PDB-9nc2: Structure of HPK1 with compound C3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9nc2

タイトル

Structure of HPK1 with compound C3

要素

Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / kinase / cancer / inhibitor / HDX / molecular dynamics

機能・相同性

機能・相同性情報

MAP kinase kinase kinase kinase activity / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / JNK cascade / peptidyl-serine phosphorylation / protein autophosphorylation / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Kiefer, J.R. / Walters, B.T. / Wang, W. / Wu, P. / Duo, Y.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Chem.Inf.Model. / 年: 2025
タイトル: Integrating Hydrogen Exchange with Molecular Dynamics for Improved Ligand Binding Predictions.
著者: Walters, B.T. / Patapoff, A.W. / Kiefer, J.R. / Wu, P. / Wang, W.

履歴

登録	2025年2月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年6月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9nc2.cif.gz	344.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9nc2.ent.gz	282.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9nc2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/9nc2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/9nc2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9n48C 9n4uC 9n7rC 9n9xC 9nacC 9nbsC 9nbxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1

B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1

ヘテロ分子

71.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
35.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.006, 57.963, 61.562
Angle α, β, γ (deg.)	70.36, 66.43, 68.57
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1 / Hematopoietic progenitor kinase / MAPK/ERK kinase kinase kinase 1 / MEK kinase kinase 1 / MEKKK 1 分子量: 35018.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP4K1, HPK1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q92918, non-specific serine/threonine protein kinase

#1: タンパク質

Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1 / Hematopoietic progenitor kinase / MAPK/ERK kinase kinase kinase 1 / MEK kinase kinase 1 / MEKKK 1

分子量: 35018.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP4K1, HPK1
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q92918, non-specific serine/threonine protein kinase

-
非ポリマー , 5種, 742分子

#2: 化合物	ChemComp-F97 / N-{2-(3,3-difluoropyrrolidin-1-yl)-6-[(3R)-pyrrolidin-3-yl]pyrimidin-4-yl}-1-(propan-2-yl)-1H-pyrazolo[4,3-c]pyridin-6-amine 分子量: 428.482 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₆F₂N₈ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 736 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.19 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: as described

-
データ収集

回折	平均測定温度: 91 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→42.47 Å / Num. obs: 91469 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 2.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.036 / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.048 / Χ²: 0.71 / Net I/σ(I): 11.7
反射シェル	解像度: 1.5→1.59 Å / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.246 / Num. measured all: 28924 / Num. unique obs: 13049 / CC_1/2: 0.883 / R_pim(I) all: 0.221 / R_rim(I) all: 0.331 / Χ²: 0.69 / Net I/σ(I) obs: 3.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.2_5419	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→27.5 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 16.77 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1822	4474	4.98 %
R_work	0.1581	-	-
obs	0.1593	89882	93.85 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→27.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4482	0	80	736	5298

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4724
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.83	6410
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.606	1768
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	713
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	801

