PDB-9mym: Fertilization IZUMO1 Protein Ectodomain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9mym

タイトル

Fertilization IZUMO1 Protein Ectodomain

要素

Izumo sperm-egg fusion protein 1

キーワード

CELL ADHESION / Fertilization / Anti-sperm antibody / IZUMO1 / Infertility / Contraception

機能・相同性

機能・相同性情報

Acrosome Reaction and Sperm:Oocyte Membrane Binding / protein complex involved in cell-cell adhesion / syncytium formation by plasma membrane fusion / sperm-egg recognition / protein binding involved in heterotypic cell-cell adhesion / fusion of sperm to egg plasma membrane involved in single fertilization / acrosomal membrane / acrosomal vesicle / cell adhesion / receptor ligand activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.843 Å

データ登録者

Tang, S.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2025
タイトル: Allosteric inhibition of the IZUMO1-JUNO fertilization complex by the naturally occurring antisperm antibody OBF13.
著者: Lu, Y. / Ikawa, M. / Tang, S.

履歴

登録	2025年1月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年3月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9mym.cif.gz	127.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9mym.ent.gz	96.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9mym.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9mym_validation.pdf.gz	480 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9mym_full_validation.pdf.gz	484.3 KB	表示
XML形式データ	9mym_validation.xml.gz	18.7 KB	表示
CIF形式データ	9mym_validation.cif.gz	26.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/9mym ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/9mym	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9mylC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Izumo sperm-egg fusion protein 1

ヘテロ分子

28.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.454, 103.454, 139.297
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1504- PEG
2	1	A-1508- CA
3	1	A-1509- CA
4	1	A-1641- HOH
5	1	A-1760- HOH
6	1	A-1796- HOH
7	1	A-1878- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Izumo sperm-egg fusion protein 1 / Oocyte binding/fusion factor / OBF / Sperm-specific protein izumo 分子量: 27194.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Izumo1 / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9D9J7

-
糖 , 2種, 3分子

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 糖

ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / alpha-L-fucose / 6-deoxy-alpha-L-galactopyranose / L-fucose / fucose

タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₅

-
非ポリマー , 5種, 331分子

#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.1 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 200 mM CaCl2, 100 nM HEPES pH 7.5, 28% PPG P400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月22日
放射	モノクロメーター: Si(111) and Si(220) double crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.84→36.58 Å / Num. obs: 32920 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 20 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 27.5
反射シェル	解像度: 1.84→1.9 Å / Num. unique obs: 2921 / CC_1/2: 0.79

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.843→36.577 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.58 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1907	1591	4.83 %
R_work	0.1695	-	-
obs	0.1706	32920	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.843→36.577 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1883	0	71	325	2279

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.018	2111
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.634	2858
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.524	784
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.104	325
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	363

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.843-1.9023	0.3002	124	0.2482	2797	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9023-1.9703	0.2352	145	0.2003	2805	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9703-2.0492	0.2184	158	0.1819	2800	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0492-2.1424	0.2294	162	0.1723	2805	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1424-2.2554	0.2042	119	0.1625	2829	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2554-2.3967	0.1854	124	0.1647	2845	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3967-2.5817	0.2011	143	0.1678	2832	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5817-2.8414	0.1898	175	0.1769	2814	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8414-3.2523	0.1713	108	0.1683	2907	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2523-4.0967	0.1701	146	0.1529	2888	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0967-36.577	0.1869	187	0.1717	3007	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8214	0.222	2.4568	1.1494	0.3944	2.571	-0.1394	-0.0286	0.344	-0.0125	0.0447	0.0802	-0.1433	-0.0727	0.1679	0.2284	0.0004	0.0179	0.1905	0.0018	0.2935	-38.0322	-36.3224	-46.4909
2	5.867	-1.3635	-3.3437	0.4585	0.7933	2.0606	0.0339	-2.5693	-1.3565	1.0712	0.2823	0.5157	1.2805	0.6766	0.0709	0.815	-0.1048	-0.0252	0.9624	0.1304	0.5755	-33.2863	-45.5579	-24.5255
3	5.0135	0.9539	2.9019	1.3229	1.1795	3.325	0.103	0.28	-0.3365	0.0427	0.1901	-0.1644	0.0471	0.384	-0.2764	0.2188	-0.006	0.0113	0.1759	-0.0014	0.2794	-27.3985	-44.0234	-44.2076
4	8.1434	1.2552	8.2508	0.8433	0.9098	6.4543	0.4254	-0.2588	-0.5167	0.2821	-0.0305	-0.0936	0.4124	-0.2698	-0.3735	0.2963	-0.0138	-0.0326	0.2649	0.006	0.3109	-32.983	-49.1381	-38.2489
5	6.6833	-1.6719	5.3895	0.6333	-1.8312	5.8642	-0.1603	-0.5984	0.1152	0.184	0.1221	0.1192	-0.2492	-0.4496	0.0494	0.2279	-0.0166	-0.012	0.2563	-0.0107	0.2176	-19.1228	-38.8418	-21.3762
6	2.8618	-3.4408	0.5567	4.5507	-0.7802	2.1374	-0.4208	-0.0893	-0.2804	0.1479	0.1847	-0.321	0.1603	0.3376	0.0944	0.2325	-0.0179	-0.018	0.3024	-0.0585	0.2286	6.8285	-48.2076	-11.0218
7	3.8326	-1.6127	1.9226	3.1018	-0.6643	1.7041	-0.0685	0.2014	0.0364	0.0539	-0.0111	-0.3981	-0.1801	0.3505	0.0872	0.2296	-0.0485	0.0018	0.2874	0.0058	0.2114	5.5873	-40.2408	-12.0539

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 22 through 63 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 64 through 76 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 77 through 103 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 104 through 132 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 133 through 160 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 161 through 181 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 182 through 256 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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