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- PDB-9o0v: Crystal structure of CRAF/MEK1 complex with PLX4720, CH5126766, a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9o0v
タイトルCrystal structure of CRAF/MEK1 complex with PLX4720, CH5126766, and AMPPNP
要素
  • Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
  • RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
キーワードTRANSFERASE / CRAF-MEK1 complex / MAPK pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


death-inducing signaling complex assembly / epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / positive regulation of endodermal cell differentiation / negative regulation of homotypic cell-cell adhesion / negative regulation of hypoxia-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of vascular associated smooth muscle contraction / intermediate filament cytoskeleton organization / mitogen-activated protein kinase kinase / placenta blood vessel development / positive regulation of muscle contraction ...death-inducing signaling complex assembly / epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / positive regulation of endodermal cell differentiation / negative regulation of homotypic cell-cell adhesion / negative regulation of hypoxia-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of vascular associated smooth muscle contraction / intermediate filament cytoskeleton organization / mitogen-activated protein kinase kinase / placenta blood vessel development / positive regulation of muscle contraction / Golgi inheritance / MAP-kinase scaffold activity / regulation of axon regeneration / cerebellar cortex formation / labyrinthine layer development / regulation of Rho protein signal transduction / melanosome transport / type B pancreatic cell proliferation / Signaling by MAP2K mutants / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / Rap1 signalling / vesicle transport along microtubule / positive regulation of axonogenesis / positive regulation of Ras protein signal transduction / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / regulation of Golgi inheritance / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / central nervous system neuron differentiation / triglyceride homeostasis / trachea formation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / regulation of early endosome to late endosome transport / IFNG signaling activates MAPKs / regulation of stress-activated MAPK cascade / Frs2-mediated activation / GP1b-IX-V activation signalling / MAPK3 (ERK1) activation / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / face development / pseudopodium / endodermal cell differentiation / MAP kinase kinase activity / Bergmann glial cell differentiation / positive regulation of ATP biosynthetic process / regulation of cell differentiation / thyroid gland development / Uptake and function of anthrax toxins / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / somatic stem cell population maintenance / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / MAP kinase kinase kinase activity / protein kinase activator activity / type II interferon-mediated signaling pathway / Schwann cell development / response to axon injury / negative regulation of protein-containing complex assembly / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / keratinocyte differentiation / neuron projection morphogenesis / response to muscle stretch / ERK1 and ERK2 cascade / myelination / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / positive regulation of autophagy / CD209 (DC-SIGN) signaling / dendrite cytoplasm / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / response to glucocorticoid / thymus development / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / adenylate cyclase activator activity / protein serine/threonine kinase activator activity / Signal transduction by L1 / cell motility / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / wound healing / RAF activation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / small GTPase binding / Stimuli-sensing channels / neuron differentiation / chemotaxis / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / cellular senescence / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / insulin receptor signaling pathway / late endosome / MAPK cascade / heart development / response to oxidative stress / protein tyrosine kinase activity
類似検索 - 分子機能
: / Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. ...: / Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-324 / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Chem-CHU / RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase / Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Jang, D.M. / Eck, M.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R35CA242461-06 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Characterization and inhibitor sensitivity of ARAF, BRAF, and CRAF kinases.
著者: Tkacik, E. / Jang, D.M. / Boxer, K. / Ha, B.H. / Eck, M.J.
履歴
登録2025年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年10月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22025年11月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
B: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
C: RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
D: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
E: RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
F: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
G: RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
H: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)307,89320
ポリマ－302,3278
非ポリマー5,56612
水1448
1
A: RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
B: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,9735
ポリマ－75,5822
非ポリマー1,3913
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
D: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,9735
ポリマ－75,5822
非ポリマー1,3913
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
F: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,9735
ポリマ－75,5822
非ポリマー1,3913
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
H: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,9735
ポリマ－75,5822
非ポリマー1,3913
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)180.936, 180.936, 366.828
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Space group name HallP652(x,y,z+1/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+1/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+5/6
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 341 through 359 or (resid 360...
d_2ens_1(chain "C" and (resid 341 through 392 or (resid 393...
d_3ens_1(chain "E" and (resid 341 through 359 or (resid 360...
d_4ens_1(chain "G" and (resid 341 through 392 or (resid 393...
d_1ens_2(chain "B" and (resid 31 through 37 or (resid 38...
d_2ens_2(chain "D" and (resid 31 through 37 or (resid 38...
d_3ens_2(chain "F" and (resid 31 through 77 or resid 80...
d_4ens_2(chain "H" and (resid 31 through 37 or (resid 38...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
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d_43ens_2CHUCHUCHUCHUHS401
d_44ens_2ANPANPANPANPHT402

