[日本語] English
万見
- PDB-9n2c: Impacts of ribosomal RNA sequence variation on gene expression an... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9n2c
タイトルImpacts of ribosomal RNA sequence variation on gene expression and phenotype: Cryo-EM structure of the rrsH ribosome (HBB-70S)
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 18
  • (50S ribosomal protein ...) x 26
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 3
  • (Small ribosomal subunit protein ...) x 2
  • 16S ribosomal RNA (rRNA) from the rrnH operon
  • 23S ribosomal RNA (rRNA) from the rrnB operon
  • 5S large subunit ribosomal RNA of the H operon
  • N-formyl-methionine initiator tRNA (fMet-tRNAfMet)
  • Synthetic messenger RNA (mRNA) 60 bp in length
キーワードRIBOSOME / Translation / Transcription / rDNA / rRNA / Cryo-EM
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cytoplasmic translational initiation / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / positive regulation of ribosome biogenesis / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity ...negative regulation of cytoplasmic translational initiation / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / positive regulation of ribosome biogenesis / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / negative regulation of cytoplasmic translation / four-way junction DNA binding / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / regulation of mRNA stability / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / positive regulation of RNA splicing / ribosome assembly / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / cytosolic ribosome assembly / response to reactive oxygen species / DNA endonuclease activity / transcription antitermination / translational initiation / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / response to radiation / maintenance of translational fidelity / mRNA 5'-UTR binding / regulation of translation / ribosome biogenesis / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 signature. ...Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein S21 / : / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / : / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / : / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / : / L28p-like
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / N-FORMYLMETHIONINE / : / 1,4-DIAMINOBUTANE / SPERMIDINE / : / : / : / RNA / RNA (> 10) ...ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / N-FORMYLMETHIONINE / : / 1,4-DIAMINOBUTANE / SPERMIDINE / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL36A / Large ribosomal subunit protein bL9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Large ribosomal subunit protein bL25
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
Escherichia coli BL21 (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Welfer, G.A. / Brady, R.A. / Natchiar, S.K. / Watson, Z.L. / Rundlet, E.J. / Alejo, J.L. / Singh, A.P. / Mishra, N.K. / Altman, R.B. / Blanchard, S.C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用
ジャーナル: Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci / 年: 2025
タイトル: Impacts of ribosomal RNA sequence variation on gene expression and phenotype.
著者: Griffin A Welfer / Ryan A Brady / S Kundhavai Natchiar / Zoe L Watson / Emily J Rundlet / Jose L Alejo / Anand P Singh / Nitish K Mishra / Roger B Altman / Scott C Blanchard /
要旨: Since the framing of the Central Dogma, it has been speculated that physically distinct ribosomes within cells may influence gene expression and cellular physiology. While heterogeneity in ribosome ...Since the framing of the Central Dogma, it has been speculated that physically distinct ribosomes within cells may influence gene expression and cellular physiology. While heterogeneity in ribosome composition has been reported in bacteria, protozoans, fungi, zebrafish, mice and humans, its functional implications remain actively debated. Here, we review recent evidence demonstrating that expression of conserved variant ribosomal DNA (rDNA) alleles in bacteria, mice and humans renders their actively translating ribosome pool intrinsically heterogeneous at the level of ribosomal RNA (rRNA). In this context, we discuss reports that nutrient limitation-induced stress in leads to changes in variant rRNA allele expression, programmatically