PDB-9n3h: Crystal structure of HBV capsid with compound 18

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9n3h

タイトル

Crystal structure of HBV capsid with compound 18

要素

Capsid protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / HBV capsid

機能・相同性

機能・相同性情報

microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=4 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Hepatitis B virus genotype D subtype adw (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.543 Å

データ登録者

White, A. / Lakshminarasimhan, D. / Cakici, O. / Suto, R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2025
タイトル: Discovery of VNRX-9945, a Potent, Broadly Active Capsid Assembly Modulator as a Clinical Candidate for the Treatment of Chronic Hepatitis B Virus Infection
著者: Liu, B. / Yao, J. / Haimowitz, T. / Benetatos, C.A. / Boyd, S.A. / Condon, S.M. / Burns, C.J. / White, A. / Lakshminarasimhan, D. / Suto, R.K. / Cakici, O. / Drager, A.S. / Hart, S.G.E. / ...

履歴

登録	2025年1月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9n3h.cif.gz	71.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9n3h.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9n3h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n3/9n3h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n3/9n3h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (3) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Capsid protein

B: Capsid protein

ヘテロ分子

36.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.152, 88.152, 290.557
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

#1: タンパク質	Capsid protein / Core antigen / Core protein / HBcAg / p21.5 分子量: 18004.578 Da / 分子数: 2 / 変異: Y132A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Hepatitis B virus genotype D subtype adw (isolate United Kingdom/adyw/1979) (ウイルス) 株: isolate United Kingdom/adyw/1979 / 遺伝子: C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03147
#2: 化合物	ChemComp-A1BVU / N-[3-(difluoromethyl)phenyl]-5-[{[(1s,4s)-4-hydroxycyclohexyl]amino}(oxo)acetyl]-1,2,4-trimethyl-1H-pyrrole-3-carboxamide 分子量: 447.475 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₇F₂N₃O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.23 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 13-18% (v/v) MPD, 280-310 mM trisodium citrate, and 100 mM Hepes pH 7.5. Protein:reservoir ratio of 2:1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.54→48.473 Å / Num. obs: 14719 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.6 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.124 / R_pim(I) all: 0.044 / R_rim(I) all: 0.132 / Χ²: 0.92 / Net I/σ(I): 8.2
反射シェル	解像度: 2.54→2.66 Å / 冗長度: 8.3 % / R_merge(I) obs: 0.921 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1753 / CC_1/2: 0.924 / R_pim(I) all: 0.336 / R_rim(I) all: 0.982 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.543→48.473 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.438 / ESU R Free: 0.305 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2966	779	5.292 %
R_work	0.2605	13940	-
all	0.262	-	-
obs	-	14719	99.79 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 88.676 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-8.776 Å²	-4.388 Å²	0 Å²
2-	-	-8.776 Å²	0 Å²
3-	-	-	28.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.543→48.473 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2118	0	64	6	2188

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	2251
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2071
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.483	1.841	3089
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.799	1.75	4764
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.066	5	264
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.008	5	13
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.027	10	322
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.665	10	91
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	348
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2601
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	515
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.251	0.2	588
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.221	0.2	1865
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.194	0.2	1106
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	1068
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.225	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.154	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.134	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.21	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.59	8.927	1068
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.584	8.928	1068
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	10.568	16.001	1328
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	10.568	16.001	1329
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.123	9.144	1183
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.121	9.147	1184
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.196	16.787	1761
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	10.193	16.788	1762
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	15.04	86.117	2643
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	15.051	86.083	2641

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.543-2.609	0.501	58	0.439	992	0.443	1061	0.234	0.379	98.9632	0.373
2.609-2.68	0.487	64	0.515	987	0.513	1052	0.407	0.352	99.9049	0.457
2.68-2.758	0.419	43	0.476	970	0.473	1013	0.497	0.343	100	0.412
2.758-2.842	0.458	43	0.434	938	0.435	983	0.482	0.381	99.7965	0.382
2.842-2.935	0.383	59	0.414	896	0.412	956	0.313	0.433	99.8954	0.356
2.935-3.038	0.34	51	0.419	884	0.415	935	0.527	0.472	100	0.375
3.038-3.152	0.398	42	0.402	841	0.402	888	0.517	0.499	99.4369	0.367
3.152-3.28	0.429	45	0.361	814	0.364	860	0.515	0.555	99.8837	0.338
3.28-3.425	0.276	42	0.322	787	0.32	830	0.782	0.701	99.8795	0.3
3.425-3.592	0.283	47	0.283	745	0.283	792	0.927	0.843	100	0.268
3.592-3.785	0.201	39	0.224	729	0.223	768	0.968	0.946	100	0.22
3.785-4.013	0.266	37	0.185	691	0.189	728	0.958	0.969	100	0.182
4.013-4.288	0.221	34	0.154	631	0.157	665	0.953	0.979	100	0.154
4.288-4.628	0.188	28	0.146	621	0.148	650	0.983	0.982	99.8462	0.151
4.628-5.065	0.22	38	0.168	545	0.172	584	0.969	0.977	99.8288	0.181
5.065-5.656	0.304	30	0.191	506	0.197	536	0.946	0.975	100	0.201
5.656-6.516	0.334	23	0.228	459	0.233	482	0.949	0.967	100	0.243
6.516-7.944	0.328	20	0.214	396	0.22	416	0.936	0.967	100	0.23
7.944-11.087	0.205	24	0.182	310	0.184	337	0.978	0.977	99.1098	0.217
11.087-48.473	0.445	12	0.248	198	0.258	210	0.819	0.959	100	0.291

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関連情報:EMDBヘッダ

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