PDB-9ntf: Helix pomatia AMP deaminase (HPAMPD) with unknown density in the ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ntf

タイトル

Helix pomatia AMP deaminase (HPAMPD) with unknown density in the active site

要素

AMP deaminase

キーワード

HYDROLASE / Helix pomatia AMP deaminase (HPAMPD) / Inosine 5'-monophosphate

機能・相同性

ACETATE ION / PHOSPHATE ION

機能・相同性情報

生物種

Helix pomatia (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.56 Å

データ登録者

Kaur, G. / Horton, J.R. / Cheng, X.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis of substrate specificity of Helix pomatia AMP deaminase and a chimeric ADGF adenosine deaminase
著者: Kaur, G. / Horton, J.R. / Cheng, X.

履歴

登録	2025年3月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年6月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ntf.cif.gz	1021.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ntf.ent.gz	699.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ntf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/9ntf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/9ntf	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9nteC 9nthC 9ntkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: AMP deaminase

B: AMP deaminase

C: AMP deaminase

D: AMP deaminase

ヘテロ分子

255 kDa, 4 ポリマー
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1

A: AMP deaminase

D: AMP deaminase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
127 kDa, 2 ポリマー
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2

B: AMP deaminase

C: AMP deaminase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
128 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	76.344, 82.351, 211.495
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.287, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	AMP deaminase 分子量: 61251.590 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helix pomatia (無脊椎動物) / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類)

-
糖 , 2種, 15分子

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 7種, 1924分子

#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス分子量: 209.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#8: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#9: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1839 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.64 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 28% w/v Polyethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9201 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9201 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.56→70.85 Å / Num. obs: 372245 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 21.04 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_pim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 6
反射シェル	解像度: 1.56→1.585 Å / Num. unique obs: 18514 / CC_1/2: 0.32 / R_pim(I) all: 1.013

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.2_5419	精密化
XDS		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.56→70.85 Å / SU ML: 0.2029 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.4218
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1879	18895	5.09 %
R_work	0.1607	352405	-
obs	0.162	371300	99.53 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.56→70.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16004	0	622	1839	18465

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0144	17110
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2521	23131
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.084	2588
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0127	2930
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.0711	6637

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.56-1.58	0.3641	613	0.3475	11238	X-RAY DIFFRACTION	96.66
1.58-1.59	0.3326	650	0.3311	11495	X-RAY DIFFRACTION	97.98
1.59-1.61	0.3201	585	0.3102	11690	X-RAY DIFFRACTION	98.94
1.61-1.63	0.3311	663	0.2973	11658	X-RAY DIFFRACTION	99.53
1.63-1.66	0.2991	612	0.2787	11786	X-RAY DIFFRACTION	99.73
1.66-1.68	0.2894	705	0.2651	11652	X-RAY DIFFRACTION	99.77
1.68-1.7	0.2975	597	0.2542	11790	X-RAY DIFFRACTION	99.87
1.7-1.73	0.2871	657	0.243	11750	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.73-1.75	0.2582	670	0.2322	11677	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.75-1.78	0.2472	638	0.2163	11720	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.78-1.81	0.2297	616	0.207	11776	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.81-1.85	0.2342	626	0.1984	11729	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.85-1.88	0.2299	624	0.1925	11765	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.88-1.92	0.2252	628	0.19	11801	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.92-1.96	0.2107	662	0.1799	11767	X-RAY DIFFRACTION	99.87
1.96-2.01	0.1947	633	0.1662	11781	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.01-2.06	0.186	704	0.1513	11699	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.06-2.11	0.1759	592	0.1492	11832	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.11-2.18	0.178	573	0.142	11775	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.18-2.25	0.1726	602	0.1475	11849	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.25-2.33	0.1808	631	0.1497	11714	X-RAY DIFFRACTION	99.77
2.33-2.42	0.1813	643	0.1458	11780	X-RAY DIFFRACTION	99.77
2.42-2.53	0.1937	627	0.1514	11786	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.53-2.66	0.1767	592	0.147	11848	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.66-2.83	0.168	580	0.1489	11812	X-RAY DIFFRACTION	99.49
2.83-3.05	0.1826	677	0.1524	11666	X-RAY DIFFRACTION	98.69
3.05-3.36	0.1753	660	0.1508	11696	X-RAY DIFFRACTION	99.04
3.36-3.84	0.1707	620	0.141	11811	X-RAY DIFFRACTION	99.23
3.84-4.84	0.1369	589	0.1163	11969	X-RAY DIFFRACTION	99.64
4.84-70.85	0.1515	626	0.1446	12093	X-RAY DIFFRACTION	99.5

