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- PDB-9niv: Crystal structure of Vibrio cholerae CqsR bound to serinol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9niv
タイトルCrystal structure of Vibrio cholerae CqsR bound to serinol
要素histidine kinase
キーワードSIGNALING PROTEIN / Quorum-sensing receptor / Double Cache domain / Periplasmic ligand-binding receptor / 2-amino alcohol receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / hydrolase activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Methyl-accepting chemotaxis protein-like, first PDC sensor domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain ...Methyl-accepting chemotaxis protein-like, first PDC sensor domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2-AMINO-1,3-PROPANEDIOL / histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Guarnaccia, A.M. / Neiditch, M.B.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI121337 米国
National Institutes of Health/National Center for Advancing Translational Sciences (NIH/NCATS)TL1TR003019 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure-function studies of Vibrio cholerae quorum-sensing receptor CqsR signal recognition
著者: Guarnaccia, A.M. / Steenhaut, A.D. / Olenic, S.D. / Na, J. / Perez, L.J. / Ng, W.L. / Neiditch, M.B.
履歴
登録2025年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3333
ポリマ－24,2071
非ポリマー1272
水3,117173
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)121.139, 121.139, 70.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-420-

HOH

21A-526-

HOH

31A-572-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 histidine kinase


分子量: 24206.773 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 44-260 (46-262 Uniprot numbering) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: C6706 / 遺伝子: VC_1831 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KR16, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-SEL / 2-AMINO-1,3-PROPANEDIOL / SERINOL / セリノ-ル


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 91.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 1.8 M lithium chloride, 0.1 M bicine pH 9.0, 10% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU PhotonJet-S / 波長: 1.540562 Å
検出器タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.540562 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→21.64 Å / Num. obs: 26724 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.8 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 7.32
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.75-1.813.61.5726260.5850.33997.9
1.81-1.895.42.3226790.7790.24599.9
1.89-1.988.24.1826810.9350.154100
1.98-2.0810.46.6526810.9680.104100
2.08-2.2210.59.9426810.9840.074100
2.22-2.3910.513.3726810.9910.055100
2.39-2.6410.518.9526810.9960.039100
2.64-3.0310.428.6126810.9980.026100
3.03-3.8510.152.8226810.9990.014100
3.85-21.648.774.09265210.00998.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
PHASER位相決定
CrysalisProデータ削減
CrysalisProデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→21.64 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 22.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2212 1819 7.61 %
Rwork0.1847 --
obs0.1875 23907 89.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→21.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1695 0 7 173 1875
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071761
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9242402
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.153632
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051263
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011314
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.80.31781110.29771365X-RAY DIFFRACTION73
1.8-1.850.32091280.25911468X-RAY DIFFRACTION78
1.85-1.910.29091220.25011491X-RAY DIFFRACTION79
1.91-1.980.27861230.2081549X-RAY DIFFRACTION82
1.98-2.060.24321420.19561647X-RAY DIFFRACTION88
2.06-2.150.22691380.17861768X-RAY DIFFRACTION93
2.15-2.260.23931510.18031771X-RAY DIFFRACTION94
2.26-2.410.22781460.17571743X-RAY DIFFRACTION93
2.41-2.590.24811430.18561759X-RAY DIFFRACTION92
2.59-2.850.20331450.18591781X-RAY DIFFRACTION93
2.85-3.260.21771510.19271830X-RAY DIFFRACTION95
3.26-4.110.1941560.16221911X-RAY DIFFRACTION98
4.11-21.640.18521630.16372005X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0841-0.0151-2.66920.2689-0.74557.73330.1045-0.14730.51130.05620.0410.0703-0.07270.415-0.14130.1237-0.0428-0.00830.2374-0.0230.206224.19853.419-6.4879
22.5292-0.37410.42940.9561-0.13870.53390.02840.58790.0458-0.0988-0.1151-0.20290.01230.34130.03980.07330.0609-0.04260.47650.13760.246928.206-2.0581-27.8011
33.99540.7083.37951.5498-0.30094.1502-0.02341.03270.0296-1.0305-0.14950.5235-0.15880.3719-0.09410.44580.1477-0.12550.90050.15270.278815.66171.5857-41.5449
45.8548-0.34710.83123.20861.29383.81960.05190.4759-0.4805-0.1973-0.16260.08330.40560.3149-0.01770.12790.04430.01560.27120.05140.146916.9599-5.9273-30.4884
50.87911.4202-0.68542.9465-0.40832.6955-0.06450.21310.43870.1722-0.1371-0.2034-0.5450.07310.17020.16630.011-0.0790.17470.08540.280115.17388.8257-22.6371
61.1561-0.1602-0.76160.1645-0.46564.28170.05430.09210.16740.069-0.07640.0085-0.08910.15320.00530.0707-0.0003-0.0380.10050.02150.146614.9293-1.1826-10.1135
73.8992-0.1561-0.58346.8057-3.42065.3837-0.04410.32490.2854-0.39780.11050.0709-0.08610.0945-0.05920.1619-0.0418-0.02270.1688-0.02640.14113.13415.34050.4188
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 44 through 75 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 76 through 106 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 107 through 121 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 122 through 149 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 150 through 168 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 169 through 242 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 243 through 260 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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