altering transcription and cellular phenotype. We highlight that cells expressing ribosomes from distinct operons exhibit distinct drug sensitivities, which can be recapitulated and potentially rationalized by subtle perturbations in ribosome structure or in their dynamic properties. Finally, we discuss evidence that differential expression of variant rDNA alleles results in different populations of ribosome subtypes within mammalian tissues. These findings motivate further research into the impacts of rRNA heterogeneities on ribosomal function and predict that strategies targeting distinct ribosome subtypes may hold therapeutic potential.This article is part of the discussion meeting issue 'Ribosome diversity and its impact on protein synthesis, development and disease'.
#1: ジャーナル: Cell Rep / 年: 2018
タイトル: Endogenous rRNA Sequence Variation Can Regulate Stress Response Gene Expression and Phenotype.
著者: Chad M Kurylo / Matthew M Parks / Manuel F Juette / Boris Zinshteyn / Roger B Altman / Jordana K Thibado / C Theresa Vincent / Scott C Blanchard /
要旨: Prevailing dogma holds that ribosomes are uniform in composition and function. Here, we show that nutrient limitation-induced stress in E. coli changes the relative expression of rDNA operons to ...Prevailing dogma holds that ribosomes are uniform in composition and function. Here, we show that nutrient limitation-induced stress in E. coli changes the relative expression of rDNA operons to alter the rRNA composition within the actively translating ribosome pool. The most upregulated operon encodes the unique 16S rRNA, rrsH, distinguished by conserved sequence variation within the small ribosomal subunit. rrsH-bearing ribosomes affect the expression of functionally coherent gene sets and alter the levels of the RpoS sigma factor, the master regulator of the general stress response. These impacts are associated with phenotypic changes in antibiotic sensitivity, biofilm formation, and cell motility and are regulated by stress response proteins, RelA and RelE, as well as the metabolic enzyme and virulence-associated protein, AdhE. These findings establish that endogenously encoded, naturally occurring rRNA sequence variation can modulate ribosome function, central aspects of gene expression regulation, and cellular physiology.
履歴
登録2025年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
16: 16S ribosomal RNA (rRNA) from the rrnH operon
SB: 30S ribosomal protein S2
SC: 30S ribosomal protein S3
SD: 30S ribosomal protein S4
SE: 30S ribosomal protein S5
SF: 30S ribosomal protein S6
SG: 30S ribosomal protein S7
SH: 30S ribosomal protein S8
SI: 30S ribosomal protein S9
SJ: 30S ribosomal protein S10
SK: Small ribosomal subunit protein uS11
SL: Small ribosomal subunit protein uS12
SM: 30S ribosomal protein S13
SN: 30S ribosomal protein S14
SO: 30S ribosomal protein S15
SP: 30S ribosomal protein S16
SQ: 30S ribosomal protein S17
SR: 30S ribosomal protein S18
SS: 30S ribosomal protein S19
ST: 30S ribosomal protein S20
SU: 30S ribosomal protein S21
mR: Synthetic messenger RNA (mRNA) 60 bp in length
23: 23S ribosomal RNA (rRNA) from the rrnB operon
5: 5S large subunit ribosomal RNA of the H operon
LB: 50S ribosomal protein L2
LC: 50S ribosomal protein L3
LD: Large ribosomal subunit protein uL4
LE: 50S ribosomal protein L5
LF: 50S ribosomal protein L6
LI: 50S ribosomal protein L9
LM: 50S ribosomal protein L13
LN: 50S ribosomal protein L14
LO: 50S ribosomal protein L15
LP: 50S ribosomal protein L16
LQ: 50S ribosomal protein L17
LR: 50S ribosomal protein L18
LS: 50S ribosomal protein L19
LT: 50S ribosomal protein L20
LU: 50S ribosomal protein L21
LV: Large ribosomal subunit protein uL22
LW: 50S ribosomal protein L23
LX: 50S ribosomal protein L24
LY: 50S ribosomal protein L25
La: 50S ribosomal protein L27
Lb: 50S ribosomal protein L28
Lc: 50S ribosomal protein L29
Ld: Large ribosomal subunit protein uL30
Le: 50S ribosomal protein L31
Lf: 50S ribosomal protein L32
Lg: 50S ribosomal protein L33
Lh: 50S ribosomal protein L34
Li: 50S ribosomal protein L35
Lj: 50S ribosomal protein L36
Pt: N-formyl-methionine initiator tRNA (fMet-tRNAfMet)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,196,231407
ポリマ－2,184,44254
非ポリマー11,790353
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 16mR235Pt

