PDB-9nbs: Structure of HPK1 with compound R2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9nbs

タイトル

Structure of HPK1 with compound R2

要素

Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / kinase / cancer / inhibitor / HDX / molecular dynamics

機能・相同性

機能・相同性情報

MAP kinase kinase kinase kinase activity / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / JNK cascade / peptidyl-serine phosphorylation / protein autophosphorylation / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Kiefer, J.R. / Walters, B.T. / Wang, W. / Wu, P. / Duo, Y.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Chem.Inf.Model. / 年: 2025
タイトル: Integrating Hydrogen Exchange with Molecular Dynamics for Improved Ligand Binding Predictions.
著者: Walters, B.T. / Patapoff, A.W. / Kiefer, J.R. / Wu, P. / Wang, W.

履歴

登録	2025年2月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年6月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9nbs.cif.gz	358.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9nbs.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9nbs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/9nbs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/9nbs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9n48C 9n4uC 9n7rC 9n9xC 9nacC 9nbxC 9nc2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1

B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1

ヘテロ分子

72.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
36.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.047, 58.075, 61.646
Angle α, β, γ (deg.)	70.00, 66.51, 68.09
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1 / Hematopoietic progenitor kinase / MAPK/ERK kinase kinase kinase 1 / MEK kinase kinase 1 / MEKKK 1 分子量: 35018.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP4K1, HPK1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q92918, non-specific serine/threonine protein kinase

#1: タンパク質

Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1 / Hematopoietic progenitor kinase / MAPK/ERK kinase kinase kinase 1 / MEK kinase kinase 1 / MEKKK 1

分子量: 35018.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP4K1, HPK1
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q92918, non-specific serine/threonine protein kinase

-
非ポリマー , 5種, 578分子

#2: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-A1BW4 / (1R,3S,5'P)-4'-chloro-3-methyl-5'-[(3M)-3-(1-methyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)phenyl]-1',2'-dihydrospiro[cyclopentane-1,3'-pyrrolo[2,3-b]pyridine]-3-carboxamide 分子量: 448.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₂₅ClN₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 556 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.21 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: as described

-
データ収集

回折	平均測定温度: 91 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→52.47 Å / Num. obs: 54159 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 0.988 / R_merge(I) obs: 0.048 / R_pim(I) all: 0.048 / R_rim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 108089
反射シェル	解像度: 1.8→1.89 Å / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.374 / Num. measured all: 15492 / Num. unique obs: 7760 / CC_1/2: 0.697 / R_pim(I) all: 0.374 / R_rim(I) all: 0.528 / Net I/σ(I) obs: 2.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.2_5419	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→52.47 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 20.94 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2073	2675	4.94 %
R_work	0.1651	-	-
obs	0.1672	54144	97.06 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→52.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4540	0	165	556	5261

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	4862
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.948	6573
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.086	1816
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	722
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	822

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.83	0.2805	110	0.2413	2666	X-RAY DIFFRACTION	96
1.83-1.86	0.3003	104	0.2296	2749	X-RAY DIFFRACTION	96
1.86-1.9	0.2509	144	0.2319	2622	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9-1.94	0.2889	156	0.2203	2687	X-RAY DIFFRACTION	96
1.94-1.99	0.2864	154	0.2066	2693	X-RAY DIFFRACTION	96
1.99-2.04	0.2672	154	0.1905	2637	X-RAY DIFFRACTION	96
2.04-2.09	0.2282	145	0.1833	2703	X-RAY DIFFRACTION	97
2.09-2.15	0.2193	153	0.1707	2727	X-RAY DIFFRACTION	97
2.15-2.22	0.2389	124	0.1693	2716	X-RAY DIFFRACTION	97
2.22-2.3	0.2209	146	0.1684	2677	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3-2.4	0.1838	162	0.1513	2690	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4-2.51	0.2058	169	0.1509	2685	X-RAY DIFFRACTION	97
2.51-2.64	0.2032	137	0.1518	2779	X-RAY DIFFRACTION	98
2.64-2.8	0.1909	125	0.1587	2723	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8-3.02	0.198	129	0.1633	2728	X-RAY DIFFRACTION	98
3.02-3.32	0.1968	108	0.1617	2760	X-RAY DIFFRACTION	98
3.32-3.8	0.2081	118	0.1435	2775	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8-4.79	0.1545	158	0.1346	2743	X-RAY DIFFRACTION	99
4.79-52.47	0.199	179	0.174	2709	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.027	0.0088	0.0114	0.011	0.0273	0.0105	-0.1146	0.0819	0.1165	0.1203	-0.1337	0.1739	0.1762	-0.1141	0	-0.008	0.0574	-0.0718	-0	0.1291	-0.0173	-12.9395	46.1985	15.3479
2	-0.0042	-0.0025	0.0018	-0.0026	0.0063	-0.0018	-0.021	-0.0274	-0.009	-0.0122	-0.0291	-0.0058	0.0116	0.0387	-0	0.0497	-0.0187	0.0515	0.0494	-0.2338	-0.1045	-20.4899	27.7665	-4.321
3	0.0226	0.0039	0.002	0.0151	-0.0049	0.0155	-0.0513	0.1323	0.0336	0.0606	-0.0184	0.0001	0.0279	-0.0812	0	0.0747	0.0051	0.0071	0.0022	-0.05	0.0699	-32.7091	35.401	22.1513
4	-0.0017	-0.028	0.0121	0.0077	0.0096	0.0216	0.0121	-0.15	-0.0842	-0.1967	-0.1508	0.007	0.0808	0.0019	-0	0.0405	-0.0142	0.0452	0.0695	0.1351	0.0128	-10.3092	1.9272	-11.6685
5	0.0038	-0.0055	0.0028	0.0022	-0.0055	0.0056	0.0279	-0.1304	-0.0195	-0.0658	-0.0026	-0.0083	0.0432	0.0355	0	0.067	-0.0109	0.0091	0.1269	-0.0019	0.0694	-18.4506	10.2013	-7.6713
6	0.0016	0.0003	-0.0019	-0.0004	0.002	0.001	0.0012	0.021	-0.0032	0.0071	0.0211	-0.0056	0.0068	0.0096	0	0.0754	0.0027	-0.0079	0.1018	-0.1645	0.0508	-24.3499	24.2197	10.5674
7	0.0443	0.0188	0.0025	0.0121	0.0051	-0.0031	0.0312	-0.1079	-0.0528	-0.0467	0.0763	-0.009	-0.0624	-0.1097	0	0.0555	-0.0428	-0.0027	-0.0594	-0.1209	-0.054	-31.4063	13.9062	-19.4856

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 156 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 157 through 193 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 194 through 293 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 4 through 130 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 131 through 171 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 172 through 193 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 194 through 293 )

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