PDB-9nt0: OXA-23-meropenem, pH 7.5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9nt0

タイトル

OXA-23-meropenem, pH 7.5

要素

Beta-lactamase OXA-23

キーワード

HYDROLASE / OXA / antibiotic resistance / inhibitor / meropenem

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin binding / cell wall organization / beta-lactamase / periplasmic space / hydrolase activity / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Smith, C.A. / Toth, M. / Stewart, N.K. / Vakulenko, S.B.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Dual Mechanism of the OXA-23 Carbapenemase Inhibition via Catalytic Lysine Decarboxylation and Water Access Restriction by the Carbapenem NA-1-157
著者: Toth, M. / Stewart, N.K. / Buynak, J.D. / Smith, C.A. / Vakulenko, S.B.

履歴

登録	2025年3月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9nt0.cif.gz	118.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9nt0.ent.gz	90.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9nt0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9nt0_validation.pdf.gz	722.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9nt0_full_validation.pdf.gz	722.9 KB	表示
XML形式データ	9nt0_validation.xml.gz	14.7 KB	表示
CIF形式データ	9nt0_validation.cif.gz	20 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/9nt0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/9nt0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9nswC 9nsxC 9nsyC 9nszC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-lactamase OXA-23

ヘテロ分子

31.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.991, 82.991, 85.128
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-534- HOH

#1: タンパク質	Beta-lactamase OXA-23 分子量: 31054.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: OXA-23, ari-1, bla-OXA-23, bla_2, bla_3, blaOXA, blaOXA-23, ABUW_0563 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9L4P2, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-MER / (4R,5S)-3-{[(3S,5S)-5-(dimethylcarbamoyl)pyrrolidin-3-yl]sulfanyl}-5-[(2S,3R)-3-hydroxy-1-oxobutan-2-yl]-4-methyl-4,5-d ihydro-1H-pyrrole-2-carboxylic acid / Meropenem, bound form 分子量: 385.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₇N₃O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.88 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 25% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年1月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→37.87 Å / Num. obs: 39875 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.7 % / CC_1/2: 1 / R_pim(I) all: 0.018 / R_rim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 20.7
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1950 / CC_1/2: 0.625 / R_pim(I) all: 0.385

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21.2_5419: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.6→37.87 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.6 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2021	1949	4.89 %
R_work	0.1672	-	-
obs	0.1689	39822	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→37.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1966	0	31	135	2132

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	2089
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.419	2840
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.77	811
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.091	318
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	366

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.64	0.3179	119	0.2733	2652	X-RAY DIFFRACTION	99
1.64-1.68	0.2388	93	0.2307	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
1.68-1.73	0.2585	141	0.2052	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.79	0.2355	146	0.1887	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.85	0.2555	157	0.1925	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.93	0.2233	137	0.1935	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
1.93-2.02	0.206	177	0.1692	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.12	0.2277	146	0.1604	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.26	0.2001	124	0.1606	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.43	0.2093	141	0.1635	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
2.43-2.67	0.1837	126	0.1682	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
2.67-3.06	0.2069	179	0.1698	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
3.06-3.85	0.1851	130	0.1571	2789	X-RAY DIFFRACTION	100
3.86-37.87	0.184	133	0.1574	2941	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2408	-0.4345	-1.2272	0.8739	-0.1426	1.663	0.1325	-0.1122	0.2025	0.201	0.1888	0.0606	0.1289	0.2389	0.0058	0.2386	-0.0065	0.0008	0.2423	-0.0325	0.2298	-14.9505	-21.5987	-1.8017
2	2.3167	-0.3235	-0.4363	1.3234	0.2534	0.7026	-0.0125	0.287	-0.0016	-0.0412	-0.0114	-0.1992	0.0029	0.0578	0.0021	0.1662	-0.0225	0.042	0.2443	0.0482	0.1989	6.8209	-27.3648	-25.2426
3	2.4929	0.1718	-0.5541	1.6278	0.051	2.0747	0.0479	0.4416	0.2042	-0.1834	-0.0108	-0.0148	-0.069	-0.1323	0.0013	0.1574	0.0078	0.0076	0.2638	0.0681	0.1833	-5.5113	-23.6178	-26.1285
4	1.6903	-1.2005	-0.8407	0.9567	0.3916	2.159	-0.0643	-0.1974	0.0411	0.1539	0.0558	-0.2319	0.1528	0.2374	-0.0023	0.1821	0.0269	-0.0279	0.229	0.0058	0.1499	-5.7235	-27.5135	-9.0921

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 28 through 72 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 73 through 138 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 139 through 208 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 209 through 273 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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