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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9o0f | |||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Adeno-associated virus 9 variant AAV9.NVG7 | |||||||||||||||||||||||||||
![]() | Capsid protein VP1 | |||||||||||||||||||||||||||
![]() | VIRUS LIKE PARTICLE / parvovirus / virion / targeting / engineered | |||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / T=1 icosahedral viral capsid / structural molecule activity / Capsid protein VP1![]() | |||||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.66 Å | |||||||||||||||||||||||||||
![]() | Choi, H. / Hou, C.F.D. / Firnberg, E. / Wei, H. / Petrou, V.I. / Kaelber, J.T. | |||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Performance of low-voltage cryo-electron microscopes 著者: Choi, H. / Hou, C.F.D. / Firnberg, E. / Wei, H. / Petrou, V.I. / Kaelber, J.T. | |||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 116.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 37.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 54.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 49971MC ![]() 9nzzC ![]() 9o0eC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 60
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 59203.246 Da / 分子数: 1 / 変異: 455VQVGRTS / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: NVG7 / 遺伝子: cap / Variant: NVG7 / プラスミド: pRGX.CMV / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: ![]() |
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Has protein modification | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Adeno-associated virus 9 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 5 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: AAV9.NVG7 | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() | |||||||||||||||||||||||||
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SEROTYPE / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE | |||||||||||||||||||||||||
天然宿主 | 生物種: Homo sapiens | |||||||||||||||||||||||||
ウイルス殻 | 直径: 226 nm / 三角数 (T数): 1 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: PBS pH 7.4 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 298 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Calibrated defocus min: 800 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 2200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 20.46 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3813 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 50 / 利用したフレーム数/画像: 1-50 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 10924 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.66 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 6436 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 9NZZ PDB chain-ID: A / Accession code: 9NZZ / Source name: PDB / タイプ: experimental model |