#1: RNA鎖 16S ribosomal RNA (rRNA) from the rrnH operon


分子量: 499811.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 16S ribosomal RNA (rRNA) from the rrnH operon / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: GenBank: 1929590828
#22: RNA鎖 Synthetic messenger RNA (mRNA) 60 bp in length


分子量: 19128.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic messenger RNA (mRNA) 60 bp in length / 由来: (合成) Escherichia coli BL21 (大腸菌)
#23: RNA鎖 23S ribosomal RNA (rRNA) from the rrnB operon


分子量: 941811.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 23S ribosomal RNA (rRNA) from the rrnB operon / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
#24: RNA鎖 5S large subunit ribosomal RNA of the H operon


分子量: 38814.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 5S large subunit ribosomal RNA of the H operon / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: GenBank: 1789840096
#54: RNA鎖 N-formyl-methionine initiator tRNA (fMet-tRNAfMet)


分子量: 24848.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-formyl-methionine initiator tRNA (fMet-tRNAfMet) / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MRE600 / 参照: GenBank: 2696706521

-
30S ribosomal protein ... , 18種, 18分子 SBSCSDSESFSGSHSISJSMSNSOSPSQSRSSSTSU

#2: タンパク質 30S ribosomal protein S2 / Small ribosomal subunit protein uS2


分子量: 26781.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Small ribosomal subunit protein uS2 (S2) / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpsB, b0169, JW0164 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V0
#3: タンパク質 30S ribosomal protein S3 / Small ribosomal subunit protein uS3


分子量: 26031.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Small ribosomal subunit protein uS3 (S3) / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpsC, b3314, JW3276 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V3
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S4 / Small ribosomal subunit protein uS4


分子量: 23514.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Small ribosomal subunit protein uS4 (S4) / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpsD, ramA, b3296, JW3258 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V8
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S5 / Small ribosomal subunit protein uS5


分子量: 17629.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Small ribosomal subunit protein uS5 (S5) / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpsE, spc, b3303, JW3265 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7W1
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S6 / Small ribosomal subunit protein bS6


分子量: 15727.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Small ribosomal subunit protein bS6 (S6) / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpsF, b4200, JW4158 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P02358
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S7 / Small ribosomal subunit protein uS7


分子量: 20055.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Small ribosomal subunit protein uS7 (S7) / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpsG, b3341, JW3303 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P02359
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S8 / Small ribosomal subunit protein uS8


分子量: 14146.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Small ribosomal subunit protein uS8 (S8) / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpsH, b3306, JW3268 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7W7
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S9 / Small ribosomal subunit protein uS9


分子量: 14886.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Small ribosomal subunit protein uS9 (S9) / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpsI, b3230, JW3199 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7X3
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S10 / Small ribosomal subunit protein uS10


分子量: 11755.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Small ribosomal subunit protein uS10 (S10) / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpsJ, nusE, b3321, JW3283 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R5
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S13 / Small ribosomal subunit protein uS13


分子量: 13128.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Small ribosomal subunit protein uS13 (S13) / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpsM, b3298, JW3260 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7S9
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S14 / Small ribosomal subunit protein uS14


分子量: 11606.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Small ribosomal subunit protein uS14 (S14) / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpsN, b3307, JW3269 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG59
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S15 / Small ribosomal subunit protein uS15


分子量: 10290.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Small ribosomal subunit protein uS15 (S15) / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpsO, secC, b3165, JW3134 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADZ4
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S16 / Small ribosomal subunit protein bS16


分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Small ribosomal subunit protein bS16 (S16) / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpsP, b2609, JW2590 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7T3
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S17 / Small ribosomal subunit protein uS17


