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万見
- PDB-9n7z: Crystal structure of CT-SLiM-deleted human Drp1 GTPase domain-BSE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9n7z
タイトルCrystal structure of CT-SLiM-deleted human Drp1 GTPase domain-BSE fusion protein in the apo state
要素Dynamin-1-like protein
キーワードMOTOR PROTEIN / dynamin / Drp1 / mitochondria / GTPase
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial membrane fission / regulation of ATP metabolic process / regulation of peroxisome organization / mitocytosis / dynamin GTPase / Apoptotic execution phase / mitochondrial fragmentation involved in apoptotic process / regulation of mitophagy / peroxisome fission / GTP-dependent protein binding ...mitochondrial membrane fission / regulation of ATP metabolic process / regulation of peroxisome organization / mitocytosis / dynamin GTPase / Apoptotic execution phase / mitochondrial fragmentation involved in apoptotic process / regulation of mitophagy / peroxisome fission / GTP-dependent protein binding / protein localization to mitochondrion / mitochondrial fission / positive regulation of neutrophil chemotaxis / positive regulation of mitochondrial fission / heart contraction / intracellular distribution of mitochondria / protein complex oligomerization / brush border / clathrin-coated pit / GTPase activator activity / positive regulation of protein secretion / mitochondrion organization / small GTPase binding / synaptic vesicle membrane / endocytosis / calcium ion transport / rhythmic process / peroxisome / regulation of gene expression / microtubule binding / microtubule / mitochondrial outer membrane / GTPase activity / intracellular membrane-bounded organelle / lipid binding / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / identical protein binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dynamin GTPase effector / Dynamin GTPase effector domain / Dynamin GTPase effector domain / Dynamin, GTPase region, conserved site / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Dynamin stalk domain / Dynamin central region / GTPase effector domain / GED domain profile. / Dynamin, GTPase domain ...Dynamin GTPase effector / Dynamin GTPase effector domain / Dynamin GTPase effector domain / Dynamin, GTPase region, conserved site / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Dynamin stalk domain / Dynamin central region / GTPase effector domain / GED domain profile. / Dynamin, GTPase domain / Dynamin, GTPase / Dynamin / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Dynamin, N-terminal / Dynamin family / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Dynamin-1-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Ramachandran, R. / Vahedi-Faridi, A. / Kowatz, T. / Lodowski, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM121583 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of CT-SLiM-deleted human Drp1 GTPase domain-BSE fusion protein in the apo state
著者: Ramachandran, R.
履歴
登録2025年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dynamin-1-like protein
B: Dynamin-1-like protein
C: Dynamin-1-like protein
D: Dynamin-1-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,7284
ポリマ－171,7284
非ポリマー00
水5,549308
1
B: Dynamin-1-like protein
D: Dynamin-1-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,8642
ポリマ－85,8642
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Dynamin-1-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9321
ポリマ－42,9321
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Dynamin-1-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9321
ポリマ－42,9321
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.743, 150.611, 87.607
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.37, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Dynamin-1-like protein / Dnm1p/Vps1p-like protein / DVLP / Dynamin family member proline-rich carboxyl-terminal domain less ...Dnm1p/Vps1p-like protein / DVLP / Dynamin family member proline-rich carboxyl-terminal domain less / Dymple / Dynamin-like protein / Dynamin-like protein 4 / Dynamin-like protein IV / HdynIV / Dynamin-related protein 1


分子量: 42932.012 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: delta CT-SLiM GTPase-BSE fusion protein / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DNM1L, DLP1, DRP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O00429, dynamin GTPase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1 M Sodium citrate, pH 5.0, 28 % PEG 3000, 6 mg/ml protein, 1:1 ratio

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9201 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9201 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.51→150.73 Å / Num. obs: 48563 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.923 / Rmerge(I) obs: 0.624 / Rpim(I) all: 0.386 / Rrim(I) all: 0.735 / Net I/σ(I): 1.8
反射 シェル解像度: 2.54→2.58 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 3.739 / Num. measured all: 8693 / Num. unique obs: 2414 / CC1/2: 0.338 / Rpim(I) all: 2.301 / Rrim(I) all: 4.399 / Net I/σ(I) obs: 0.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_5533精密化
DIALSデータスケーリング
DIALS3.18.0-gbecf27540-releaseデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.51→32.88 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2903 2204 4.91 %
Rwork0.2433 --
obs0.2457 44864 95.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.51→32.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10749 0 0 308 11057
拘束条件タイプ: f_plane_restr / Dev ideal: 0.005 / 数: 1898
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.51-2.570.35791060.34172124X-RAY DIFFRACTION75
2.57-2.630.33281040.32542246X-RAY DIFFRACTION82
2.63-2.690.39181420.31322546X-RAY DIFFRACTION92
2.69-2.760.3391410.30492598X-RAY DIFFRACTION95
2.76-2.850.32811380.29842731X-RAY DIFFRACTION98
2.85-2.940.34981400.28952760X-RAY DIFFRACTION100
2.94-3.040.37891270.28372772X-RAY DIFFRACTION100
3.04-3.160.35181360.28042811X-RAY DIFFRACTION99
3.16-3.310.28591410.26992722X-RAY DIFFRACTION100
3.31-3.480.32231390.24452773X-RAY DIFFRACTION99
3.48-3.70.29241390.22512754X-RAY DIFFRACTION99
3.7-3.990.24761390.22012764X-RAY DIFFRACTION99
3.99-4.390.2771400.19832767X-RAY DIFFRACTION99
4.39-5.020.23421550.19152757X-RAY DIFFRACTION99
5.02-6.320.26531670.22462748X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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