PDB-9nac: Structure of HPK1 with C4 bound at its active site

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9nac

タイトル

Structure of HPK1 with C4 bound at its active site

要素

Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1

キーワード

TRANSFERASE/INHIBITOR / kinase / inhibitor / HDX / molecular dynamics / HX-ESP / TRANSFERASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

MAP kinase kinase kinase kinase activity / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / JNK cascade / peptidyl-serine phosphorylation / protein autophosphorylation / cell population proliferation / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / positive regulation of MAPK cascade / intracellular signal transduction ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Kiefer, J.R. / Wang, W. / Wu, P. / Walters, B.T. / Dou, Y.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Chem.Inf.Model. / 年: 2025
タイトル: Integrating Hydrogen Exchange with Molecular Dynamics for Improved Ligand Binding Predictions.
著者: Walters, B.T. / Patapoff, A.W. / Kiefer, J.R. / Wu, P. / Wang, W.

履歴

登録	2025年2月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年6月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年7月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

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文書・詳細版	9nac_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/9nac ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/9nac	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9n48C 9n4uC 9n7rC 9n9xC 9nbsC 9nbxC 9nc2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1

B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1

ヘテロ分子

72.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.632, 52.343, 104.411
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.16, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1 / Hematopoietic progenitor kinase / MAPK/ERK kinase kinase kinase 1 / MEK kinase kinase 1 / MEKKK 1 分子量: 35018.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP4K1, HPK1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q92918, non-specific serine/threonine protein kinase

#1: タンパク質

Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1 / Hematopoietic progenitor kinase / MAPK/ERK kinase kinase kinase 1 / MEK kinase kinase 1 / MEKKK 1

分子量: 35018.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP4K1, HPK1
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q92918, non-specific serine/threonine protein kinase

-
非ポリマー , 7種, 581分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-A1BWM / 5-[(4-{[(1S)-2-hydroxy-1-phenylethyl]amino}-5-[3-(oxan-4-yl)-1,2,4-oxadiazol-5-yl]pyrimidin-2-yl)amino]-3,3-dimethyl-2-benzofuran-1(3H)-one 分子量: 542.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₉H₃₀N₆O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 562 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.27 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: not provided by author

-
データ収集

回折	平均測定温度: 91 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→44.63 Å / Num. obs: 98887 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 7.2 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.074 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.08 / Χ²: 0.97 / Net I/σ(I): 13.4 / Num. measured all: 707146
反射シェル	解像度: 1.45→1.47 Å / % possible obs: 85.3 % / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.611 / Num. measured all: 30074 / Num. unique obs: 4357 / CC_1/2: 0.881 / R_pim(I) all: 0.248 / R_rim(I) all: 0.66 / Χ²: 1.03 / Net I/σ(I) obs: 3.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21.2_5419: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.45→33.75 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.66 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1931	9367	4.84 %
R_work	0.1773	-	-
obs	0.178	193687	94.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→33.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4477	0	171	562	5210

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	4833
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.704	6542
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.656	1788
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	719
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	823

