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- PDB-9o0y: Co-crystal structure of human TREX1 in complex with an inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9o0y
タイトルCo-crystal structure of human TREX1 in complex with an inhibitor
要素Three-prime repair exonuclease 1
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / TREX1 / SGC / TRANSPORT PROTEIN / Structural Genomics / PSI-Biology / Structural Genomics Consortium / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation by TREX1 / immune response in brain or nervous system / adenyl deoxyribonucleotide binding / : / immune complex formation / activation of immune response / DNA synthesis involved in UV-damage excision repair / atrial cardiac muscle tissue development / T cell antigen processing and presentation / MutSalpha complex binding ...Regulation by TREX1 / immune response in brain or nervous system / adenyl deoxyribonucleotide binding / : / immune complex formation / activation of immune response / DNA synthesis involved in UV-damage excision repair / atrial cardiac muscle tissue development / T cell antigen processing and presentation / MutSalpha complex binding / retrotransposition / oligosaccharyltransferase complex / DNA modification / regulation of lipid biosynthetic process / regulation of fatty acid metabolic process / regulation of protein complex stability / cellular response to hydroxyurea / heart process / lymphoid progenitor cell differentiation / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / exodeoxyribonuclease III / regulation of type I interferon production / regulation of lysosome organization / 3'-5'-DNA exonuclease activity / regulation of cellular respiration / MutLalpha complex binding / regulation of tumor necrosis factor production / macrophage activation involved in immune response / inflammatory response to antigenic stimulus / IRF3-mediated induction of type I IFN / DNA catabolic process / regulation of immunoglobulin production / apoptotic cell clearance / regulation of T cell activation / DNA binding, bending / regulation of glycolytic process / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / type I interferon-mediated signaling pathway / WW domain binding / DNA metabolic process / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / blood vessel development / nuclear replication fork / mismatch repair / heart morphogenesis / cellular response to interferon-beta / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / 3'-5' exonuclease activity / negative regulation of innate immune response / kidney development / generation of precursor metabolites and energy / determination of adult lifespan / cellular response to reactive oxygen species / establishment of protein localization / cellular response to gamma radiation / protein-DNA complex / nuclear envelope / single-stranded DNA binding / regulation of inflammatory response / double-stranded DNA binding / DNA recombination / defense response to virus / DNA replication / protein stabilization / DNA repair / endoplasmic reticulum membrane / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Three-prime repair exonuclease 1/2 / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Three-prime repair exonuclease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Dehghani-Tafti, S. / Dong, A. / Li, Y. / Ackloo, S. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Other private カナダ
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Co-crystal structure of human TREX1 in complex with an inhibitor
著者: Dehghani-Tafti, S. / Dong, A. / Li, Y. / Ackloo, S. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2025年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Three-prime repair exonuclease 1
B: Three-prime repair exonuclease 1
C: Three-prime repair exonuclease 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,05219
ポリマ－75,5103
非ポリマー1,54316
水8,989499
1
A: Three-prime repair exonuclease 1
ヘテロ分子

A: Three-prime repair exonuclease 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,32712
ポリマ－50,3402
非ポリマー98710
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area4150 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area17050 Å2
手法PISA
2
B: Three-prime repair exonuclease 1
C: Three-prime repair exonuclease 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,38913
ポリマ－50,3402
非ポリマー1,04911
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3840 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area16760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.422, 153.254, 140.513
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-500-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Three-prime repair exonuclease 1 / 3'-5' exonuclease TREX1 / Deoxyribonuclease III / DNase III


分子量: 25169.863 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TREX1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NSU2, exodeoxyribonuclease III

-
非ポリマー , 5種, 515分子

#2: 化合物 ChemComp-A1B7T / N-[(2,3-dichlorophenyl)methyl]-3,5-difluoro-N-[(pyridin-3-yl)methyl]benzamide


分子量: 407.241 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H14Cl2F2N2O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 6 / 由来タイプ: 合成
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 499 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.43 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20% PEG 600, 0.15M KSCN, 0.1M Tris 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 133196 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.1 % / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.089 / Χ2: 0.978 / Net I/σ(I): 7.5 / Num. measured all: 1481276
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.5-1.539.30.97165890.7550.9280.3281.0260.72199.9
1.53-1.5510.60.82466060.8540.960.2640.8660.725100
1.55-1.5811.40.70766020.9060.9750.2190.7410.73100
1.58-1.6211.40.64666100.910.9760.20.6770.742100
1.62-1.6511.30.55466300.9280.9810.1730.5810.752100
1.65-1.6911.20.47265850.9480.9870.1480.4950.768100
1.69-1.73110.38465970.9610.990.1210.4030.791100
1.73-1.7810.30.30466230.9720.9930.0990.3210.812100
1.78-1.8310.50.24166350.980.9950.0780.2540.85199.9
1.83-1.8911.80.266120.9890.9970.0610.2090.871100
1.89-1.9611.80.16366290.9930.9980.050.1710.918100
1.96-2.0411.70.13866490.9950.9990.0420.1440.936100
2.04-2.1311.50.11266450.9950.9990.0350.1180.993100
2.13-2.2411.40.09166400.9970.9990.0280.0951.038100
2.24-2.3811.10.08166760.9970.9990.0260.0851.09399.9
2.38-2.569.90.07366670.9970.9990.0240.0771.14799.9
2.56-2.82120.06766940.9980.9990.020.071.227100
2.82-3.23120.05967470.99810.0180.0621.356100
3.23-4.0711.50.05367650.99810.0160.0551.45399.9
4.07-5010.80.05169950.9980.9990.0160.0541.50199.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→49.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 1.967 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.058 / ESU R Free: 0.053 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1679 2663 2 %RANDOM
Rwork0.14291 ---
obs0.1434 130475 99.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.601 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.73 Å20 Å2-0 Å2
2---0.47 Å20 Å2
3----0.27 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.5→49.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4843 0 106 499 5448
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0125298
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0164961
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2561.8147276
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4641.72611453
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8215688
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg6.225532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.45910762
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2826
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026456
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021144
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.6892.0542704
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.6852.0542704
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.0153.6673408
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.0153.6683409
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8372.1992594
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.8362.1992595
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.0913.993869
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined12.48123.345930
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.19421.215765
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.062310259
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.538 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 191 -
Rwork0.241 9335 -
obs--97.74 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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