PDB-9n7k: Crystal structure of human anti-Pfs48/45 transmission-blocking an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9n7k

タイトル

Crystal structure of human anti-Pfs48/45 transmission-blocking antibody RUPA-71

要素

RUPA-71 Fab heavy chain
RUPA-71 Fab kappa chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Pfs48/45 / human transmission-blocking antibodies / Malaria

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.28 Å

データ登録者

Hailemariam, S. / Ivanochko, D. / Liu, X. / Julien, J.P.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Immunity / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structure of endogenous Pfs230:Pfs48/45 complex with six antibodies reveals mechanisms of malaria transmission-blocking activity
著者: Bekkering, E. / Yoo, R. / Hailemariam, S. / Heide, F. / Ivanochko, D. / Jackman, M. / Proellochs, N.I. / Stoter, R. / van Gemert, G. / Maeda, A. / Yuguchi, T. / Wanders, O.T. / van Daalen, R. ...

履歴

登録	2025年2月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年10月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9n7k.cif.gz	354.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9n7k.ent.gz	288.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9n7k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9n7k_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9n7k_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	9n7k_validation.xml.gz	40.2 KB	表示
CIF形式データ	9n7k_validation.cif.gz	52.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/9n7k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/9n7k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	48922C 9n5iC 9n6uC 9n89C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: RUPA-71 Fab heavy chain

B: RUPA-71 Fab kappa chain

H: RUPA-71 Fab heavy chain

L: RUPA-71 Fab kappa chain

ヘテロ分子

97.4 kDa, 4 ポリマー
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1

A: RUPA-71 Fab heavy chain

B: RUPA-71 Fab kappa chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
48.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

H: RUPA-71 Fab heavy chain

L: RUPA-71 Fab kappa chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
48.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.660, 74.550, 204.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	RUPA-71 Fab heavy chain 分子量: 24711.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	RUPA-71 Fab kappa chain 分子量: 23598.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.94 %
結晶化	温度: 100 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M MES, 30 %w/v PEG MME 5K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.95357 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95357 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.28→48.85 Å / Num. obs: 46105 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15.4 % / CC_1/2: 0.991 / R_pim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 2.28→2.36 Å / 冗長度: 15.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4434 / CC_1/2: 0.561 / R_pim(I) all: 0.562 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21.1_5286: ???)	精密化
Aimless		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.28→48.85 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.45 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2407	2000	4.34 %
R_work	0.1906	-	-
obs	0.1932	46103	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.28→48.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6776	0	52	209	7037

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.991
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.997	2507
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	1055
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1207

