PDB-9nia: Crystal structure of Vibrio cholerae CqsR bound to ethanolamine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9nia

タイトル

Crystal structure of Vibrio cholerae CqsR bound to ethanolamine

要素

histidine kinase

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Quorum-sensing receptor / Double Cache domain / Periplasmic ligand-binding receptor / 2-amino alcohol receptor

機能・相同性

機能・相同性情報

histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / hydrolase activity / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Guarnaccia, A.M. / Capodagli, G.C. / Neiditch, M.B.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI121337	米国
National Institutes of Health/National Center for Advancing Translational Sciences (NIH/NCATS)	TL1TR003019	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure-function studies of Vibrio cholerae quorum-sensing receptor CqsR signal recognition
著者: Guarnaccia, A.M. / Steenhaut, A.D. / Olenic, S.D. / Na, J. / Perez, L.J. / Ng, W.L. / Neiditch, M.B.

履歴

登録	2025年2月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9nia.cif.gz	142.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9nia.ent.gz	112.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9nia.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9nia_validation.pdf.gz	649.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9nia_full_validation.pdf.gz	651.3 KB	表示
XML形式データ	9nia_validation.xml.gz	13.1 KB	表示
CIF形式データ	9nia_validation.cif.gz	17.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ni/9nia ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ni/9nia	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9nitC 9nivC 9nj8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (13) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (8) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: histidine kinase

ヘテロ分子

24.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.811, 121.811, 70.711
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-426- HOH
2	1	A-528- HOH

#1: タンパク質	histidine kinase 分子量: 24206.773 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 44-260 (46-262 Uniprot numbering) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: C6706 / 遺伝子: VC_1831 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KR16, histidine kinase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-ETA / ETHANOLAMINE / エタノ-ルアミンタイプ: L-peptide COOH carboxy terminus / 分子量: 61.083 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₇NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.2 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 1.8 M lithium chloride, 0.1 M bicine pH 9.0, 10% PEG 6000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97946 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 38762 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.6 % / CC_1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.085 / R_pim(I) all: 0.025 / R_rim(I) all: 0.089 / Χ²: 1.066 / Net I/σ(I): 5.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.55-1.58	8.3	1.403	1899	0.56	0.847	0.515	1.498	0.432	100
1.58-1.61	11.2	1.27	1926	0.711	0.912	0.395	1.331	0.453	100
1.61-1.64	12.6	1.091	1889	0.762	0.93	0.318	1.137	0.469	100
1.64-1.67	13	0.942	1917	0.83	0.952	0.269	0.98	0.472	100
1.67-1.71	13.1	0.82	1908	0.873	0.965	0.234	0.853	0.505	100
1.71-1.75	13	0.683	1920	0.909	0.976	0.195	0.71	0.543	100
1.75-1.79	12.7	0.527	1913	0.941	0.985	0.153	0.549	0.59	100
1.79-1.84	11.9	0.43	1905	0.956	0.989	0.129	0.45	0.665	99.9
1.84-1.89	13.6	0.365	1930	0.971	0.993	0.102	0.379	0.754	100
1.89-1.95	13.5	0.279	1928	0.98	0.995	0.078	0.29	0.879	100
1.95-2.02	13.2	0.224	1933	0.989	0.997	0.063	0.233	1.02	100
2.02-2.1	12.9	0.192	1928	0.991	0.998	0.055	0.2	1.142	99.9
2.1-2.2	11.9	0.162	1925	0.991	0.998	0.048	0.169	1.364	99.8
2.2-2.32	13.5	0.149	1929	0.993	0.998	0.042	0.155	1.516	100
2.32-2.46	13.4	0.128	1938	0.994	0.999	0.036	0.133	1.566	100
2.46-2.65	13.3	0.109	1959	0.996	0.999	0.031	0.114	1.713	100
2.65-2.92	12.3	0.095	1951	0.996	0.999	0.028	0.099	1.854	100
2.92-3.34	13.7	0.078	1977	0.997	0.999	0.022	0.081	1.916	100
3.34-4.21	12.5	0.06	1991	0.998	1	0.018	0.063	1.824	100
4.21-50	12.7	0.042	2096	0.999	1	0.012	0.044	1.127	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.2_5419	精密化
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定
HKL-3000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.55→38.52 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.11 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2075	1999	5.16 %
R_work	0.1831	-	-
obs	0.1843	38730	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→38.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1694	0	5	137	1836

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	1770
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.933	2419
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.608	638
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	265
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	318

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.59	0.3287	139	0.2971	2550	X-RAY DIFFRACTION	100
1.59-1.63	0.271	142	0.2431	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
1.63-1.68	0.2149	140	0.2197	2580	X-RAY DIFFRACTION	100
1.68-1.73	0.2107	141	0.2111	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.79	0.213	142	0.2054	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.87	0.2347	142	0.207	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
1.87-1.95	0.2285	141	0.1929	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-2.05	0.2008	141	0.1825	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.18	0.1952	142	0.1782	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.35	0.228	144	0.1816	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.59	0.1951	143	0.1909	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.96	0.2765	144	0.1898	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.73	0.1916	145	0.1853	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
3.73-38.52	0.1791	153	0.1593	2792	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 18.1534 Å / Origin y: 0.5449 Å / Origin z: -16.5362 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1152 Å²	0.0029 Å²	-0.0245 Å²	-	0.1934 Å²	0.0339 Å²	-	-	0.2904 Å²
L	1.5343 °²	0.0464 °²	-0.6628 °²	-	0.4965 °²	-0.539 °²	-	-	3.1002 °²
S	0.05 Å °	0.2032 Å °	0.1593 Å °	-0.0206 Å °	-0.0859 Å °	-0.0046 Å °	-0.0333 Å °	0.2944 Å °	0.0261 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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