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- PDB-9n3o: Crystal structure of PRMT5:MEP50 in complex with MTA and oxamide ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9n3o
タイトルCrystal structure of PRMT5:MEP50 in complex with MTA and oxamide compound 14
要素
  • Methylosome protein 50
  • Protein arginine N-methyltransferase 5
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / inhibitor / MTA-cooperative / MTAP-null / TRANSFERASE / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / peptidyl-arginine N-methylation / oocyte axis specification / type II protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N symmetric methyltransferase activity / peptidyl-arginine methylation / Golgi ribbon formation / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development / histone arginine N-methyltransferase activity ...positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / peptidyl-arginine N-methylation / oocyte axis specification / type II protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N symmetric methyltransferase activity / peptidyl-arginine methylation / Golgi ribbon formation / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development / histone arginine N-methyltransferase activity / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / histone H3R17 methyltransferase activity / histone H3R2 methyltransferase activity / histone H3R8 methyltransferase activity / histone H3R26 methyltransferase activity / histone H3K37 methyltransferase activity / histone H4R3 methyltransferase activity / histone H4K12 methyltransferase activity / histone H3K56 methyltransferase activity / protein-arginine N-methyltransferase activity / methylosome / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / methyl-CpG binding / histone H2AQ104 methyltransferase activity / endothelial cell activation / histone H3 methyltransferase activity / regulation of mitotic nuclear division / histone methyltransferase complex / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / histone methyltransferase activity / E-box binding / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / negative regulation of cell differentiation / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / spliceosomal snRNP assembly / ribonucleoprotein complex binding / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / liver regeneration / regulation of signal transduction by p53 class mediator / methyltransferase activity / circadian regulation of gene expression / DNA-templated transcription termination / Regulation of TP53 Activity through Methylation / RMTs methylate histone arginines / protein polyubiquitination / transcription corepressor activity / p53 binding / snRNP Assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / transcription coactivator activity / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / Golgi apparatus / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Protein arginine N-methyltransferase PRMT5 / PRMT5, TIM barrel domain / PRMT5, oligomerisation domain / PRMT5 TIM barrel domain / PRMT5 oligomerisation domain / PRMT5 arginine-N-methyltransferase / PRMT5 arginine-N-methyltransferase / Protein arginine N-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase PRMT-type domain profile. ...: / Protein arginine N-methyltransferase PRMT5 / PRMT5, TIM barrel domain / PRMT5, oligomerisation domain / PRMT5 TIM barrel domain / PRMT5 oligomerisation domain / PRMT5 arginine-N-methyltransferase / PRMT5 arginine-N-methyltransferase / Protein arginine N-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase PRMT-type domain profile. / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE / Protein arginine N-methyltransferase 5 / Methylosome protein WDR77
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Whittington, D.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Discovery of TNG462: A Highly Potent and Selective MTA-Cooperative PRMT5 Inhibitor to Target Cancers with MTAP Deletion.
著者: Cottrell, K.M. / Briggs, K.J. / Tsai, A. / Tonini, M.R. / Whittington, D.A. / Gong, S. / Liang, C. / McCarren, P. / Zhang, M. / Zhang, W. / Huang, A. / Maxwell, J.P.
履歴
登録2025年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein arginine N-methyltransferase 5
B: Methylosome protein 50
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,14317
ポリマ－111,6262
非ポリマー1,51715
水6,431357
1
A: Protein arginine N-methyltransferase 5
B: Methylosome protein 50
ヘテロ分子

A: Protein arginine N-methyltransferase 5
B: Methylosome protein 50
ヘテロ分子

A: Protein arginine N-methyltransferase 5
B: Methylosome protein 50
ヘテロ分子

A: Protein arginine N-methyltransferase 5
B: Methylosome protein 50
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)452,57068
ポリマ－446,5048
非ポリマー6,06660
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_545x,-y-1,-z1
Buried area47760 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area131660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.760, 137.200, 176.840
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Protein arginine N-methyltransferase 5 / 72 kDa ICln-binding protein / Histone-arginine N-methyltransferase PRMT5 / Jak-binding protein 1 / ...72 kDa ICln-binding protein / Histone-arginine N-methyltransferase PRMT5 / Jak-binding protein 1 / Shk1 kinase-binding protein 1 homolog / SKB1Hs


分子量: 73763.625 Da / 分子数: 1 / 断片: FULL LENGTH / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal Flag tag / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRMT5, HRMT1L5, IBP72, JBP1, SKB1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: O14744, type II protein arginine methyltransferase
#2: タンパク質 Methylosome protein 50 / MEP-50 / Androgen receptor cofactor p44 / WD repeat-containing protein 77 / Methylosome protein ...MEP-50 / Androgen receptor cofactor p44 / WD repeat-containing protein 77 / Methylosome protein WDR77 / p44/Mep50


分子量: 37862.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal His-8 tag / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR77, MEP50, WD45, HKMT1069, Nbla10071 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9BQA1

-
非ポリマー , 6種, 372分子

#3: 化合物 ChemComp-MTA / 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE / メチルチオアデノシン


