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- PDB-9n5h: Endogenous Pfs230D1-6 in complex with RUPA-97, LMIV230-01, and 2A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9n5h
タイトルEndogenous Pfs230D1-6 in complex with RUPA-97, LMIV230-01, and 2A2 Fab domains
要素
  • 2A2 Heavy Chain
  • 2A2 Kappa Chain
  • Gametocyte surface protein P230
  • LMIV230-01 Heavy Chain
  • LMIV230-01 Kappa Chain
  • RUPA-97 Heavy Chain
  • RUPA-97 Kappa Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / 6-Cys / antibody
機能・相同性: / 6-Cysteine (6-Cys) domain / 6-Cysteine (6-Cys) domain superfamily / Sexual stage antigen s48/45 domain / 6-Cysteine (6-Cys) domain profile. / Sexual stage antigen s48/45 domain / cell surface / plasma membrane / Gametocyte surface protein P230
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Heide, F. / Yoo, R. / Ivanochko, D. / Hailemariam, S. / Bekkering, E. / Julien, J.P.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2025
タイトル: Structure of endogenous Pfs230:Pfs48/45 in complex with potent malaria transmission-blocking antibodies.
著者: Bekkering, E.T. / Yoo, R. / Hailemariam, S. / Heide, F. / Ivanochko, D. / Jackman, M. / Proellochs, N.I. / Stoter, R. / van Gemert, G.J. / Maeda, A. / Yuguchi, T. / Wanders, O.T. / van ...著者: Bekkering, E.T. / Yoo, R. / Hailemariam, S. / Heide, F. / Ivanochko, D. / Jackman, M. / Proellochs, N.I. / Stoter, R. / van Gemert, G.J. / Maeda, A. / Yuguchi, T. / Wanders, O.T. / van Daalen, R.C. / Inklaar, M.R. / Andrade, C.M. / Jansen, P.W.T.C. / Vermeulen, M. / Bousema, T. / Takashima, E. / Rubinstein, J.L. / Kooij, T.W.A. / Jore, M.M. / Julien, J.P.
履歴
登録2025年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月15日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月15日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月15日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月15日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月15日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月15日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gametocyte surface protein P230
B: 2A2 Heavy Chain
C: 2A2 Kappa Chain
D: LMIV230-01 Heavy Chain
E: LMIV230-01 Kappa Chain
H: RUPA-97 Heavy Chain
L: RUPA-97 Kappa Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)505,1057
ポリマ－505,1057
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Gametocyte surface protein P230


分子量: 363701.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: P68874

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抗体 , 6種, 6分子 BCDEHL

#2: 抗体 2A2 Heavy Chain


分子量: 23507.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 2A2 Kappa Chain


分子量: 23604.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 LMIV230-01 Heavy Chain


分子量: 23340.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 抗体 LMIV230-01 Kappa Chain


分子量: 23365.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#6: 抗体 RUPA-97 Heavy Chain


分子量: 24074.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#7: 抗体 RUPA-97 Kappa Chain


分子量: 23511.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Endogenous Pfs230D1-6 in complex with RUPA-97, LMIV230-01, and 2A2 Fab domains
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1, #3, #2, #6-#7, #4-#5 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mM4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acidHEPES1
2150 mMpotassium chlorideKCl1
試料濃度: 0.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Homemade
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 277 K
詳細: The Leica Automatic Plunge Freezer EM GP2 was used for freezing.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2300 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 6.5 sec. / 電子線照射量: 52 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: OTHER
詳細: The Falcon 4i Direct Electron Detector was used. Images were collected at average electron doses per image of 50 and 53.7 during two data collections.
電子光学装置エネルギーフィルター名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARCv4.6.0粒子像選択
2EPU画像取得
4cryoSPARCv4.6.0CTF補正
7UCSF ChimeraX1.9モデルフィッティング
12cryoSPARCv4.6.0３次元再構成
13PHENIX1.21_5207モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 70113 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDSource nameタイプAccession codeInitial refinement model-ID
11AlphaFoldin silico model
27UVQ

7uvq

1PDBexperimental model7UVQ2
37JUM

7jum

1PDBexperimental model7JUM3
49N89

9n89

1PDBexperimental model9N894
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 107.76 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002119553
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.565926518
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04432972
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00453389
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.80972611

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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