bone marrow cell / renal system process / regulation of cell-matrix adhesion / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / ear development / negative regulation of calcium ion transport into cytosol / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / lymphoid progenitor cell differentiation / melanocyte differentiation / T cell apoptotic process / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / regulation of nitrogen utilization / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / glomerulus development / focal adhesion assembly / regulation of transmembrane transporter activity / negative regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / oocyte development / B cell apoptotic process / metanephros development / neuron maturation / negative regulation of motor neuron apoptotic process / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / positive regulation of multicellular organism growth / regulation of viral genome replication / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / negative regulation of execution phase of apoptosis / regulation of mitochondrial membrane permeability / fertilization / regulation of growth / calcium ion transport into cytosol / negative regulation of ossification / response to UV-B / response to iron ion / negative regulation of mitochondrial depolarization / epithelial cell apoptotic process / Bcl-2 family protein complex / axon regeneration / motor neuron apoptotic process / positive regulation of smooth muscle cell migration / smooth muscle cell migration / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / negative regulation of B cell apoptotic process / organ growth / hair follicle morphogenesis / branching involved in ureteric bud morphogenesis / response to cycloheximide / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / B cell lineage commitment / hepatocyte apoptotic process / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / digestive tract morphogenesis / cellular response to alkaloid / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / pore complex / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / germ cell development / apoptotic mitochondrial changes / negative regulation of reproductive process / BH3 domain binding / negative regulation of developmental process / T cell homeostasis / regulation of calcium ion transport / B cell homeostasis / humoral immune response / B cell proliferation / negative regulation of anoikis / negative regulation of apoptotic signaling pathway / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / Activation of BAD and translocation to mitochondria Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.99 Å | ||||||
Authors | Seo, H.-S. / DeAngelo, T.M. / Bird, G.H. / Walensky, L.D. / Dhe-Paganon, S. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2025Title: Structural insights into chemoresistance mutants of BCL-2 and their targeting by stapled BAD BH3 helices. Authors: DeAngelo, T.M. / Adhikary, U. / Korshavn, K.J. / Seo, H.S. / Brotzen-Smith, C.R. / Camara, C.M. / Dhe-Paganon, S. / Bird, G.H. / Wales, T.E. / Walensky, L.D. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 9o15.cif.gz | 440 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb9o15.ent.gz | 364 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 9o15.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o1/9o15 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o1/9o15 | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 9o14C ![]() 9o16C C: citing same article ( |
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| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 19399.637 Da / Num. of mol.: 6 / Mutation: G101V Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: BCL2, BCL2L1, BCL2L, BCLX / Production host: ![]() #2: Protein/peptide | Mass: 2781.196 Da / Num. of mol.: 8 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Homo sapiens (human)#3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.02 Å3/Da / Density % sol: 39.23 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 30% Tacsimate, pH 7.0 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS-II / Beamline: 17-ID-2 / Wavelength: 0.9793 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 2, 2024 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.99→43.23 Å / Num. obs: 76944 / % possible obs: 98.7 % / Redundancy: 7.7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.161 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.172 / Net I/σ(I): 8.7 / Num. measured all: 589974 |
| Reflection shell | Resolution: 1.99→2.02 Å / % possible obs: 97.8 % / Redundancy: 8 % / Rmerge(I) obs: 2.087 / Num. measured all: 29745 / Num. unique obs: 3737 / CC1/2: 0.349 / Rpim(I) all: 0.781 / Rrim(I) all: 2.23 / Net I/σ(I) obs: 0.9 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.99→43.23 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 22.54 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.99→43.23 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
|
Movie
Controller
About Yorodumi



Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
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PDBj














