+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 9ava | ||||||
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Title | Co-crystal structure of human TREX1 in complex with an inhibitor | ||||||
Components | Three-prime repair exonuclease 1 | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / TREX1 / SGC | ||||||
Function / homology | Function and homology information Regulation by TREX1 / immune response in brain or nervous system / adenyl deoxyribonucleotide binding / CD86 biosynthetic process / immune complex formation / atrial cardiac muscle tissue development / activation of immune response / DNA synthesis involved in UV-damage excision repair / T cell antigen processing and presentation / MutSalpha complex binding ...Regulation by TREX1 / immune response in brain or nervous system / adenyl deoxyribonucleotide binding / CD86 biosynthetic process / immune complex formation / atrial cardiac muscle tissue development / activation of immune response / DNA synthesis involved in UV-damage excision repair / T cell antigen processing and presentation / MutSalpha complex binding / retrotransposition / oligosaccharyltransferase complex / regulation of lysosome organization / regulation of fatty acid metabolic process / regulation of lipid biosynthetic process / DNA modification / WW domain binding / heart process / MutLalpha complex binding / regulation of protein complex stability / cellular response to hydroxyurea / lymphoid progenitor cell differentiation / regulation of type I interferon production / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / exodeoxyribonuclease III / macrophage activation involved in immune response / regulation of tumor necrosis factor production / IRF3-mediated induction of type I IFN / regulation of cellular respiration / inflammatory response to antigenic stimulus / DNA catabolic process / regulation of immunoglobulin production / apoptotic cell clearance / 3'-5'-DNA exonuclease activity / regulation of T cell activation / regulation of glycolytic process / DNA binding, bending / DNA duplex unwinding / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / DNA metabolic process / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / type I interferon-mediated signaling pathway / blood vessel development / nuclear replication fork / cellular response to interferon-beta / mismatch repair / heart morphogenesis / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / 3'-5' exonuclease activity / negative regulation of innate immune response / kidney development / generation of precursor metabolites and energy / determination of adult lifespan / protein-DNA complex / establishment of protein localization / cellular response to gamma radiation / cellular response to reactive oxygen species / single-stranded DNA binding / nuclear envelope / regulation of inflammatory response / double-stranded DNA binding / DNA recombination / defense response to virus / DNA replication / protein stabilization / DNA repair / endoplasmic reticulum membrane / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / metal ion binding / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Dehghani-Tafti, S. / Dong, A. / Li, Y. / Xu, J. / Ackloo, S. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: To be published Title: Co-crystal structure of human TREX1 in complex with an inhibitor Authors: Dehghani-Tafti, S. / Dong, A. / Li, Y. / Xu, J. / Ackloo, S. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 9ava.cif.gz | 982.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb9ava.ent.gz | Display | PDB format | |
PDBx/mmJSON format | 9ava.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/9ava ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/9ava | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8vl7C C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 24817.555 Da / Num. of mol.: 12 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: TREX1 / Cell (production host): BL21(DE3)V2R-pRARE2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q9NSU2, exodeoxyribonuclease III #2: Chemical | ChemComp-K / #3: Chemical | ChemComp-A1AG1 / ( Mass: 545.544 Da / Num. of mol.: 12 / Source method: obtained synthetically / Formula: C29H38Cl2N4O2 / Feature type: SUBJECT OF INVESTIGATION #4: Chemical | ChemComp-UNX / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.95 Å3/Da / Density % sol: 58.34 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 200mM KBr, 8% PEG 20K, 8% PEG 550 MME, 100mM Tris [pH 7.5] |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.97911 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Nov 24, 2021 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97911 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.3→50 Å / Num. obs: 151765 / % possible obs: 98.2 % / Redundancy: 4 % / CC1/2: 0.982 / CC star: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.167 / Rpim(I) all: 0.094 / Rrim(I) all: 0.193 / Χ2: 1.525 / Net I/σ(I): 7.6 / Num. measured all: 602739 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU R Cruickshank DPI: 0.252 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.246 / SU Rfree Blow DPI: 0.199 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.203
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Displacement parameters | Biso mean: 33.73 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.3 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.3→35 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.3→2.32 Å / Total num. of bins used: 50
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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