分子量: 9724.491 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Small ribosomal subunit protein uS17 (S17) / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpsQ, neaA, b3311, JW3273 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG63
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 9005.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Small ribosomal subunit protein bS18 (S18) / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpsR, b4202, JW4160 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7T7
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 10455.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Small ribosomal subunit protein uS19 (S19) / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpsS, b3316, JW3278 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7U3
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S20 / Small ribosomal subunit protein bS20


分子量: 9708.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Small ribosomal subunit protein bS20 (S20) / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpsT, b0023, JW0022 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7U7
#21: タンパク質 30S ribosomal protein S21 / Small ribosomal subunit protein bS21


分子量: 8524.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Small ribosomal subunit protein bS21 (S21) / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpsU, b3065, JW3037 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P68679

-
Small ribosomal subunit protein ... , 2種, 2分子 SKSL

#11: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS11 / 30S ribosomal protein S11


分子量: 13871.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Small ribosomal subunit protein uS11 (S11) / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpsK, b3297, JW3259 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R9
#12: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS12 / 30S ribosomal protein S12


分子量: 13814.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Small ribosomal subunit protein uS12 (S12) / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpsL, strA, b3342, JW3304 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7S3

+
50S ribosomal protein ... , 26種, 26分子 LBLCLELFLILMLNLOLPLQLRLSLTLULWLXLYLaLbLcLeLfLgLhLiLj

#25: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 29923.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Large ribosomal subunit protein uL2 (L2) / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rplB, b3317, JW3279 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P60422
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L3 / Large ribosomal subunit protein uL3


分子量: 22277.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Large ribosomal subunit protein uL3 (L3) / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rplC, b3320, JW3282 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P60438
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 20333.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Large ribosomal subunit protein uL5 (L5) / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rplE, b3308, JW3270 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P62399
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L6 / Large ribosomal subunit protein uL6


分子量: 18932.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Large ribosomal subunit protein uL6 (L6) / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rplF, b3305, JW3267 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG55
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L9 / Large ribosomal subunit protein bL9


分子量: 15789.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Large ribosomal subunit protein bL9 (L9) / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rplI, b4203, JW4161 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R1
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L13 / Large ribosomal subunit protein uL13


分子量: 16050.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Large ribosomal subunit protein uL13 (L13) / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rplM, b3231, JW3200 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AA10
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L14 / Large ribosomal subunit protein uL14


分子量: 13565.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Large ribosomal subunit protein uL14 (L14) / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rplN, b3310, JW3272 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADY3
#33: タンパク質 50S ribosomal protein L15 / Large ribosomal subunit protein uL15


分子量: 15008.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Large ribosomal subunit protein uL15 (L15) / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rplO, b3301, JW3263 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P02413
#34: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15327.261 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Large ribosomal subunit protein uL16 (L16) / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rplP, b3313, JW3275 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADY7
#35: タンパク質 50S ribosomal protein L17 / Large ribosomal subunit protein bL17


分子量: 14393.657 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Large ribosomal subunit protein bL17 (L17) / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rplQ, b3294, JW3256 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG44
#36: タンパク質 50S ribosomal protein L18 / Large ribosomal subunit protein uL18


分子量: 12794.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Large ribosomal subunit protein uL18 (L18) / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rplR, b3304, JW3266 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C018
#37: タンパク質 50S ribosomal protein L19 / Large ribosomal subunit protein bL19


分子量: 13159.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Large ribosomal subunit protein bL19 (L19) / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rplS, b2606, JW2587 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7K6
#38: タンパク質 50S ribosomal protein L20 / Large ribosomal subunit protein bL20


分子量: 13528.024 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Large ribosomal subunit protein bL20 (L20) / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rplT, pdzA, b1716, JW1706 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7L3
#39: タンパク質 50S ribosomal protein L21 / Large ribosomal subunit protein bL21


分子量: 11586.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Large ribosomal subunit protein bL21 (L21) / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rplU, b3186, JW3153 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG48
#41: タンパク質 50S ribosomal protein L23 / Large ribosomal subunit protein uL23


