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万見
- PDB-9nb4: Serial synchrotron X-ray diffraction structure of papain microcry... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9nb4
タイトルSerial synchrotron X-ray diffraction structure of papain microcrystals soaked with natural product E-64-A65
要素Papain
キーワードHYDROLASE / Inhibitor / Complex / Enzyme / Serial
機能・相同性
機能・相同性情報


papain / serpin family protein binding / cysteine-type peptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal ...Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Carica papaya (パパイア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Vlahakis, N.W. / Summers, J.A. / Wakatsuki, S. / Rodriguez, J.A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)HHMI-EPI 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1548924 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-FC02-02ER63421 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: Combining MicroED and native mass spectrometry for structural discovery of enzyme-biosynthetic inhibitor complexes.
著者: Niko W Vlahakis / Cameron W Flowers / Mengting Liu / Matthew Agdanowski / Samuel Johnson / Jacob A Summers / Catherine Keyser / Phoebe Russell / Samuel Rose / Julien Orlans / Nima Adhami / Yu ...著者: Niko W Vlahakis / Cameron W Flowers / Mengting Liu / Matthew Agdanowski / Samuel Johnson / Jacob A Summers / Catherine Keyser / Phoebe Russell / Samuel Rose / Julien Orlans / Nima Adhami / Yu Chen / Michael R Sawaya / Shibom Basu / Daniele de Sanctis / Soichi Wakatsuki / Hosea M Nelson / Joseph A Loo / Yi Tang / Jose A Rodriguez /
要旨: With the goal of accelerating the discovery of small molecule-protein complexes, we leverage fast, low-dose, event based electron counting microcrystal electron diffraction (MicroED) data collection ...With the goal of accelerating the discovery of small molecule-protein complexes, we leverage fast, low-dose, event based electron counting microcrystal electron diffraction (MicroED) data collection and native mass spectrometry. This approach resolves structures of the epoxide-based cysteine protease inhibitor, and natural product, E-64, and its biosynthetic analogs bound to the model cysteine protease, papain. The combined structural power of MicroED and the analytical capabilities of native mass spectrometry (ED-MS) allows assignment of papain structures bound to E-64-like ligands with data obtained from crystal slurries soaked with mixtures of known inhibitors, and crude biosynthetic reactions. ED-MS further discriminates the highest-affinity ligand soaked into microcrystals from a broad inhibitor cocktail, and identifies multiple similarly high-affinity ligands soaked into microcrystals simultaneously. This extends to libraries of printed ligands dispensed directly onto TEM grids and later soaked with papain microcrystal slurries. ED-MS identifies papain binding to its preferred natural products, by showing that two analogues of E-64 outcompete others in binding to papain crystals, and by detecting papain bound to E-64 and an analogue from crude biosynthetic reactions, without purification. This illustrates the utility of ED-MS for natural product ligand discovery and for structure-based screening of small molecule binders to macromolecular targets.
履歴
登録2025年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Papain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8242
ポリマ－23,4521
非ポリマー3711
水1,65792
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.500, 48.900, 101.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Papain / Papaya proteinase I / PPI


分子量: 23452.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Carica papaya (パパイア) / 参照: UniProt: P00784, papain
#2: 化合物 ChemComp-A1AXI / (3S)-4-({(1S)-2-[(8-aminooctyl)amino]-1-cyclobutyl-2-oxoethyl}amino)-3-hydroxy-4-oxobutanoic acid


分子量: 371.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H33N3O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 889 mM NaCl, 59% methanol in reservoir. 66% methanol in sitting drop.

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.072 Å
検出器タイプ: PSI JUNGFRAU 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.072 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→44.05 Å / Num. obs: 37928 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 332.9 % / CC1/2: 0.951 / CC star: 0.987 / R split: 0.186 / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 235.02 % / Num. unique obs: 1877 / CC1/2: 0.422 / CC star: 0.77 / R split: 0.796 / % possible all: 100
Serial crystallography sample delivery手法: fixed target
Serial crystallography sample delivery fixed target解説: mylar foils
Serial crystallography data reductionCrystal hits: 25777 / Frames indexed: 22420 / Lattices indexed: 24052

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
CrystFELデータスケーリング
CrystFELデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→44.05 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2096 1014 5 %
Rwork0.1667 --
obs0.1688 20272 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→44.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1655 0 26 92 1773
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071800
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9652453
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.097277
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063243
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008325
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.890.27411420.252694X-RAY DIFFRACTION100
1.9-2.010.26561430.21352716X-RAY DIFFRACTION100
2.01-2.170.24661420.18132696X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.390.21721430.17212734X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.730.22011450.18432742X-RAY DIFFRACTION100
2.73-3.440.2051460.16842773X-RAY DIFFRACTION100
3.44-44.050.18371530.14152903X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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