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- PDB-9nkc: Dpo4 DNA polymerase (Wild Type) in complex with DNA containing an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9nkc
タイトルDpo4 DNA polymerase (Wild Type) in complex with DNA containing an 8oxoG template lesion
要素
  • DNA polymerase IV
  • Extended Primer Strand
  • Template DNA
キーワードTRANSFERASE/DNA / DNA polymerase Translesion synthesis 8oxoG damage / TRANSFERASE / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


error-prone translesion synthesis / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase activity / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif / DNA polymerase IV / : / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. ...DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif / DNA polymerase IV / : / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase IV
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Pata, J.D. / Liang, B.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM080573 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R15GM155805 米国
National Science Foundation (NSF, United States)NSF2105167 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2025
タイトル: Residues in the little finger domain of the Y-family Dpo4 DNA polymerase communicate to restrict synthesis past 8-oxoguanine lesions.
著者: Disha, S.S. / Punchipatabendi, T.I. / Kaszubowski, J.D. / Liang, B. / Pata, J.D. / Trakselis, M.A.
履歴
登録2025年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年10月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase IV
P: Extended Primer Strand
T: Template DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3787
ポリマ－49,7673
非ポリマー6114
水1,22568
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6780 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area19870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.788, 101.775, 52.094
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA polymerase IV / Pol IV


分子量: 40257.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
遺伝子: dbh, dpo4, SSO2448 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97W02, DNA-directed DNA polymerase

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DNA鎖 , 2種, 2分子 PT

#2: DNA鎖 Extended Primer Strand


分子量: 4329.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 Template DNA


分子量: 5179.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 72分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-DTP / 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 491.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: calcium acetate, HEPES, PEG-3350 / PH範囲: 6.7-7.8 / Temp details: Ambient room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→25 Å / Num. obs: 18593 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 44.07 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.696 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1799 / CC1/2: 0.732 / Rpim(I) all: 0.327 / Rrim(I) all: 0.771 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000v722データ削減
HKL-2000v722データスケーリング
PHENIX1.20.1_4487位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
Coot0.9.8.8モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QZ7

3qz7


解像度: 2.5→24.64 Å / SU ML: 0.3166 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.089
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2585 1858 10 %
Rwork0.1862 16728 -
obs0.1934 18586 99.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→24.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2743 615 33 68 3459
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01593503
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4624846
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0656549
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0129503
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.96051388
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.570.30741370.24651228X-RAY DIFFRACTION96.47
2.57-2.650.37471430.24411268X-RAY DIFFRACTION99.51
2.65-2.730.34021390.25071270X-RAY DIFFRACTION99.58
2.73-2.830.31581380.24391270X-RAY DIFFRACTION99.79
2.83-2.940.33471450.24291273X-RAY DIFFRACTION99.72
2.94-3.080.34261400.23541289X-RAY DIFFRACTION99.72
3.08-3.240.28881420.21851283X-RAY DIFFRACTION100
3.24-3.440.27491440.19651267X-RAY DIFFRACTION99.16
3.44-3.70.27441390.18691285X-RAY DIFFRACTION98.34
3.7-4.080.25551450.16631270X-RAY DIFFRACTION97.92
4.08-4.660.19971410.14171312X-RAY DIFFRACTION100
4.66-5.860.20381460.15781335X-RAY DIFFRACTION100
5.86-24.640.21041590.16191378X-RAY DIFFRACTION98.78

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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