PDB-9n3q: Crystal structure of PRMT5:MEP50 in complex with MTA and oxamide ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9n3q

タイトル

Crystal structure of PRMT5:MEP50 in complex with MTA and oxamide compound 51

要素

Methylosome protein 50
Protein arginine N-methyltransferase 5

キーワード

TRANSFERASE/INHIBITOR / inhibitor / MTA-cooperative / MTAP-null / TRANSFERASE / TRANSFERASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / peptidyl-arginine N-methylation / oocyte axis specification / type II protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N symmetric methyltransferase activity / peptidyl-arginine methylation / Golgi ribbon formation / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development / histone H4R3 methyltransferase activity ...positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / peptidyl-arginine N-methylation / oocyte axis specification / type II protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N symmetric methyltransferase activity / peptidyl-arginine methylation / Golgi ribbon formation / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development / histone H4R3 methyltransferase activity / : / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / protein-arginine N-methyltransferase activity / methylosome / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / methyl-CpG binding / endothelial cell activation / histone H3 methyltransferase activity / regulation of mitotic nuclear division / histone methyltransferase activity / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / E-box binding / histone methyltransferase complex / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / negative regulation of cell differentiation / spliceosomal snRNP assembly / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / ribonucleoprotein complex binding / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / liver regeneration / regulation of signal transduction by p53 class mediator / methyltransferase activity / Regulation of TP53 Activity through Methylation / circadian regulation of gene expression / DNA-templated transcription termination / RMTs methylate histone arginines / protein polyubiquitination / p53 binding / transcription corepressor activity / snRNP Assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / transcription coactivator activity / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / positive regulation of cell population proliferation / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / Golgi apparatus / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.54 Å

データ登録者

Whittington, D.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Discovery of TNG462: A Highly Potent and Selective MTA-Cooperative PRMT5 Inhibitor to Target Cancers with MTAP Deletion.
著者: Cottrell, K.M. / Briggs, K.J. / Tsai, A. / Tonini, M.R. / Whittington, D.A. / Gong, S. / Liang, C. / McCarren, P. / Zhang, M. / Zhang, W. / Huang, A. / Maxwell, J.P.

履歴

登録	2025年1月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9n3q_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9n3q_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
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CIF形式データ	9n3q_validation.cif.gz	91.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n3/9n3q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n3/9n3q	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9n3nC 9n3oC 9n3pC 9n3rC C: 同じ文献を引用 (文献)
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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein arginine N-methyltransferase 5

B: Methylosome protein 50

C: Protein arginine N-methyltransferase 5

D: Methylosome protein 50

ヘテロ分子

225 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Protein arginine N-methyltransferase 5

B: Methylosome protein 50

C: Protein arginine N-methyltransferase 5

D: Methylosome protein 50

ヘテロ分子

A: Protein arginine N-methyltransferase 5

B: Methylosome protein 50

C: Protein arginine N-methyltransferase 5

D: Methylosome protein 50

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
450 kDa, 8 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	97.410, 136.450, 178.260
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質	Protein arginine N-methyltransferase 5 / 72 kDa ICln-binding protein / Histone-arginine N-methyltransferase PRMT5 / Jak-binding protein 1 / ...72 kDa ICln-binding protein / Histone-arginine N-methyltransferase PRMT5 / Jak-binding protein 1 / Shk1 kinase-binding protein 1 homolog / SKB1Hs 分子量: 73763.625 Da / 分子数: 2 / 断片: FULL LENGTH / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal Flag tag / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRMT5, HRMT1L5, IBP72, JBP1, SKB1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) 参照: UniProt: O14744, type II protein arginine methyltransferase
#2: タンパク質	Methylosome protein 50 / MEP-50 / Androgen receptor cofactor p44 / WD repeat-containing protein 77 / Methylosome protein ...MEP-50 / Androgen receptor cofactor p44 / WD repeat-containing protein 77 / Methylosome protein WDR77 / p44/Mep50 分子量: 37862.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal His-8 tag / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR77, MEP50, WD45, HKMT1069, Nbla10071 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9BQA1

#1: タンパク質

Protein arginine N-methyltransferase 5 / 72 kDa ICln-binding protein / Histone-arginine N-methyltransferase PRMT5 / Jak-binding protein 1 / ...

分子量: 73763.625 Da / 分子数: 2 / 断片: FULL LENGTH / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal Flag tag / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRMT5, HRMT1L5, IBP72, JBP1, SKB1 / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: O14744, type II protein arginine methyltransferase

#2: タンパク質

Methylosome protein 50 / MEP-50 / Androgen receptor cofactor p44 / WD repeat-containing protein 77 / Methylosome protein ...