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.52	0.2423	141	0.2253	2834	X-RAY DIFFRACTION	93
1.52-1.53	0.2322	136	0.1986	2893	X-RAY DIFFRACTION	94
1.53-1.55	0.2084	145	0.1892	2833	X-RAY DIFFRACTION	94
1.55-1.57	0.2068	175	0.1837	2887	X-RAY DIFFRACTION	94
1.57-1.59	0.2314	158	0.1857	2809	X-RAY DIFFRACTION	94
1.59-1.62	0.2329	132	0.1921	2882	X-RAY DIFFRACTION	95
1.62-1.64	0.235	157	0.1863	2857	X-RAY DIFFRACTION	94
1.64-1.66	0.227	156	0.1775	2869	X-RAY DIFFRACTION	95
1.66-1.69	0.1899	154	0.1691	2877	X-RAY DIFFRACTION	95
1.69-1.72	0.1887	150	0.1667	2890	X-RAY DIFFRACTION	95
1.72-1.75	0.2028	149	0.1616	2880	X-RAY DIFFRACTION	95
1.75-1.78	0.1908	154	0.1635	2855	X-RAY DIFFRACTION	95
1.78-1.81	0.1946	154	0.1642	2919	X-RAY DIFFRACTION	95
1.81-1.85	0.1853	137	0.1641	2880	X-RAY DIFFRACTION	95
1.85-1.89	0.1731	174	0.1709	2854	X-RAY DIFFRACTION	95
1.89-1.93	0.1903	163	0.1613	2920	X-RAY DIFFRACTION	95
1.93-1.98	0.1992	151	0.1607	2836	X-RAY DIFFRACTION	95
1.98-2.04	0.1781	154	0.1573	2861	X-RAY DIFFRACTION	95
2.04-2.1	0.152	163	0.1513	2871	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1-2.16	0.1761	139	0.1479	2936	X-RAY DIFFRACTION	95
2.16-2.23	0.1668	147	0.1495	2484	X-RAY DIFFRACTION	92
2.26-2.33	0.1999	113	0.1432	2338	X-RAY DIFFRACTION	94
2.33-2.44	0.162	122	0.1489	2877	X-RAY DIFFRACTION	95
2.44-2.56	0.176	159	0.1419	2908	X-RAY DIFFRACTION	95
2.56-2.72	0.1905	122	0.1485	2925	X-RAY DIFFRACTION	95
2.73-2.94	0.1816	153	0.1594	2845	X-RAY DIFFRACTION	95
2.94-3.23	0.1666	153	0.1543	2900	X-RAY DIFFRACTION	95
3.23-3.7	0.1577	141	0.1471	2933	X-RAY DIFFRACTION	96
3.7-4.65	0.1659	160	0.1361	2924	X-RAY DIFFRACTION	97
4.65-27.5	0.1899	162	0.176	2831	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0026	0.0018	-0.0013	0.0004	-0.0003	0.0008	0.0051	-0.006	0.0065	-0.0044	0.0041	-0.001	0.01	0.0037	-0	0.0258	-0.0239	0.0188	0.0862	0.0452	0.042	-31.9753	-68.6497	257.2941
2	0.0009	0.0006	-0.0014	0.0019	-0.0031	0.0019	-0.0135	0.0416	0.0147	0.0155	-0.0431	-0.0176	0.0193	0.0261	0	-0.0488	0.0503	-0.0517	-0.0241	0.048	-0.0327	-46.2971	-73.5231	257.2504
3	-0.001	0.0011	-0.0004	-0.0004	0.0011	0	-0.0001	-0.012	0.0062	-0.007	-0.0005	-0.0081	0.001	0.0121	0	0.0273	-0.027	0.0129	-0.0091	-0.0783	-0.0067	-49.3501	-90.5837	238.1054
4	0.0043	0.0011	0.0008	0.0044	-0.0034	0.0043	-0.0004	0.0066	-0.0095	0.0214	-0.0131	0.0132	0.0114	-0.0188	-0	0.0644	0.0033	-0.0022	0.0542	-0.0057	0.066	-61.8236	-83.0533	264.1555
5	-0.0013	-0.0035	0.0049	-0.0042	-0.002	0.0014	-0.0204	-0.0284	-0.0337	-0.0326	-0.0174	-0.0213	0.0094	0.0669	0	-0.0171	0.0208	-0.0221	0.0235	0.0603	-0.0702	-40.0636	-117.1097	229.8432
6	-0.0026	0.0008	-0.0008	-0.0006	0.0009	0.0006	-0.0265	-0.0153	0.0134	-0.0012	-0.0008	-0.0199	-0.0014	-0.0004	-0	0.0109	0.0143	0.0095	-0.0232	-0.0402	-0.0127	-49.7662	-103.6639	240.5917
7	0.0066	0.0042	-0.004	0.0043	-0.0003	0	-0.0209	0.0156	-0.0029	-0.0213	0.0181	-0.0063	-0.0277	-0.0224	0	0.0168	0.0194	0.0099	-0.0522	-0.0627	-0.0503	-60.3071	-104.4067	222.8086

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 49 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 50 through 156 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 157 through 193 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 194 through 292 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 4 through 130 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 131 through 193 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 194 through 293 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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