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- PDB-9n89: Crystal structure of 2A2 malarial antibody -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9n89
タイトルCrystal structure of 2A2 malarial antibody
要素
  • 2A2 Heavy Chain
  • 2A2 Kappa Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / malaria
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Yoo, R. / Julien, J.P.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structure of endogenous Pfs230:Pfs48/45 complex with six antibodies reveals mechanisms of malaria transmission-blocking activity.
著者: Ezra T Bekkering / Randy Yoo / Sophia Hailemariam / Fabian Heide / Danton Ivanochko / Matthew Jackman / Nicholas I Proellochs / Rianne Stoter / Geert-Jan van Gemert / Ayana Maeda / Takaaki ...著者: Ezra T Bekkering / Randy Yoo / Sophia Hailemariam / Fabian Heide / Danton Ivanochko / Matthew Jackman / Nicholas I Proellochs / Rianne Stoter / Geert-Jan van Gemert / Ayana Maeda / Takaaki Yuguchi / Oscar T Wanders / Renate C van Daalen / Maartje R Inklaar / Carolina M Andrade / Pascal W T C Jansen / Michiel Vermeulen / Teun Bousema / Eizo Takashima / John L Rubinstein / Taco W A Kooij / Matthijs M Jore / Jean-Philippe Julien /
要旨: The Pfs230:Pfs48/45 complex forms the basis for leading malaria transmission-blocking vaccine candidates, yet little is known about its molecular assembly. Here, we used cryo-electron microscopy to ...The Pfs230:Pfs48/45 complex forms the basis for leading malaria transmission-blocking vaccine candidates, yet little is known about its molecular assembly. Here, we used cryo-electron microscopy to elucidate the structure of the endogenous Pfs230:Pfs48/45 complex bound to six transmission-blocking antibodies. Our structure revealed that Pfs230 consists of multiple domain clusters rigidified by interactions mediated through insertion domains. Membrane-anchored Pfs48/45 formed a disk-like structure, interacting with a short C-terminal peptide on Pfs230 that was critical for Pfs230 membrane-retention in vivo. Membrane retention through this interaction was not essential for transmission to mosquitoes, suggesting that complex disruption is not a mode of action for transmission-blocking antibodies. Analyses of Pfs48/45- and Pfs230-targeted antibodies identified conserved epitopes on the Pfs230:Pfs48/45 complex and provided a structural paradigm for complement-dependent activity of Pfs230-targeting antibodies. Altogether, the antibody-bound Pfs230:Pfs48/45 structure improves our molecular understanding of this biological complex, informing the development of next-generation Plasmodium falciparum transmission-blocking interventions.
履歴
登録2025年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年10月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: 2A2 Heavy Chain
L: 2A2 Kappa Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1122
ポリマ－47,1122
非ポリマー00
水6,575365
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3090 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area19240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.974, 76.682, 91.872
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: 抗体 2A2 Heavy Chain


分子量: 23507.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 2A2 Kappa Chain


分子量: 23604.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.14 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 30% w/v PEG 4K

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.920194 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年10月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.920194 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→28.51 Å / Num. obs: 131804 / % possible obs: 99.52 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 9.88 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 8.88
反射 シェル解像度: 1.2→1.21 Å / Num. unique obs: 8275 / CC1/2: 0.716

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.2→28.51 Å / SU ML: 0.0985 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.1425
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1941 6511 4.94 %
Rwork0.186 125284 -
obs0.1864 131795 99.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 12.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→28.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3238 0 0 365 3603
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00433438
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79754728
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0825545
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0055618
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.24091257
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2-1.210.25872150.22414031X-RAY DIFFRACTION98.2
1.21-1.230.2312220.2274109X-RAY DIFFRACTION98.86
1.23-1.240.2382040.2244091X-RAY DIFFRACTION98.58
1.24-1.260.23532180.21834135X-RAY DIFFRACTION98.64
1.26-1.280.23982140.21374112X-RAY DIFFRACTION98.95
1.28-1.290.22382240.214090X-RAY DIFFRACTION99.31
1.29-1.310.22881970.20814142X-RAY DIFFRACTION99.09
1.31-1.330.22792070.20714125X-RAY DIFFRACTION99.15
1.33-1.350.20292470.19894107X-RAY DIFFRACTION99.23
1.35-1.370.21152150.20134145X-RAY DIFFRACTION99.34
1.37-1.40.21442320.19874108X-RAY DIFFRACTION99.38
1.4-1.420.20772150.19194175X-RAY DIFFRACTION99.52
1.42-1.450.19322120.19494117X-RAY DIFFRACTION99.61
1.45-1.480.21762160.19274159X-RAY DIFFRACTION99.66
1.48-1.510.19982020.1874166X-RAY DIFFRACTION99.68
1.51-1.550.18252040.18444162X-RAY DIFFRACTION99.7
1.55-1.590.18752190.1774180X-RAY DIFFRACTION99.89
1.59-1.630.19322100.17754199X-RAY DIFFRACTION99.86
1.63-1.680.18982170.17834190X-RAY DIFFRACTION99.91
1.68-1.730.17752210.1864175X-RAY DIFFRACTION99.98
1.73-1.790.20012060.18144189X-RAY DIFFRACTION99.93
1.79-1.870.20371940.17874231X-RAY DIFFRACTION99.95
1.87-1.950.17112340.17734194X-RAY DIFFRACTION99.93
1.95-2.050.17792170.17054197X-RAY DIFFRACTION99.86
2.05-2.180.17682210.17224224X-RAY DIFFRACTION99.89
2.18-2.350.17772190.17544228X-RAY DIFFRACTION99.75
2.35-2.590.22922120.19094244X-RAY DIFFRACTION99.87
2.59-2.960.2022170.19894293X-RAY DIFFRACTION99.89
2.96-3.730.18572300.18664298X-RAY DIFFRACTION99.98
3.73-28.510.17362500.17144468X-RAY DIFFRACTION99.79

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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