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.45-1.47	0.2606	279	0.2365	5256	X-RAY DIFFRACTION	82
1.47-1.48	0.23	324	0.2233	5842	X-RAY DIFFRACTION	90
1.48-1.5	0.2428	309	0.2253	6009	X-RAY DIFFRACTION	92
1.5-1.52	0.2239	321	0.2134	6061	X-RAY DIFFRACTION	94
1.52-1.54	0.2282	284	0.2079	6233	X-RAY DIFFRACTION	94
1.54-1.56	0.2191	345	0.2047	6056	X-RAY DIFFRACTION	94
1.56-1.58	0.2253	335	0.2086	6273	X-RAY DIFFRACTION	95
1.58-1.61	0.2298	298	0.2011	6022	X-RAY DIFFRACTION	95
1.61-1.63	0.2233	347	0.2002	6267	X-RAY DIFFRACTION	95
1.63-1.66	0.2353	273	0.1959	6161	X-RAY DIFFRACTION	95
1.66-1.69	0.1984	294	0.1971	6229	X-RAY DIFFRACTION	95
1.69-1.72	0.2389	312	0.193	6139	X-RAY DIFFRACTION	95
1.72-1.75	0.2166	338	0.1912	6142	X-RAY DIFFRACTION	95
1.75-1.79	0.248	308	0.1893	6238	X-RAY DIFFRACTION	95
1.79-1.83	0.2109	274	0.1896	6304	X-RAY DIFFRACTION	95
1.83-1.87	0.1945	288	0.1931	6028	X-RAY DIFFRACTION	93
1.87-1.92	0.211	255	0.1906	5434	X-RAY DIFFRACTION	84
1.92-1.97	0.2086	302	0.1874	6209	X-RAY DIFFRACTION	95
1.97-2.03	0.1946	301	0.1751	6375	X-RAY DIFFRACTION	97
2.03-2.09	0.1893	307	0.1742	6357	X-RAY DIFFRACTION	97
2.09-2.17	0.1678	307	0.168	6331	X-RAY DIFFRACTION	97
2.17-2.25	0.2052	349	0.1742	6272	X-RAY DIFFRACTION	97
2.25-2.36	0.1858	351	0.171	6334	X-RAY DIFFRACTION	98
2.36-2.48	0.1852	322	0.1695	6402	X-RAY DIFFRACTION	97
2.48-2.63	0.1916	349	0.1762	6256	X-RAY DIFFRACTION	98
2.63-2.84	0.1876	321	0.1767	6315	X-RAY DIFFRACTION	97
2.84-3.12	0.1952	347	0.1733	6276	X-RAY DIFFRACTION	97
3.12-3.57	0.1966	264	0.1717	5574	X-RAY DIFFRACTION	86
3.57-4.5	0.1481	345	0.1468	6451	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5-33.75	0.1876	318	0.1734	6474	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0008	-0.001	0.0005	0.0009	-0.0018	0.0007	-0.0154	0.0019	-0.0003	0.0125	-0.0031	0.0033	0.0082	-0.0023	0	0.1259	-0.0005	-0.0188	0.0819	0.0044	0.1144	-14.4714	-15.3582	23.925
2	0.0025	-0.0023	0.0009	0.0017	-0.001	0.0007	0.001	0.0131	-0.0099	0.0061	0.0085	0.0054	0.0046	0.0021	-0	0.0815	0.0203	0.0064	0.1069	0.0072	0.059	-21.9649	-12.2803	18.1349
3	0.0003	-0.0006	0.0024	0.001	-0.0016	0.001	-0.0209	-0.0086	-0.0088	-0.0018	-0.02	-0.0182	-0.0041	0.0018	0	0.064	0.0188	-0.0113	0.0145	0.006	0.06	-9.4115	-6.7326	18.4562
4	0.003	0.0007	0.0035	0.0018	-0.0013	0.0039	-0.0067	0.02	-0.0151	0.0197	0.0163	0.0019	0.0028	-0.0028	-0	0.0296	0.0054	-0.0021	0.0293	-0.0105	0.0312	-23.1128	4.509	15.4173
5	0.0003	-0.0006	-0.0003	0.0005	0.0001	0.0003	-0.001	-0.0008	-0.0007	0.0059	-0.0064	-0.0059	0.0001	-0.0003	0	0.0174	0.0018	-0.0036	0.0409	-0.0021	0.0346	-15.2387	5.7797	12.1533
6	0.0006	-0.001	0.0015	0.0057	-0.0035	0.0019	-0.0182	-0.0054	-0.0029	0.0076	-0.0196	-0.0258	-0.0065	-0.0063	-0	0.0361	0.0064	0.0542	0.0431	0.0218	0.073	-11.1567	1.2484	12.8953
7	0.0003	-0.0005	-0.0011	-0.0016	0.0004	-0.0013	0.0055	-0.004	-0.0079	0.0042	0.0064	0.0098	0.0032	0.0063	0	-0.0243	0.017	0.1074	0.0476	0.0208	-0.0016	9.1343	8.103	2.7071
8	0.001	0.0002	0.0005	0.0002	-0.0011	0.0013	-0.0033	0.0182	0.0228	-0.0205	-0.0167	-0.015	-0.0019	-0.0074	0	0.0318	0.0087	0.0138	0.0314	-0.0012	-0.0104	-19.6971	13.5735	-2.1656
9	0.0005	-0.0012	0.0011	0.0034	0.0006	-0.0001	-0.0034	0.0017	0.0212	0.0062	0.0077	-0.0017	-0.0231	0.0042	-0	0.0453	-0.0035	-0.0008	0.0306	-0.0034	0.0386	-21.1469	22.6232	10.0968
10	0.0004	-0	-0.0004	0.0003	-0.0004	0.0006	0.0035	0.0026	-0.0045	-0.0019	0.0028	0.0052	0.006	-0.0079	0	0.0535	-0.0097	0.0369	0.1004	-0.0116	0.0598	-37.1663	6.5647	18.1501
11	0.0072	0.0124	-0.0163	0.0144	0.0118	0.0131	0.0957	-0.0864	-0.0727	-0.0128	0.0372	0.0637	-0.0764	0.0805	0	0.0035	0.0051	-0.0723	0.0194	0.0209	0.0777	4.6073	19.9137	34.8232
12	-0.0022	0.0025	-0.0085	-0.0119	-0.0077	0.009	0.0462	-0.0804	0.0367	0.0228	0.052	-0.0377	-0.0568	0.0281	0	0.019	0.0243	0.1379	0.0712	-0.0953	-0.1668	4.0838	38.9766	45.4348

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 21 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 22 through 49 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 50 through 83 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 84 through 130 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 131 through 145 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 146 through 171 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 172 through 193 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 194 through 239 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 240 through 280 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 281 through 295 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 5 through 169 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 170 through 293 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)