分子量: 11222.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Large ribosomal subunit protein uL23 (L23) / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rplW, b3318, JW3280 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADZ0
#42: タンパク質 50S ribosomal protein L24 / Large ribosomal subunit protein uL24


分子量: 11339.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Large ribosomal subunit protein uL24 (L24) / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rplX, b3309, JW3271 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P60624
#43: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / Large ribosomal subunit protein bL25


分子量: 10713.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Large ribosomal subunit protein bL25 (L25) / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rplY, b2185, JW2173 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P68919
#44: タンパク質 50S ribosomal protein L27 / Large ribosomal subunit protein bL27


分子量: 9146.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Large ribosomal subunit protein bL27 (L27) / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpmA, b3185, JW3152 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7L8
#45: タンパク質 50S ribosomal protein L28 / Large ribosomal subunit protein bL28


分子量: 9027.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Large ribosomal subunit protein bL28 (L28) / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpmB, b3637, JW3612 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7M2
#46: タンパク質 50S ribosomal protein L29 / Large ribosomal subunit protein uL29


分子量: 7286.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Large ribosomal subunit protein uL29 (L29) / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpmC, b3312, JW3274 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7M6
#48: タンパク質 50S ribosomal protein L31 / Large ribosomal subunit protein bL31-A


分子量: 7887.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Large ribosomal subunit protein bL31 (L31) / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpmE, b3936, JW3907 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7M9
#49: タンパク質 50S ribosomal protein L32 / Large ribosomal subunit protein bL32


分子量: 6463.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Large ribosomal subunit protein bL32 (L32) / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpmF, b1089, JW1075 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7N4
#50: タンパク質 50S ribosomal protein L33


分子量: 6388.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Large ribosomal subunit protein bL33 (L33) / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpmG, b3636, JW3611 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7N9
#51: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34 / Large ribosomal subunit protein bL34


分子量: 5397.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Large ribosomal subunit protein bL34 (L34) / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpmH, rimA, ssaF, b3703, JW3680 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7P5
#52: タンパク質 50S ribosomal protein L35 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Ribosomal protein A


分子量: 7313.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Large ribosomal subunit protein bL35 (L35) / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpmI, b1717, JW1707 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Q1
#53: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 / Large ribosomal subunit protein bL36-A / Ribosomal protein B


分子量: 4377.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Large ribosomal subunit protein bL36A (L36) / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpmJ, b3299, JW3261 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Q6

-
Large ribosomal subunit protein ... , 3種, 3分子 LDLVLd

#27: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL4 / 50S ribosomal protein L4


分子量: 22121.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Large ribosomal subunit protein uL4 (L4) / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rplD, eryA, b3319, JW3281 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P60723
#40: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL22 / 50S ribosomal protein L22


分子量: 12253.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Large ribosomal subunit protein uL22 (L22) / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rplV, eryB, b3315, JW3277 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P61175
#47: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL30 / 50S ribosomal protein L30


分子量: 6554.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Large ribosomal subunit protein uL30 (L30) / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpmD, b3302, JW3264 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG51

-
非ポリマー , 7種, 353分子

#55: 化合物
ChemComp-PUT / 1,4-DIAMINOBUTANE / PUTRESCINE / プトレシン


分子量: 88.151 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12N2
#56: 化合物
ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン


分子量: 145.246 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3
#57: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#58: 化合物...
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#59: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#60: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#61: 化合物 ChemComp-FME / N-FORMYLMETHIONINE / N-ホルミルメチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 177.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H11NO3S

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: 70S Ribosome initiation complex (Delta7prrn-HBB 70S)
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#54 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 2.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 283.15 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 300 nm
撮影平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 1.45 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum

-
解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21_5190: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 417599 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 7N1P

7n1p


Accession code: 7N1P / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.005159074
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.931237890
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d22.05675821
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05430335
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00812757

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る