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.28-2.34	0.3227	140	0.2738	3103	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.4	0.3556	143	0.2628	3121	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.47	0.3115	140	0.253	3096	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.55	0.3076	139	0.2441	3070	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.64	0.3064	142	0.242	3117	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.75	0.2867	141	0.2357	3131	X-RAY DIFFRACTION	100
2.75-2.87	0.2729	142	0.226	3126	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-3.02	0.2909	141	0.2103	3111	X-RAY DIFFRACTION	100
3.02-3.21	0.2708	142	0.1986	3139	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.46	0.2559	143	0.1893	3148	X-RAY DIFFRACTION	100
3.46-3.81	0.2131	143	0.1779	3158	X-RAY DIFFRACTION	100
3.81-4.36	0.2053	145	0.159	3196	X-RAY DIFFRACTION	100
4.36-5.49	0.1711	146	0.1468	3214	X-RAY DIFFRACTION	100
5.49-48.85	0.2194	153	0.17	3373	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.8922	-2.8183	-2.8228	7.3686	5.9721	4.8145	-0.2651	-0.157	-0.2088	0.6976	0.4082	-0.4146	0.318	0.288	-0.1712	0.3844	0.0485	-0.0463	0.3242	0.0723	0.3538	-36.5003	-45.6339	-29.3447
2	3.762	-0.6376	-0.345	0.6449	0.0528	0.5135	-0.0782	0.0557	-0.182	0.0009	0.0238	0.067	-0.0297	-0.0014	0.0613	0.2277	0.0047	0.0191	0.1681	0.0172	0.1988	-30.3016	-40.6686	-32.4147
3	6.2485	-0.2421	0.8351	2.8688	0.499	3.6054	-0.6387	0.9752	0.5275	-0.5733	0.2944	-0.0635	-0.3188	-0.1607	0.3179	0.4183	0.0216	0.0596	0.4736	0.1835	0.5257	-38.3561	-18.1639	-44.7229
4	5.2142	0.8681	-1.6049	4.4449	-0.7999	2.0053	0.0667	0.2047	0.699	0.027	0.069	-0.0828	-0.3533	-0.0135	-0.1022	0.2609	0.0294	0.0095	0.2196	0.0453	0.3447	-40.5929	-20.7075	-35.3295
5	7.3774	0.9012	-3.0221	0.1132	-0.3243	1.3073	0.0771	0.6505	0.2076	0.5441	0.263	0.1959	0.1017	-0.4924	-0.2877	0.3432	0.0002	0.1038	0.3534	0.1376	0.581	-20.8088	-20.1605	-45.7542
6	3.0666	-1.2519	0.2622	6.6089	0.836	1.6664	0.175	0.2651	0.1038	-0.7967	-0.0663	0.0051	-0.1279	0.1219	-0.1092	0.2552	-0.0212	0.0105	0.2992	0.0336	0.2723	-7.6206	-38.2187	-50.2555
7	7.2425	-3.6741	-4.5038	8.6917	6.4189	5.1444	-0.338	0.2976	-0.5888	0.0576	-0.4583	0.5494	0.2217	-1.2487	0.7423	0.2845	-0.0403	0.0594	0.2662	0.1146	0.3412	-12.2256	-14.1052	-4.5487
8	3.1133	0.766	-0.1764	5.0437	1.5143	5.9714	-0.1097	-0.0645	-0.3768	0.3574	-0.0579	0.043	0.5411	0.0539	0.1795	0.2185	0.0505	0.0459	0.2575	0.0161	0.3247	-0.9815	-17.6078	-9.0756
9	1.8373	-1.7746	-1.0193	2.2089	1.3043	1.1968	-0.1722	-0.1305	-0.1858	0.3045	0.172	0.0821	0.2457	0.1271	0.0137	0.26	0.0096	0.017	0.2427	0.014	0.2578	-4.4648	-12.3575	-6.2947
10	4.8709	-1.4573	-0.6438	5.2466	1.8893	4.7524	0.2241	0.3434	0.3642	-0.1638	-0.1735	0.4736	-0.8679	-0.2552	-0.0558	0.2605	0.0332	0.0324	0.3425	-0.0029	0.3157	-26.2875	22.1441	-8.9763
11	2.711	-1.1131	0.4156	2.3622	-0.9742	4.1045	0.0202	0.0175	-0.0162	0.019	0.1236	0.2797	0.089	-0.288	-0.1405	0.2245	0.0194	0.0215	0.2235	-0.0021	0.2651	-27.972	11.8574	-7.8951
12	6.3672	-2.1476	-0.8179	7.0556	0.4594	3.0697	0.153	0.2197	0.2721	-0.7694	-0.0572	-0.7993	-0.3671	0.0113	-0.0661	0.4032	0.0126	0.1284	0.2714	-0.024	0.328	2.8759	-3.0362	-26.2191
13	3.3898	-4.9237	0.6761	8.4376	-1.0297	0.03	0.2227	0.2781	0.0032	-0.4489	-0.1868	-0.137	-0.0418	0.0591	-0.0112	0.2992	0.0201	0.049	0.3027	0.016	0.2822	-1.3017	0.5971	-22.4251
14	1.3883	0.0366	-0.6886	2.3354	1.4931	6.9179	-0.05	-0.0339	0.0973	0.2054	-0.0201	-0.0383	-0.1499	-0.0332	0.0604	0.2372	0.0442	-0.0394	0.2071	0.0264	0.2751	-14.7517	23.4717	-6.9663

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 17 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 18 through 216 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 1 through 25 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 26 through 101 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 102 through 113 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 114 through 214 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'H' and (resid 1 through 17 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'H' and (resid 18 through 59 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'H' and (resid 60 through 124 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'H' and (resid 125 through 145 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'H' and (resid 146 through 214 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'L' and (resid 1 through 75 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'L' and (resid 76 through 113 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'L' and (resid 114 through 213 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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