分子量: 37862.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal His-8 tag / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR77, MEP50, WD45, HKMT1069, Nbla10071 / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9BQA1

-
非ポリマー , 4種, 88分子

#3: 化合物	ChemComp-MTA / 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE / メチルチオアデノシン分子量: 297.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₅N₅O₃S
#4: 化合物	ChemComp-A1BV2 / N-(6-amino-5-methylpyridin-3-yl)-2-{(2R,5S)-5-methyl-2-[2-(1-methylpiperidin-4-yl)-1,3-benzothiazol-5-yl]piperidin-1-yl}-2-oxoacetamide 分子量: 506.663 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₄N₆O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.64 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 詳細: 10% PEG 4000, 0.1 M sodium citrate (pH 6.0), 0.2 M magnesium chloride, 1 mM methylthioadenonsine

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.54→48.71 Å / Num. obs: 44771 / % possible obs: 55.6 % / 冗長度: 13.4 % / B_iso Wilson estimate: 39.07 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.183 / Net I/σ(I): 11.5
反射シェル	解像度: 2.54→2.63 Å / 冗長度: 11.6 % / R_merge(I) obs: 0.985 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 256 / CC_1/2: 0.739 / % possible all: 2.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2.54→48.71 Å / SU ML: 0.3039 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 29.2706
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2667	2161	4.83 %
R_work	0.232	42567	-
obs	0.2337	44728	56.51 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.54→48.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14651	0	116	83	14850

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0026	15168
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6328	20670
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0454	2271
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0048	2668
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.8137	5475

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.54-2.6	0.4634	4	0.3845	114	X-RAY DIFFRACTION	2.28
2.6-2.66	0.4456	13	0.3578	295	X-RAY DIFFRACTION	5.92
2.66-2.73	0.4029	33	0.3035	505	X-RAY DIFFRACTION	10.32
2.73-2.82	0.3759	42	0.3132	766	X-RAY DIFFRACTION	15.55
2.82-2.91	0.3435	47	0.2856	1099	X-RAY DIFFRACTION	21.89
2.91-3.01	0.333	95	0.3009	1516	X-RAY DIFFRACTION	30.92
3.01-3.13	0.3323	123	0.2909	2291	X-RAY DIFFRACTION	45.94
3.13-3.27	0.2886	148	0.2966	2905	X-RAY DIFFRACTION	58.53
3.27-3.45	0.3158	170	0.2872	3510	X-RAY DIFFRACTION	70.11
3.45-3.66	0.2789	237	0.2584	4137	X-RAY DIFFRACTION	83.06
3.66-3.94	0.2999	217	0.25	4878	X-RAY DIFFRACTION	96.64
3.94-4.34	0.2604	247	0.2248	5043	X-RAY DIFFRACTION	99.92
4.34-4.97	0.2613	254	0.1973	5080	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.97-6.26	0.2299	268	0.2034	5110	X-RAY DIFFRACTION	99.93
6.26-48.71	0.2117	263	0.1936	5318	X-RAY DIFFRACTION	99.86