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.980233726164, -0.133278971299, 0.14621408243), (0.0237933284418, -0.813092583504, -0.581647941776), (0.196407025366, -0.566672009596, 0.800191923183)-59.3930058738, 149.5016499, 53.7062008787
2given(0.977383422437, 0.0881486988385, -0.192227605817), (-0.186489643391, -0.0693426399137, -0.980006740384), (-0.0997158886694, 0.993690799587, -0.0513355273079)36.1901551301, 78.9723181345, -85.7248772254
3given(-0.99644664795, -0.082580503283, -0.0165691963024), (-0.0437413480369, 0.675487075491, -0.736073301592), (0.0719775816522, -0.732733015035, -0.676699014642)-19.394922266, 23.2304981884, 61.5624374385
4given(-0.989674348766, -0.1278481036, 0.0648039026583), (0.0668821430384, -0.811784998344, -0.580113691794), (0.126773271381, -0.569789416249, 0.811953544726)-60.2038381798, 151.393950076, 50.9920279169
5given(0.956650090111, 0.152838106929, -0.247913529604), (-0.239362938727, -0.0723097244986, -0.968233797854), (-0.165909579753, 0.985602260962, -0.0325913260336)32.2325852928, 76.8544239707, -86.9950858192
6given(-0.979495477154, -0.19925673576, -0.0297550582087), (-0.126623251015, 0.72374587108, -0.678349811231), (0.156700869611, -0.660672889825, -0.734136343)-12.7430613648, 18.4082218658, 60.3204673038

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase / Proto-oncogene c-RAF / cRaf / Raf-1


分子量: 32005.803 Da / 分子数: 4 / 変異: Y340D, Y341D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAF1, RAF
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P04049, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質
Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1 / MAP kinase kinase 1 / MAPKK 1 / MKK1 / ERK activator kinase 1 / MAPK/ERK kinase 1 / MEK 1


分子量: 43576.039 Da / 分子数: 4 / 変異: S218A, S222A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP2K1, MEK1, PRKMK1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q02750, mitogen-activated protein kinase kinase

-
非ポリマー , 4種, 20分子

#3: 化合物
ChemComp-324 / N-{3-[(5-chloro-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)carbonyl]-2,4-difluorophenyl}propane-1-sulfonamide


分子量: 413.826 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H14ClF2N3O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-CHU / N-(3-fluoro-4-{[4-methyl-2-oxo-7-(pyrimidin-2-yloxy)-2H-chromen-3-yl]methyl}pyridin-2-yl)-N'-methylsulfuric diamide / CH5126766


分子量: 471.462 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C21H18FN5O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER


分子量: 506.196 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C10H17N6O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.09 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 18% PEG 3350, 0.1 M Sodium citrate pH 5.6, 4% Tacsimate pH 5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9202 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9202 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→48.2 Å / Num. obs: 45366 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 96.69 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 15.57
反射 シェル解像度: 3.5→3.58 Å / 冗長度: 6.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.09 / Num. unique obs: 3155 / CC1/2: 0.726 / % possible all: 96.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.5→48.03 Å / SU ML: 0.4265 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.2176
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2537 2269 5 %
Rwork0.2054 43094 -
obs0.2078 45363 99.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 107.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→48.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18490 0 364 8 18862
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003619277
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.824626046
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05292834
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00613289
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.94697344
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.35045875891
ens_1d_3AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.02628572135
ens_1d_4AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.84573647392
ens_2d_2BBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.05705329816
ens_2d_3BBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.993251639647
ens_2d_4BBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.917927692811
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5-3.570.34021320.28862502X-RAY DIFFRACTION94.54
3.57-3.660.34061390.26312657X-RAY DIFFRACTION99.86
3.66-3.750.30311400.24142644X-RAY DIFFRACTION100
3.75-3.850.3291390.22942655X-RAY DIFFRACTION99.93
3.85-3.960.26241400.22162660X-RAY DIFFRACTION99.89
3.96-4.090.26871400.22452660X-RAY DIFFRACTION99.82
4.09-4.240.27261410.2142667X-RAY DIFFRACTION99.75
4.24-4.40.2481400.18512672X-RAY DIFFRACTION99.79
4.41-4.610.24871410.18382677X-RAY DIFFRACTION99.68
4.61-4.850.27081410.18942665X-RAY DIFFRACTION99.68
4.85-5.150.22951420.19582705X-RAY DIFFRACTION99.65
5.15-5.550.23941420.19712700X-RAY DIFFRACTION99.89
5.55-6.110.27091440.21072730X-RAY DIFFRACTION99.9
6.11-6.990.27811440.21762752X-RAY DIFFRACTION99.93
6.99-8.790.20841470.1882789X-RAY DIFFRACTION99.76
8.8-48.030.21011570.18762959X-RAY DIFFRACTION99.3

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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