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- PDB-9n7r: Crystal structure of HPK1 bound to N-(3,5-difluoro-4-{[3-(trifluo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9n7r
タイトルCrystal structure of HPK1 bound to N-(3,5-difluoro-4-{[3-(trifluoromethyl)-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-4-yl]oxy}phenyl)-N'-[3-(morpholin-4-yl)propyl]urea (compound C6)
要素Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / nucleotide binding / MAP4K1 / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
機能・相同性
機能・相同性情報


MAP kinase kinase kinase kinase activity / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / JNK cascade / peptidyl-serine phosphorylation / protein autophosphorylation / cell population proliferation / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / positive regulation of MAPK cascade / intracellular signal transduction ...MAP kinase kinase kinase kinase activity / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / JNK cascade / peptidyl-serine phosphorylation / protein autophosphorylation / cell population proliferation / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / positive regulation of MAPK cascade / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase kinase / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / : / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase kinase / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / : / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Walters, B.T. / Kiefer, J.R. / Hsu, P.L. / Wang, W. / Wu, P.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Chem.Inf.Model. / 年: 2025
タイトル: Integrating Hydrogen Exchange with Molecular Dynamics for Improved Ligand Binding Predictions.
著者: Walters, B.T. / Patapoff, A.W. / Kiefer, J.R. / Wu, P. / Wang, W.
履歴
登録2025年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,34119
ポリマ－70,0372
非ポリマー3,30417
水4,179232
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8230 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area26190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.190, 76.690, 85.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.82, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1 / Hematopoietic progenitor kinase / MAPK/ERK kinase kinase kinase 1 / MEK kinase kinase 1 / MEKKK 1


分子量: 35018.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP4K1, HPK1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q92918, non-specific serine/threonine protein kinase

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非ポリマー , 5種, 249分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-A1BWC / N-(3,5-difluoro-4-{[3-(trifluoromethyl)-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-4-yl]oxy}phenyl)-N'-[3-(morpholin-4-yl)propyl]urea


分子量: 499.434 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H22F5N5O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.43 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 12% PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11583 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月16日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11583 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→47.94 Å / Num. obs: 34882 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.095 / Χ2: 1.05 / Net I/σ(I): 14.1 / Num. measured all: 233514
反射 シェル解像度: 2.13→2.19 Å / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.811 / Num. measured all: 19926 / Num. unique obs: 2879 / CC1/2: 0.817 / Rpim(I) all: 0.332 / Rrim(I) all: 0.878 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I) obs: 2.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Aimless0.7.4 (CCP4 7.0.71)データスケーリング
XDSデータ削減
PHENIX1.20.1_4487位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.13→47.94 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2268 1699 4.9 %4.90%
Rwork0.1783 ---
obs0.1807 34675 99.29 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.13→47.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4555 0 212 232 4999
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054873
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7746579
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.681800
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042703
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005812
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.13-2.190.31671560.25092757X-RAY DIFFRACTION100
2.19-2.260.29581370.23742717X-RAY DIFFRACTION100
2.26-2.340.28761180.2212743X-RAY DIFFRACTION99
2.34-2.440.26381350.21942756X-RAY DIFFRACTION99
2.44-2.550.27011500.20162752X-RAY DIFFRACTION99
2.55-2.680.271310.19122761X-RAY DIFFRACTION100
2.68-2.850.24431510.18992731X-RAY DIFFRACTION100
2.85-3.070.27261500.20562713X-RAY DIFFRACTION99
3.07-3.380.24751450.18062748X-RAY DIFFRACTION99
3.38-3.870.19461480.16182735X-RAY DIFFRACTION99
3.87-4.870.18771280.13452768X-RAY DIFFRACTION98
4.88-47.940.18931500.17112795X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2062-0.5436-0.86951.8211-1.11741.66380.1522-0.00430.37550.15240.05320.1397-0.2446-0.206900.31840.0104-0.00590.388-0.01860.3911.501822.271510.8102
20.57990.3160.58230.7513-0.32690.8860.0108-0.4749-0.00440.37650.0039-0.0725-0.1277-0.1333-00.3419-0.0014-0.00750.411-0.04120.33777.549717.981221.9746
31.7958-0.4598-0.06131.1298-0.28390.69320.0411-0.09360.1394-0.0095-0.065-0.0149-0.0349-0.04400.2118-0.0123-0.02120.2275-0.00760.251218.709413.41228.1306
40.89060.6144-1.9525-0.1331-0.65710.5155-0.0272-0.111-0.03730.2278-0.09110.09480.03750.0514-0.00020.3827-0.00720.02160.39920.01740.368813.97242.336919.7189
51.4803-0.2529-0.56342.33221.01591.9226-0.1165-0.1119-0.18880.0765-0.0293-0.14010.35490.1351-0.00010.23120.0412-0.00730.27680.02420.302330.8687-0.71817.8207
60.7593-0.0372-0.08720.4864-0.02510.0755-0.15140.6518-0.2789-0.8684-0.09990.1454-0.0909-0.19420.00830.450.02150.02430.36160.01140.443220.803116.6494-8.6898
70.60580.21830.10391.4189-0.60443.1941-0.03220.55090.0181-0.50070.3061-0.26390.7139-0.0023-00.7014-0.0434-0.06660.6821-0.05350.5885-0.7702-26.896117.2662
81.86830.72330.60252.5929-0.51382.31930.08270.2872-0.0847-0.0420.06240.09440.2493-0.0054-0.00250.44140.02450.00120.33230.0060.2624-0.4912-20.908534.037
90.13540.8227-1.210.1794-1.07040.3942-0.0681-0.083-0.34930.18-0.0878-0.07890.0991-0.21780.00030.4987-0.04750.0390.44440.02080.45712.1229-10.550419.6633
100.90480.47130.08443.5502-0.30281.97850.1846-0.09250.07330.4611-0.1266-0.1179-0.08860.1449-00.43510.01160.02240.3405-0.00280.26493.4915-10.575944.1582
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 49 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 50 through 83 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 84 through 150 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 151 through 210 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 211 through 280 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 281 through 296 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 8 through 83 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 84 through 150 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 151 through 193 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 194 through 294 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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