分子量: 297.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15N5O3S
#4: 化合物 ChemComp-A1BV4 / N-(4-amino-1H-pyrazolo[4,3-c]pyridin-7-yl)-2-[(2R,5S)-2-(1,3-benzothiazol-5-yl)-5-methylpiperidin-1-yl]-2-oxoacetamide


分子量: 435.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H21N7O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.51 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: 10% PEG 4000. 0.1 M sodium citrate (pH 6.0), 0.2 M magnesium chloride, 1 mM methylthioadenosine

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.97628 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97628 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→46.06 Å / Num. obs: 50480 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 48.73 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 2.37→2.45 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.779 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4561 / CC1/2: 0.849 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.37→46.06 Å / SU ML: 0.344 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.5077
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2274 2507 4.97 %
Rwork0.1942 47963 -
obs0.1959 50470 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 60.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.37→46.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7353 0 99 357 7809
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00187681
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.516210450
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04441143
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00391350
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.93562788
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.37-2.420.33931570.3112595X-RAY DIFFRACTION99.93
2.42-2.460.37071230.29142638X-RAY DIFFRACTION99.93
2.46-2.520.41591560.29232614X-RAY DIFFRACTION99.89
2.52-2.580.36531330.28342622X-RAY DIFFRACTION99.96
2.58-2.640.32021580.26662629X-RAY DIFFRACTION99.93
2.64-2.710.28511280.25332651X-RAY DIFFRACTION99.93
2.71-2.790.27561390.22812667X-RAY DIFFRACTION100
2.79-2.880.29371470.22212617X-RAY DIFFRACTION99.96
2.88-2.990.26961420.23022658X-RAY DIFFRACTION99.96
2.99-3.110.24071200.22392672X-RAY DIFFRACTION100
3.11-3.250.25841300.21022640X-RAY DIFFRACTION99.96
3.25-3.420.23111290.19812695X-RAY DIFFRACTION99.96
3.42-3.630.20191570.18442641X-RAY DIFFRACTION99.96
3.63-3.910.21731330.17962669X-RAY DIFFRACTION100
3.91-4.30.17021330.15682699X-RAY DIFFRACTION99.96
4.31-4.930.17741320.15172711X-RAY DIFFRACTION100
4.93-6.210.18211470.17252715X-RAY DIFFRACTION100
6.21-46.060.21171430.17652830X-RAY DIFFRACTION99.5
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.02471221602-0.09569055725150.2739162000222.04423574130.0518972918882.28194309258-0.00458648288527-0.0400246881836-0.04110628777840.0632024368817-0.0444544946039-0.04928261661830.2184952471970.3723790498220.04087720719650.3591331393010.1008171898020.01795183087290.428326186149-0.04247938698910.29282492882522.9769099743-91.6877206484-17.7696064263
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41.372016952850.6440856772230.4173690545191.544651717030.5675326546621.595624535460.005394220113560.1385174860770.113662622328-0.126945088280.016680469187-0.0686358734749-0.4832018709090.233766673734-0.02426444105990.438229661046-0.05493352367030.04281481132460.3880215250540.0283410526860.31406700407115.280294911-40.588776457-15.1422113173
52.54934052873-1.5759354427-0.7020030960083.003211542651.771799359921.079523257370.00301397519320.0290784277346-0.3683863069370.4524920685080.117579871517-0.3617122588861.119771205750.706148365861-0.1393040275651.003837718840.486534858569-0.0134113271830.806387220197-0.06917197987160.62111585803736.5574915719-114.709455198-25.7859817682
60.6904216063280.3270712186250.8506149768181.36969760137-0.2342364072371.95033991360.1553205616920.181158900549-0.0102377388414-0.328610277971-0.0906909420783-0.4001689559040.465444668240.739921106622-0.07297440289650.6839164602810.3595776108170.0570715927870.841984688068-0.06989437520720.47992465642534.7630628224-102.38788642-40.4026604611
71.767181086661.76477444509-2.4835396932.86614795123-2.342345203853.615594706440.05485294223370.595242147966-0.104963604602-0.5568021816720.02907755386480.258522004870.397571923531-0.292880981781-0.06649669140880.811793795920.220018640479-0.122619355410.649620672605-0.1375291699940.51509024485116.3554888721-106.361845356-45.258344043
81.20633587160.4455340352780.8049629888021.424794640140.1411917248512.164679987230.03887085455210.280911226668-0.588363724601-0.0299217149156-0.004501583266070.1317319367761.013357477290.2314136058760.04276694719371.075034012140.26752140252-0.07607168805510.570722809688-0.1627468838620.62606956639520.9518265006-120.402191574-33.670372119
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 13 through 156 )AA13 - 1561 - 144
22chain 'A' and (resid 157 through 277 )AA157 - 277145 - 265
33chain 'A' and (resid 278 through 330 )AA278 - 330266 - 318
44chain 'A' and (resid 331 through 637 )AA331 - 637319 - 625
55chain 'B' and (resid 26 through 82 )BB26 - 821 - 57
66chain 'B' and (resid 83 through 196 )BB83 - 19658 - 171
77chain 'B' and (resid 197 through 263 )BB197 - 263172 - 238
88chain 'B' and (resid 264 through 328 )BB264 - 328239 - 303

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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