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- PDB-9myl: Fertilization IZUMO1 Protein Ectodomain in Complex with Anti-sper... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9myl
タイトルFertilization IZUMO1 Protein Ectodomain in Complex with Anti-sperm Antibody OBF13
要素
  • (Anti-sperm antibody OBF13 ...) x 2
  • Izumo sperm-egg fusion protein 1
キーワードCELL ADHESION / Fertilization / Anti-sperm antibody / IZUMO1 / Infertility / Contraception
機能・相同性
機能・相同性情報


Acrosome Reaction and Sperm:Oocyte Membrane Binding / protein complex involved in cell-cell adhesion / syncytium formation by plasma membrane fusion / sperm-egg recognition / protein binding involved in heterotypic cell-cell adhesion / fusion of sperm to egg plasma membrane involved in single fertilization / acrosomal membrane / acrosomal vesicle / cell adhesion / receptor ligand activity ...Acrosome Reaction and Sperm:Oocyte Membrane Binding / protein complex involved in cell-cell adhesion / syncytium formation by plasma membrane fusion / sperm-egg recognition / protein binding involved in heterotypic cell-cell adhesion / fusion of sperm to egg plasma membrane involved in single fertilization / acrosomal membrane / acrosomal vesicle / cell adhesion / receptor ligand activity / signaling receptor binding / endoplasmic reticulum membrane / protein homodimerization activity / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Izumo sperm-egg fusion protein / Izumo protein, immunoglobulin domain / Izumo sperm-egg fusion protein 1 / Izumo sperm-egg fusion, Ig domain-associated / Izumo-like Immunoglobulin domain / Immunoglobulin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PROLINE / Izumo sperm-egg fusion protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.177 Å
データ登録者Tang, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)R00HD104924 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2025
タイトル: Allosteric inhibition of the IZUMO1-JUNO fertilization complex by the naturally occurring antisperm antibody OBF13.
著者: Lu, Y. / Ikawa, M. / Tang, S.
履歴
登録2025年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Izumo sperm-egg fusion protein 1
D: Izumo sperm-egg fusion protein 1
H: Anti-sperm antibody OBF13 heavy chain
L: Anti-sperm antibody OBF13 light chain
A: Anti-sperm antibody OBF13 heavy chain
B: Anti-sperm antibody OBF13 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,57212
ポリマ－148,8296
非ポリマー7446
水00
1
C: Izumo sperm-egg fusion protein 1
H: Anti-sperm antibody OBF13 heavy chain
L: Anti-sperm antibody OBF13 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,7866
ポリマ－74,4143
非ポリマー3723
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5090 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area30240 Å2
手法PISA
2
D: Izumo sperm-egg fusion protein 1
A: Anti-sperm antibody OBF13 heavy chain
B: Anti-sperm antibody OBF13 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,7866
ポリマ－74,4143
非ポリマー3723
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5540 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area29520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.069, 83.208, 92.605
Angle α, β, γ (deg.)82.85, 89.72, 71.40
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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抗体 , 2種, 4分子 HALB

#2: 抗体 Anti-sperm antibody OBF13 heavy chain


分子量: 23307.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Anti-sperm antibody OBF13 light chain


分子量: 23587.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 CD

#1: タンパク質 Izumo sperm-egg fusion protein 1 / Oocyte binding/fusion factor / OBF / Sperm-specific protein izumo


分子量: 27519.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Izumo1 / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9D9J7
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 4分子

#5: 化合物 ChemComp-PRO / PROLINE / プロリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO2
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 200 mM L-Proline, 100 mM HEPES pH 7.4, 9% PEG 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月16日
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.177→40.062 Å / Num. obs: 34758 / % possible obs: 90.72 % / 冗長度: 2.2 % / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 3.18→3.27 Å / Num. unique obs: 2932 / CC1/2: 0.929

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.177→40.062 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 31.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2633 1683 4.84 %
Rwork0.2119 --
obs0.2145 34758 90.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.177→40.062 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9150 0 44 0 9194
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0069425
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.03212877
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.5933088
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451484
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031659
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1772-3.27070.37011390.31522793X-RAY DIFFRACTION93
3.2707-3.37620.37111440.29222787X-RAY DIFFRACTION92
3.3762-3.49680.31571140.27142803X-RAY DIFFRACTION91
3.4968-3.63670.31441240.25952744X-RAY DIFFRACTION89
3.6367-3.80210.32841360.2552561X-RAY DIFFRACTION84
3.8021-4.00240.2711360.23382829X-RAY DIFFRACTION92
4.0024-4.25290.25221630.19872786X-RAY DIFFRACTION92
4.2529-4.58080.2011510.18212772X-RAY DIFFRACTION92
4.5808-5.0410.24171310.17112649X-RAY DIFFRACTION87
5.041-5.76860.29481310.19672885X-RAY DIFFRACTION94
5.7686-7.26070.25941580.23482726X-RAY DIFFRACTION91
7.2607-40.0620.22841560.18062740X-RAY DIFFRACTION91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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