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.96577970167	-0.628963003184	0.846773627233	3.93384792546	-2.80175920683	3.96448482319	-0.15753660487	-0.39290437506	-0.147445624969	0.896844982886	0.155690786293	0.234484010736	-0.478586890936	-0.348019797341	-0.0253709668122	0.378129140008	0.0551351243629	0.0659059651564	0.407633430979	-0.0803783797176	0.22167099107	8.83964813549	-0.771041608393	102.537347192
2	3.66267375145	-3.36896398571	-0.310728887525	3.11826913875	0.403944522154	0.290716862513	-0.0729247850225	-0.330282759702	-0.17266838882	0.528772597006	0.0943156245087	0.697843772557	-0.0127565852607	-0.271509075151	-0.0079328916553	0.216011230554	-0.00448261020479	0.0446327634516	0.429743331649	-0.00520309091416	0.21904291888	-2.05450742188	-5.6711706798	87.9970442059
3	1.94273428175	0.0482534704679	0.04970249369	2.51117393439	0.499192337731	0.55019308622	0.0160578786901	-0.114243797596	-0.104391870445	-0.0356710719044	0.011398118165	0.249012025036	0.0410799225016	-0.174251253741	-0.0338074106805	0.13019001589	-0.00801253148999	-0.00087282024119	0.227808525165	-0.00362315170237	0.127306495324	3.258767926	-8.24815421101	74.6949491048
4	3.68911339586	2.45794681291	4.29823266992	2.27195577575	3.33989249186	6.00159101192	-0.0250737841979	-0.127673871502	0.14826480875	0.0258638445808	-0.108839653288	0.195031231185	-0.067033127586	-0.309526365621	0.138729837966	0.110423241435	0.03437920243	-0.00229423540227	0.157504896134	0.0040713930229	0.159646671445	11.5356933662	-0.893907044466	53.0656980633
5	4.78810267828	-0.311534296287	0.410693476392	5.97977183927	-0.392671456176	4.25022370268	0.0279855137425	0.42537138518	-0.11414163605	-0.204102595758	-0.015562279747	-0.25673577841	0.19545874693	0.227495776454	-0.00645512312104	0.158399718801	0.0134994331631	0.00625972267472	0.191664352919	-0.0234555209594	0.104636521531	14.2325153246	-12.0460532148	43.0914337841
6	0.660252194908	0.396526599236	-0.255717791076	0.625895928939	-0.128346773146	0.988637350591	0.0246610568437	0.0333120855298	0.0783768080216	-0.0332579657689	0.018198347379	0.0138666901423	-0.0510010514576	-0.079509533909	-0.0440004045846	0.147977510712	0.0124050714576	-0.0142249427856	0.196404146621	0.00302079609438	0.15714568428	16.4248153333	2.18040427224	56.5115472723
7	5.77283836575	-2.79525506189	-0.136922170318	2.45169231446	-0.3613205773	1.03972292004	0.0752384210342	0.160922418969	-0.0241488023039	-0.111123415534	-0.119139631437	-0.0582561966578	-0.0614799539881	0.0827267564082	0.0425539521874	0.224792708345	-0.00800393227993	-0.0108293777586	0.177407966435	-0.0193411199573	0.118896482404	28.2140787331	10.6046204733	61.2586306161
8	0.774845167186	0.0387337155974	-0.297393742781	0.367283183847	-0.121528809138	0.810763336781	0.0296345350151	-0.10572608713	0.067012408938	0.0379868503342	-0.0297593312979	0.0049030154107	-0.0857539821326	-0.0164826503822	-0.0010151661365	0.169328878542	0.00449774652611	-0.00437893609791	0.190994949775	-0.0135129816523	0.168662715906	23.536217148	1.35428766069	75.3947453897
9	8.45863092221	4.93145902468	-1.89730197368	5.78139558696	-1.85191394156	2.06036324726	0.324978995245	-0.0601173685141	0.633291719047	0.379765227461	-0.0573040112181	0.735094800245	-0.328993815266	-0.515015844371	-0.310670663539	0.207276545342	0.0877664803546	0.048729542486	0.329822957135	-0.0511447645435	0.220014005657	-1.50515237246	11.6118394197	78.3727911753
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 31 through 61 )	A	C	31 - 61	3 - 33
2	2	chain 'A' and (resid 62 through 85 )	A	C	62 - 85	34 - 57
3	3	chain 'A' and (resid 86 through 119 )	A	C	86 - 119	58 - 91
4	4	chain 'A' and (resid 120 through 142 )	A	C	120 - 142	92 - 114
5	5	chain 'A' and (resid 143 through 194 )	A	C	143 - 194	115 - 166
6	6	chain 'A' and (resid 195 through 287 )	A	C	195 - 287	167 - 259
7	7	chain 'A' and (resid 288 through 322 )	A	C	288 - 322	260 - 294
8	8	chain 'A' and (resid 323 through 496 )	A	C	323 - 496	295 - 468
9	9	chain 'A' and (resid 497 through 527 )	A	C	497 - 527	469 - 499
10	10	chain 'B' and (resid 31 through 119 )	B	I	31 - 119	3 - 91
11	11	chain 'B' and (resid 120 through 194 )	B	I	120 - 194	92 - 166
12	12	chain 'B' and (resid 195 through 322 )	B	I	195 - 322	167 - 294
13	13	chain 'B' and (resid 323 through 496 )	B	I	323 - 496	295 - 468
14	14	chain 'B' and (resid 497 through 535 )	B	I	497 - 535	469 - 507
15	15	chain 'C' and (resid 30 through 119 )	C	O	30 - 119	3 - 92
16	16	chain 'C' and (resid 120 through 194 )	C	O	120 - 194	93 - 167
17	17	chain 'C' and (resid 195 through 287 )	C	O	195 - 287	168 - 260
18	18	chain 'C' and (resid 288 through 525 )	C	O	288 - 525	261 - 498
19	19	chain 'D' and (resid 30 through 61 )	D	T	30 - 61	3 - 34
20	20	chain 'D' and (resid 62 through 85 )	D	T	62 - 85	35 - 58
21	21	chain 'D' and (resid 86 through 142 )	D	T	86 - 142	59 - 115
22	22	chain 'D' and (resid 143 through 194 )	D	T	143 - 194	116 - 167
23	23	chain 'D' and (resid 195 through 478 )	D	T	195 - 478	168 - 451
24	24	chain 'D' and (resid 479 through 526 )	D	T	479 - 526	452 - 499

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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