PDB-9nee: The flexible portion of Cryo-EM structure of Herpesvirus Helicase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9nee

タイトル

The flexible portion of Cryo-EM structure of Herpesvirus Helicase-Primase complex with Pritelivir

要素

DNA primase
DNA replication helicase

キーワード

REPLICATION / TRANSFERASE/INHIBITOR / Inhibitor / Herpesvirus / Helicase / Primase / Pritelivir / TRANSFERASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

bidirectional double-stranded viral DNA replication / helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / DNA-directed RNA polymerase activity / DNA replication / hydrolase activity / host cell nucleus / zinc ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Herpesviridae (ウイルス)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Yao, Q. / Yu, X.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure and Inhibition Mechanism of Herpesvirus Helicase-Primase
著者: Yao, Q. / Mercier, A.

履歴

登録	2025年2月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月13日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月13日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月13日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月13日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月13日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月13日	Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月13日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9nee.cif.gz	155.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9nee.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9nee.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9nee_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9nee_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	9nee_validation.xml.gz	43.9 KB	表示
CIF形式データ	9nee_validation.cif.gz	64.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/9nee ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/9nee	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	49306MC 49269C 49276C 49277C 49290C 49291C 49304C 49326C 9ndaC 9ndqC 9ndtC 9ndzC 9ne0C 9nebC 9nelC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DNA primase

B: DNA replication helicase

ヘテロ分子

210 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	DNA primase 分子量: 114544.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Herpesviridae (ウイルス) / 遺伝子: UL52 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P10236, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: タンパク質	DNA replication helicase 分子量: 95128.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Herpesviridae (ウイルス) / 遺伝子: HELI, UL5 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P10189, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#3: 化合物	ChemComp-A1BXB / Pritelivir / N-methyl-N-(4-methyl-5-sulfamoyl-1,3-thiazol-2-yl)-2-[4-(pyridin-2-yl)phenyl]acetamide 分子量: 402.491 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₈N₄O₃S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: The ternary complex of HSV-1 UL8/UL52/UL5 helicase-primase complex タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量	実験値: NO
由来(天然)	生物種: Herpesviridae (ウイルス)
由来(組換発現)	生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液	pH: 7.5
試料	濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持	グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結	装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
11	RELION	5	最終オイラー角割当
13	RELION	5	３次元再構成

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 136652 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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