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.00445894940318	0.0225005058872	0.00778702742383	0.0146975260816	0.0170215937306	-0.000721691763262	0.00502874323525	0.0197260954419	0.0670314312857	-0.0212496090339	0.0345110437816	-0.0404948798935	-0.0373157195682	0.195126551876	0.0269287742022	0.107699568462	-0.559977292506	-0.122597372186	0.0932985270102	-0.220629527423	0.165539228319	21.3005963182	24.9810451434	62.3554335491
2	0.0275788303686	0.0150691408039	-0.00791580643315	-0.00319745909585	-0.00235564306088	0.0030696568868	0.0147961927612	-0.0619635727205	-0.0100867698836	0.0669270427718	0.07105758148	-0.0874532856729	0.0268892525205	0.107708142998	0.0247545031691	0.184367819648	-0.230061798295	-0.256743416763	0.280501652356	-0.112817001777	0.143808736213	25.5196660665	9.98639033643	77.9642060812
3	0.0263701933828	0.00106408293532	0.00615766417517	0.00114360091136	-0.00541408475265	0.00249511972704	0.0416443394894	-0.00420714113956	0.0143362539471	0.0203786969275	-0.00269974463719	-0.0451032006471	-0.0167568053354	0.101932841951	0.0495833015385	0.0356713909527	0.0735668216337	-0.138624131383	0.131759615933	0.0122386090684	0.088925189652	31.059287177	-9.97669483052	58.8142086391
4	0.0508247693853	0.0101302639279	-0.0366242647466	0.0424330757103	-0.0727797767805	0.322632188466	-0.00944605689555	-0.199743554571	-0.15942157152	0.0760952988683	-0.0405569731561	-0.263785036334	0.450501109288	0.323345571706	-0.0513729090581	0.119568366509	0.297259234583	-0.241704048985	-0.160870746134	0.289615310771	-0.194059953208	17.5710540892	-26.7068550262	59.7531054058
5	0.00388336531654	0.00062559176165	-0.00545721513904	0.00350705900578	0.0081351165365	0.029336439346	0.0360978716489	0.0196159374267	-0.000720045438377	0.0133390575506	0.018862448215	-0.00276039536972	-0.0116124686325	0.0120744968899	0.0154264930256	0.484506784153	-0.391484411321	-0.0428437174022	0.384543060019	-0.216076404578	0.516607557626	32.9057170222	49.2862364398	70.9335970607
6	0.0201573013084	0.0286867375507	0.0123506762232	0.0182628319172	0.0171414709895	0.025670039645	0.0398727157821	-0.00273139972335	0.0562327009282	0.022025241988	0.0332518596787	-0.102172781257	-0.0338257919512	0.035953293735	0.0484243716608	0.407184783048	-0.413120418752	-0.237539906066	0.508062443734	-0.324410500657	0.271816918285	32.1055732486	36.5398860584	85.4141119604
7	-0.000751446356522	0.00657925637868	-0.00156679100187	0.0048193167947	-0.00358511719748	0.00489633581865	0.0188499665423	-0.0550490622801	0.002214008729	0.055245130468	0.0316899052923	-0.000179934642016	0.0188499110231	0.00170178632199	0.00599812238241	0.535065476149	-0.193854633414	-0.079125152077	0.386574998295	-0.191870422234	0.285726449745	13.4361415272	39.327943365	90.0906190249
8	0.00655146047918	-0.00272277895787	-0.00234347547705	0.00540139557168	0.00210995019315	0.00411123074949	-0.0460222133551	-0.0607410400677	0.0750129852682	0.0110826033557	0.015895993176	-0.0222722788621	-0.0419327577087	-0.0306150955291	0.00906312069497	0.498903878748	-0.240721757027	-0.0267289164021	0.301932256558	-0.205538462756	0.366533059367	16.8895649415	53.5414815891	78.5199428456
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16	0.00145281606025	-0.00252431208718	0.00405109539652	0.00509193746886	-0.00473677821357	0.00417366057536	-0.0137459934616	-0.0101176929198	-0.0157007028036	-0.0190555460738	0.0547208297361	-0.00300328456327	0.0461837225078	0.0274954276182	-6.12714605738E-6	0.652430998372	0.194297153069	0.0124595778694	0.36559968032	-0.0629972618058	0.359122062845	25.293274226	-50.1312802735	10.3992612714

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 13 through 156 )	A	A	13 - 156	1 - 144
2	2	chain 'A' and (resid 157 through 277 )	A	A	157 - 277	145 - 265
3	3	chain 'A' and (resid 278 through 330 )	A	A	278 - 330	266 - 318
4	4	chain 'A' and (resid 331 through 637 )	A	A	331 - 637	319 - 625
5	5	chain 'B' and (resid 27 through 82 )	B	B	27 - 82	1 - 56
6	6	chain 'B' and (resid 83 through 196 )	B	B	83 - 196	57 - 170
7	7	chain 'B' and (resid 197 through 263 )	B	B	197 - 263	171 - 234
8	8	chain 'B' and (resid 264 through 328 )	B	B	264 - 328	235 - 299
9	9	chain 'C' and (resid 14 through 156 )	C	C	14 - 156	1 - 143
10	10	chain 'C' and (resid 157 through 277 )	C	C	157 - 277	144 - 264
11	11	chain 'C' and (resid 278 through 330 )	C	C	278 - 330	265 - 317
12	12	chain 'C' and (resid 331 through 637 )	C	C	331 - 637	318 - 624
13	13	chain 'D' and (resid 27 through 82 )	D	D	27 - 82	1 - 56
14	14	chain 'D' and (resid 83 through 196 )	D	D	83 - 196	57 - 170
15	15	chain 'D' and (resid 197 through 263 )	D	D	197 - 263	171 - 234
16	16	chain 'D' and (resid 264 through 328 )	D	D	264 - 328	235 - 299

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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