PDB-9nj8: Crystal structure of apo Vibrio cholerae CqsR with D198N mutation

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9nj8

タイトル

Crystal structure of apo Vibrio cholerae CqsR with D198N mutation

要素

histidine kinase

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Quorum-sensing receptor / Double Cache domain / Periplasmic ligand-binding receptor / 2-amino alcohol receptor

機能・相同性

機能・相同性情報

histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / hydrolase activity / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae (コレラ菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Guarnaccia, A.M. / Neiditch, M.B.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI121337	米国
National Institutes of Health/National Center for Advancing Translational Sciences (NIH/NCATS)	TL1TR003019	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure-function studies of Vibrio cholerae quorum-sensing receptor CqsR signal recognition
著者: Guarnaccia, A.M. / Steenhaut, A.D. / Olenic, S.D. / Na, J. / Perez, L.J. / Ng, W.L. / Neiditch, M.B.

履歴

登録	2025年2月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9nj8.cif.gz	235.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9nj8.ent.gz	192.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9nj8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9nj8_validation.pdf.gz	416.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9nj8_full_validation.pdf.gz	420.1 KB	表示
XML形式データ	9nj8_validation.xml.gz	16.9 KB	表示
CIF形式データ	9nj8_validation.cif.gz	21.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nj/9nj8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nj/9nj8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9niaC 9nitC 9nivC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (13) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (8) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: histidine kinase

B: histidine kinase

48.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: histidine kinase

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
24.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: histidine kinase

登録者が定義した集合体
24.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.706, 111.706, 75.735
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	histidine kinase 分子量: 24205.787 Da / 分子数: 2 / 変異: D198N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: C6706 / 遺伝子: VC_1831 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KR16, histidine kinase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.0 M sodium formate, 2% glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU PhotonJet-S / 波長: 1.540562 Å

検出器

タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年9月4日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.540562 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→19.88 Å / Num. obs: 19154 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 6.38

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	% possible all
2.5-2.59	13.4	1.37	1921	0.76	0.224	99.9
2.59-2.7	13.4	1.88	1922	0.822	0.2	100
2.7-2.82	13.3	2.5	1922	0.868	0.184	100
2.82-2.97	13.2	3.69	1922	0.951	0.144	100
2.97-3.16	13.1	5.77	1922	0.966	0.109	100
3.16-3.41	13	12.09	1922	0.984	0.067	100
3.41-3.77	12.8	24.43	1922	0.991	0.042	100
3.77-4.33	12.6	43.51	1920	0.997	0.024	99.9
4.33-5.5	12.1	66.43	1920	0.999	0.015	99.9
5.5-19.88	10.3	82.66	1861	1	0.009	96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.2_5419	精密化
PHASER		位相決定
CrysalisPro		データ削減
CrysalisPro		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→19.88 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 28.21 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2628	1678	10.31 %
R_work	0.2171	-	-
obs	0.2268	16277	85.01 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3122	0	0	8	3130

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	3188
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.556	4330
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.319	1116
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	476
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	558

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.57	0.3878	114	0.361	959	X-RAY DIFFRACTION	62
2.57-2.66	0.3627	116	0.3374	1107	X-RAY DIFFRACTION	69
2.66-2.75	0.3706	106	0.312	995	X-RAY DIFFRACTION	64
2.75-2.86	0.3295	124	0.3063	1087	X-RAY DIFFRACTION	69
2.86-2.99	0.3686	126	0.2944	1094	X-RAY DIFFRACTION	69
2.99-3.15	0.3504	123	0.2661	1132	X-RAY DIFFRACTION	72
3.15-3.34	0.3487	132	0.2534	1221	X-RAY DIFFRACTION	78
3.34-3.6	0.3172	142	0.2453	1352	X-RAY DIFFRACTION	84
3.6-3.96	0.2465	144	0.2186	1379	X-RAY DIFFRACTION	87
3.96-4.53	0.2103	161	0.1748	1397	X-RAY DIFFRACTION	87
4.53-5.68	0.2225	161	0.1828	1432	X-RAY DIFFRACTION	89
5.69-19.88	0.2413	172	0.1886	1501	X-RAY DIFFRACTION	89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0271	1.2603	-0.0098	1.9623	1.1244	0.8799	-0.4278	0.0481	0.7858	0.0423	0.1461	0.5555	-0.2163	-0.4613	0.2296	0.4309	-0.0223	-0.1337	0.3859	0.1652	0.6953	-55.6768	-6.7784	2.4696
2	2.8003	-2.0862	2.3537	5.0161	1.2688	6.8111	-0.1451	-0.4165	0.9802	0.8643	-0.1248	-0.9946	-0.3229	-0.1163	0.2141	0.4906	-0.0057	-0.1858	0.4462	0.1617	0.6953	-37.7984	1.8542	8.8526
3	0.7615	0.9503	0.28	4.5734	1.2676	1.6858	-0.1161	-0.8351	-0.1737	0.0947	-0.0812	-0.1322	0.4205	0.1925	-0.6068	0.3979	0.1248	-0.0204	0.773	0.4242	0.7976	-27.8234	-4.564	5.8126
4	1.7897	0.2608	-0.4292	1.3841	0.5413	0.3765	-0.5491	-0.6282	0.5238	0.2911	-0.0323	0.201	-0.0746	0.9388	-0.0631	0.5041	-0.0299	-0.2973	1.0237	0.3894	0.9697	-32.6556	-6.7532	13.6172
5	4.4337	1.4977	-2.8046	1.6789	-1.408	4.7232	-0.1581	-0.2457	-0.2825	0.1004	-0.3155	-0.4774	0.2083	0.3652	0.5974	0.4247	0.0123	-0.0774	0.3152	0.1106	0.6527	-41.1469	-10.8018	2.8098
6	2.1504	-0.8526	1.4026	2.0693	0.824	2.015	-0.3597	0.1228	-0.5302	-0.34	0.4952	-0.0929	-0.0732	-0.245	0.0545	0.6543	-0.2177	0.147	0.4796	0.0161	0.7915	-60.7234	-21.2483	2.8242
7	1.9698	-1.3352	1.0356	1.362	0.0939	1.9071	-0.4226	-0.1344	-0.0787	0.011	0.1596	0.1604	-0.0231	-0.3924	0.1912	0.4388	0.0428	0.0477	0.3894	-0.0493	0.4153	-64.6432	-0.9848	4.7657
8	1.3134	1.7086	-0.1873	2.5695	-0.1087	1.8693	-0.1239	-0.8508	0.4462	0.3474	-0.3634	0.5635	0.0519	-1.1003	0.2834	0.5072	0.0491	0.1828	0.8494	-0.2272	0.6558	-81.1377	3.1277	7.969
9	1.1527	-0.373	0.9153	3.004	0.8403	3.3118	-0.4053	-0.3928	-0.0535	0.3109	-0.142	0.4775	-0.5911	-0.6608	0.4942	0.5101	0.1067	0.0713	0.5067	-0.1406	0.4595	-70.2879	7.4486	5.0095
10	5.7392	0.4121	1.5153	3.8366	-0.048	6.1644	-0.0481	-0.1622	0.3675	-0.5368	0.5151	0.5818	-0.209	-0.334	-0.4104	0.7192	-0.0797	-0.05	0.3577	-0.0055	0.7696	-53.615	18.3814	5.391

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 46 through 75 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 76 through 106 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 107 through 125 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 126 through 145 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 146 through 214 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 215 through 259 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 44 through 93 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 94 through 154 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 155 through 215 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 216 through 259 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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