PDB-9nni: Crystal structure of CYP46A1 with cyclopropyl[(4M)-4-(1,3-oxazol-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9nni

タイトル

Crystal structure of CYP46A1 with cyclopropyl[(4M)-4-(1,3-oxazol-5-yl)-6-(trifluoromethyl)-1H-indol-1-yl]methanone (compound 2b)

要素

Cholesterol 24-hydroxylase

キーワード

HYDROLASE/INHIBITOR / Inhibitor / Complex / CH24H / HYDROLASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cholesterol 24-hydroxylase / cholesterol 24-hydroxylase activity / protein localization to membrane raft / testosterone 16-beta-hydroxylase activity / Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / bile acid biosynthetic process / progesterone metabolic process / testosterone 6-beta-hydroxylase activity / sterol metabolic process / steroid hydroxylase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Yano, J. / Skene, R.J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Structure-based design of a novel series of cholesterol 24-hydroxylase (CH24H) inhibitors bearing 1,3-oxazole as a heme-iron binding group.
著者: Ito, Y. / Hasui, T. / Kimura, E. / Nomura, I. / Fukuda, H. / Ando, H.K. / Watanabe, E. / Yano, J. / Skene, R. / Miyamoto, M. / Ishii, T. / Nishi, T. / Koike, T.

履歴

登録	2025年3月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9nni.cif.gz	202.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9nni.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9nni.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/9nni ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/9nni	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9nnaC 9nneC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (2) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cholesterol 24-hydroxylase

ヘテロ分子

55.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.463, 63.777, 124.214
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cholesterol 24-hydroxylase / CH24H / Cholesterol 24-monooxygenase / Cholesterol 24S-hydroxylase / Cytochrome P450 46A1 分子量: 54434.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP46A1, CYP46 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y6A2, cholesterol 24-hydroxylase
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-A1BZC / cyclopropyl[(4M)-4-(1,3-oxazol-5-yl)-6-(trifluoromethyl)-1H-indol-1-yl]methanone 分子量: 320.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₁F₃N₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.17 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 18.5% PEG3350, 0.4 M calcium chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.976 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.976 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 51719 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.104 / Χ²: 1.02 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 273894

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.7-1.73	4.8	0.93	2551	0.942	1	100
1.73-1.76	5.3	0.924	2547	0.955	1	100
1.76-1.79	5.4	0.741	2551	0.977	1	100
1.79-1.83	5.4	0.642	2543	1.027	1	99.9
1.83-1.87	5.4	0.545	2556	1.04	1	100
1.87-1.91	5.4	0.454	2547	1.074	1	99.9
1.91-1.96	5.4	0.368	2565	1.081	1	100
1.96-2.02	5.4	0.301	2570	1.082	1	100
2.02-2.07	5.3	0.243	2540	1.072	1	99.9
2.07-2.14	5.3	0.207	2583	1.055	1	100
2.14-2.22	5.3	0.17	2583	1.054	1	99.9
2.22-2.31	5.3	0.153	2546	1.031	1	99.9
2.31-2.41	5.3	0.129	2577	1.025	1	99.9
2.41-2.54	5.3	0.113	2605	1.015	1	99.9
2.54-2.7	5.3	0.101	2583	1.007	1	99.9
2.7-2.91	5.3	0.087	2596	1.005	1	99.8
2.91-3.2	5.3	0.083	2616	0.996	1	99.8
3.2-3.66	5.2	0.075	2629	1.006	1	100
3.66-4.61	5.3	0.052	2651	0.971	1	99.7
4.61-50	5.3	0.053	2780	0.976	1	98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→35.41 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 4.985 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22179	2547	4.9 %	RANDOM
R_work	0.19668	-	-	-
obs	0.19794	49112	99.53 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.105 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.11 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.7→35.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3522	0	70	328	3920

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.012	3697
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.158	1.691	5014
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.409	5	444
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	3.394	5	36
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.044	10	659
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.183	0.2	540
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2795
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.773	1.511	1755
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.354	2.707	2191
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.137	1.694	1942
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.689	18.15	5786
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.304	186	-
R_work	0.29	3427	-
obs	-	-	95.41 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 13.9979 Å / Origin y: -4.7317 Å / Origin z: -18.8259 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.013 Å²	0.0007 Å²	0.0052 Å²	-	0.0067 Å²	0.0004 Å²	-	-	0.0463 Å²
L	0.4878 °²	0.0876 °²	-0.0689 °²	-	1.5009 °²	-0.0826 °²	-	-	0.6925 °²
S	0.0048 Å °	0.0564 Å °	0.0017 Å °	-0.1261 Å °	0.0011 Å °	-0.0338 Å °	-0.0319 Å °	0.0034 Å °	-0.0059 Å °

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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