PDB-9nna: Crystal structure of CYP46A1 with [(1R,5S)-3-oxa-8-azabicyclo[3.2...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9nna

タイトル

Crystal structure of CYP46A1 with [(1R,5S)-3-oxa-8-azabicyclo[3.2.1]octan-8-yl][(4R,8M)-8-(1,3-oxazol-5-yl)-6-(trifluoromethyl)imidazo[1,2-a]pyridin-3-yl]methanone (compound 3k)

要素

Cholesterol 24-hydroxylase

キーワード

HYDROLASE/INHIBITOR / Inhibitor / Complex / CH24H / HYDROLASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cholesterol 24-hydroxylase / cholesterol 24-hydroxylase activity / protein localization to membrane raft / testosterone 16-beta-hydroxylase activity / Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / bile acid biosynthetic process / progesterone metabolic process / testosterone 6-beta-hydroxylase activity / sterol metabolic process / steroid hydroxylase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.67 Å

データ登録者

Yano, J. / Skene, R.J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Structure-based design of a novel series of cholesterol 24-hydroxylase (CH24H) inhibitors bearing 1,3-oxazole as a heme-iron binding group.
著者: Ito, Y. / Hasui, T. / Kimura, E. / Nomura, I. / Fukuda, H. / Ando, H.K. / Watanabe, E. / Yano, J. / Skene, R. / Miyamoto, M. / Ishii, T. / Nishi, T. / Koike, T.

履歴

登録	2025年3月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9nna.cif.gz	203 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9nna.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9nna.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9nna_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9nna_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9nna_validation.xml.gz	24.6 KB	表示
CIF形式データ	9nna_validation.cif.gz	34.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/9nna ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/9nna	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9nneC 9nniC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (2) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cholesterol 24-hydroxylase

ヘテロ分子

55.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.478, 63.633, 124.615
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cholesterol 24-hydroxylase / CH24H / Cholesterol 24-monooxygenase / Cholesterol 24S-hydroxylase / Cytochrome P450 46A1 分子量: 54434.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP46A1, CYP46 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y6A2, cholesterol 24-hydroxylase
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-A1BZE / [(1R,5S)-3-oxa-8-azabicyclo[3.2.1]octan-8-yl][(4R,8M)-8-(1,3-oxazol-5-yl)-6-(trifluoromethyl)imidazo[1,2-a]pyridin-3-yl]methanone 分子量: 392.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₅F₃N₄O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.24 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 18.5% PEG3350, 0.4 M calcium chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.976 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月4日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.976 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.67→50 Å / Num. obs: 54937 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.102 / Χ²: 1.007 / Net I/σ(I): 9.5 / Num. measured all: 375606

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.67-1.7	4.1	0.751	2541	0.969	1	94.6
1.7-1.73	4.7	0.708	2697	0.985	1	98.4
1.73-1.76	5.8	0.722	2677	0.992	1	99.8
1.76-1.8	6.9	0.641	2720	1.008	1	100
1.8-1.84	7.3	0.54	2730	1.013	1	100
1.84-1.88	7.3	0.461	2732	1.017	1	100
1.88-1.93	7.3	0.368	2711	1.039	1	100
1.93-1.98	7.3	0.313	2727	1.023	1	100
1.98-2.04	7.3	0.248	2724	1.008	1	100
2.04-2.1	7.3	0.204	2747	1.011	1	100
2.1-2.18	7.3	0.172	2747	1.013	1	100
2.18-2.27	7.3	0.142	2744	1.001	1	100
2.27-2.37	7.3	0.128	2743	1.011	1	100
2.37-2.49	7.3	0.103	2730	1.02	1	100
2.49-2.65	7.3	0.095	2789	1.004	1	100
2.65-2.86	7.2	0.082	2755	0.99	1	100
2.86-3.14	7.1	0.077	2781	1.01	1	100
3.14-3.6	6.8	0.067	2809	1.011	1	100
3.6-4.53	6.7	0.051	2846	0.996	1	100
4.53-50	6.7	0.035	2987	0.983	1	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.67→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 4.302 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20739	2708	4.9 %	RANDOM
R_work	0.17027	-	-	-
obs	0.17214	52157	99.38 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 9.055 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.83 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.87 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.67→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3499	0	71	284	3854

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	3688
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2567
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.061	2.004	5014
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.946	3	6226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5	5	451
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.906	23.174	167
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.534	15	651
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.632	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	548
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	4083
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	783
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.81	3	6255
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	16.713	5	95
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	4.31	5	6357

LS精密化シェル

解像度: 1.67→1.709 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.342	170	-
R_work	0.243	3335	-
obs	-	-	92.46 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 14.066 Å / Origin y: -4.532 Å / Origin z: -18.905 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0234 Å²	0.0045 Å²	0.0055 Å²	-	0.0221 Å²	0.0003 Å²	-	-	0.0256 Å²
L	0.3683 °²	-0.0204 °²	-0.0704 °²	-	1.6336 °²	-0.0369 °²	-	-	0.7816 °²
S	0.009 Å °	0.0602 Å °	-0.01 Å °	-0.1216 Å °	0.0083 Å °	-0.0416 Å °	-0.0147 Å °	0.0017 Å °	-0.0173 Å °

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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