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- PDB-9n8p: Subtomogram average of dimers of influenza HA trimers -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9n8p
タイトルSubtomogram average of dimers of influenza HA trimers
要素
  • Hemagglutinin
  • Hemagglutinin HA2 chain
キーワードVIRAL PROTEIN / Hemagglutinin
機能・相同性
機能・相同性情報


Transport of HA trimer, NA tetramer and M2 tetramer from the endoplasmic reticulum to the Golgi Apparatus / Assembly of Viral Components at the Budding Site / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / Viral mRNA Translation ...Transport of HA trimer, NA tetramer and M2 tetramer from the endoplasmic reticulum to the Golgi Apparatus / Assembly of Viral Components at the Budding Site / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / Viral mRNA Translation / viral budding from plasma membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9 Å
データ登録者Huang, Q.J. / Song, K. / Schiffer, C.A. / Somasundaran, M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM143773 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM151996 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: Virion-associated influenza hemagglutinin clusters upon sialic acid binding visualized by cryoelectron tomography.
著者: Qiuyu J Huang / Ryan Kim / Kangkang Song / Nikolaus Grigorieff / James B Munro / Celia A Schiffer / Mohan Somasundaran /
要旨: Influenza viruses are enveloped, negative-sense single-stranded RNA viruses covered in a dense layer of glycoproteins. Hemagglutinin (HA) accounts for 80 to 90% of influenza glycoprotein and plays a ...Influenza viruses are enveloped, negative-sense single-stranded RNA viruses covered in a dense layer of glycoproteins. Hemagglutinin (HA) accounts for 80 to 90% of influenza glycoprotein and plays a role in host cell binding and membrane fusion. While previous studies have characterized structures of purified receptor-free and receptor-bound HA, the effect of receptor binding on HA organization and structure on virions remains unknown. Here, we used cryoelectron tomography to visualize influenza virions bound to a sialic acid receptor mimic. Overall, receptor binding did not result in significant changes in viral morphology; however, we observed rearrangements of HA trimer organization and orientation. Compared to the even interglycoprotein spacing of unliganded HA trimers, receptor binding promotes HA trimer clustering and the formation of a triplet of trimers. Subtomogram averaging and refinement yielded 8 to 10 Å reconstructions that allowed us to visualize specific contacts between HAs from neighboring trimers and identify molecular features that mediate clustering. Taken together, we present structural evidence that receptor binding triggers clustering of HA trimers, revealing an additional layer of HA dynamics and plasticity.
履歴
登録2025年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin HA2 chain
C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin HA2 chain
E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin HA2 chain
G: Hemagglutinin
H: Hemagglutinin HA2 chain
I: Hemagglutinin
J: Hemagglutinin HA2 chain
K: Hemagglutinin
L: Hemagglutinin HA2 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)332,68218
ポリマ－329,85412
非ポリマー2,8286
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Hemagglutinin


分子量: 36733.402 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Influenza A virus (A/Puerto Rico/8/1934(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Puerto Rico/8/1934 / 参照: UniProt: P03452
#2: タンパク質
Hemagglutinin HA2 chain


分子量: 18242.221 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Influenza A virus (A/Puerto Rico/8/1934(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Puerto Rico/8/1934 / 参照: UniProt: P03452
#3: 多糖
N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 471.411 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-6DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2/a6-b2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Galp]{[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}LINUCSPDB-CARE
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: サブトモグラム平均法

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試料調製

構成要素名称: Influenza A virus (A/Puerto Rico/8/1934(H1N1)) / タイプ: VIRUS
詳細: Virus produced in embryonated eggs and purified from allantoic fluid.
Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/Puerto Rico/8/1934(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Puerto Rico/8/1934
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Virus was incubated with Sialylneolacto-N-tetraose c (LSTc) at a final concentration of 100 um
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: EMS-002 RAPID IMMERSION FREEZER / 凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 42000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 6000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 1.86 e/Å2 / Avg electron dose per subtomogram: 120 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Warpvolume selection
2SerialEM画像取得
7UCSF ChimeraXモデルフィッティング
10RELION4最終オイラー角割当
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 9283 / 対称性のタイプ: POINT
EM volume selectionNum. of tomograms: 16 / Num. of volumes extracted: 26500
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
詳細: Rigid body docking was performed in ChimeraX. Phenix was used for flexible real space refinement and Schrodinger Protein Preparation Wizard was used to perform final energy minimization.
原子モデル構築PDB-ID: 1RVZ

1rvz


Accession code: 1RVZ / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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