PDB-9nit: Crystal structure of Vibrio cholerae CqsR bound to L-alaninol

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9nit

タイトル

Crystal structure of Vibrio cholerae CqsR bound to L-alaninol

要素

histidine kinase

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Quorum-sensing receptor / Double Cache domain / Periplasmic ligand-binding receptor / 2-amino alcohol receptor

機能・相同性

機能・相同性情報

histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / hydrolase activity / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae (コレラ菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.72 Å

データ登録者

Guarnaccia, A.M. / Neiditch, M.B.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI121337	米国
National Institutes of Health/National Center for Advancing Translational Sciences (NIH/NCATS)	TL1TR003019	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure-function studies of Vibrio cholerae quorum-sensing receptor CqsR signal recognition
著者: Guarnaccia, A.M. / Steenhaut, A.D. / Olenic, S.D. / Na, J. / Perez, L.J. / Ng, W.L. / Neiditch, M.B.

履歴

登録	2025年2月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9nit.cif.gz	139.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9nit.ent.gz	110.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9nit.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9nit_validation.pdf.gz	622 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9nit_full_validation.pdf.gz	622.5 KB	表示
XML形式データ	9nit_validation.xml.gz	13.6 KB	表示
CIF形式データ	9nit_validation.cif.gz	18.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ni/9nit ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ni/9nit	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9niaC 9nivC 9nj8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (13) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (8) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: histidine kinase

ヘテロ分子

24.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.024, 121.024, 70.545
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-429- HOH
2	1	A-498- HOH
3	1	A-593- HOH

#1: タンパク質	histidine kinase 分子量: 24206.773 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 44-260 (46-262 Uniprot numbering) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: C6706 / 遺伝子: VC_1831 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KR16, histidine kinase
#2: 化合物	ChemComp-2A1 / (2S)-2-aminopropan-1-ol / (S)-2-アミノ-1-プロパノ-ル分子量: 75.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₉NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 1.8 M lithium chloride, 0.1 M bicine pH 9.0, 10% PEG 6000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU PhotonJet-S / 波長: 1.540562 Å

検出器

タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年1月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.540562 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.72→19.69 Å / Num. obs: 26788 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 8.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 7.26

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	% possible all
1.72-1.78	3.4	1.21	2139	0.67	0.334	76.1
1.78-1.86	5	2.13	2418	0.81	0.232	86.2
1.86-1.94	7	3.47	2645	0.909	0.164	94.3
1.94-2.05	9.9	6.04	2799	0.97	0.102	99.8
2.05-2.18	10.3	9.48	2805	0.987	0.069	100
2.18-2.35	10.4	13.59	2805	0.992	0.051	100
2.35-2.59	10.3	18.5	2805	0.996	0.038	100
2.59-2.98	10.3	29	2805	0.998	0.027	100
2.98-3.79	10	49.37	2805	0.999	0.016	100
3.79-19.69	8.8	70.45	2762	1	0.01	98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.2_5419	精密化
PHASER		位相決定
CrysalisPro		データ削減
CrysalisPro		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.72→19.69 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 21.62 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2204	2359	10 %
R_work	0.1796	-	-
obs	0.1836	23584	84.17 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.72→19.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1694	0	6	196	1896

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1746
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.807	2378
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.734	621
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	260
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	311

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.72-1.76	0.3334	84	0.3037	785	X-RAY DIFFRACTION	54
1.76-1.79	0.329	96	0.2676	874	X-RAY DIFFRACTION	60
1.79-1.83	0.2512	104	0.2327	980	X-RAY DIFFRACTION	67
1.83-1.88	0.2618	118	0.2257	1042	X-RAY DIFFRACTION	71
1.88-1.93	0.2362	118	0.2134	1099	X-RAY DIFFRACTION	75
1.93-1.99	0.2477	138	0.1931	1170	X-RAY DIFFRACTION	81
1.99-2.05	0.2435	144	0.1835	1249	X-RAY DIFFRACTION	86
2.05-2.13	0.2408	143	0.1735	1313	X-RAY DIFFRACTION	89
2.13-2.21	0.2018	146	0.1673	1359	X-RAY DIFFRACTION	92
2.21-2.31	0.2034	148	0.1687	1356	X-RAY DIFFRACTION	92
2.31-2.43	0.2352	154	0.166	1372	X-RAY DIFFRACTION	93
2.43-2.58	0.2457	151	0.1764	1346	X-RAY DIFFRACTION	92
2.59-2.78	0.2141	155	0.1789	1372	X-RAY DIFFRACTION	93
2.78-3.06	0.2094	160	0.1835	1404	X-RAY DIFFRACTION	93
3.06-3.5	0.2119	158	0.1746	1470	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5-4.41	0.1871	168	0.1521	1484	X-RAY DIFFRACTION	97
4.41-19.69	0.2164	174	0.1824	1550	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0401	-0.1595	-1.9092	0.0007	-0.8585	6.4938	0.0141	-0.1469	0.4381	0.0292	-0.0428	0.0233	-0.3213	0.4967	-0.052	0.1359	-0.041	-0.0041	0.1845	-0.0115	0.2266	24.4706	3.6543	-7.1565
2	3.8321	0.2496	-0.2468	2.5848	0.5115	0.5406	-0.005	1.1709	0.1343	-0.3016	-0.0005	-0.0667	-0.0137	0.215	0.0016	0.0879	0.0128	-0.042	0.5387	0.0991	0.1944	25.3178	-1.194	-30.8909
3	2.7262	0.0657	-0.228	2.2659	1.9127	2.8789	0.0083	0.988	-0.309	-0.2641	-0.2245	0.1759	0.2275	0.2865	0.1381	0.1151	0.0265	-0.0052	0.3542	0.0354	0.1778	16.3353	-4.1616	-33.0497
4	2.2426	-0.3397	0.1502	2.7271	-0.7827	2.7343	-0.0414	0.3717	0.551	0.1663	-0.1388	-0.1361	-0.3793	-0.0267	0.0677	0.0957	0.0095	-0.0707	0.1271	0.0859	0.2356	15.9169	4.4636	-23.2999
5	1.5386	-0.1169	-0.8629	0.2638	-0.4882	5.5622	0.0473	-0.0668	0.1404	0.1018	0.001	0.0362	-0.0721	0.0872	-0.0446	0.0906	-0.0138	-0.021	0.0677	0.0035	0.1534	14.0092	-1.9052	-3.7033
6	2.507	0.794	-1.3224	7.7532	-5.3085	9.468	-0.0326	0.0709	0.2915	-0.3718	0.1936	0.1116	-0.0239	-0.1817	-0.1077	0.0962	-0.0244	-0.0128	0.1433	-0.0169	0.1637	13.2384	5.3398	0.4392

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 44 through 76 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 77 through 114 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 115 through 149 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 150 through 189 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 190 through 242 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 243 through 260 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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