PDB-9myf: Human malic enzyme 2 complex with inhibitor NPD-389

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9myf

タイトル

Human malic enzyme 2 complex with inhibitor NPD-389

要素

NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Malic enzyme 2 / NPD-389 / inhibitor complex / ME2 / mitochondrial localisation / m-NAD-ME

機能・相同性

機能・相同性情報

malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) / regulation of NADP metabolic process / malate dehydrogenase (decarboxylating) (NAD+) activity / malic enzyme activity / malate dehydrogenase (decarboxylating) (NADP+) activity / oxaloacetate decarboxylase activity / malate metabolic process / pyruvate metabolic process / Pyruvate metabolism / Mitochondrial protein degradation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Krinkel, B.A. / Squire, C.J. / Loomes, K.M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Cancer Metab / 年: 2025
タイトル: Interplay between malic enzyme 2, de novo serine synthesis, and the malate-aspartate shuttle drives metabolic adaptation in triple-negative breast cancer.
著者: Jeon, J.H. / Slayton, M.D. / Krinkel, B. / Animasahun, O. / Shankaran, A. / Wuchu, F. / Nenwani, M. / Farah, Z. / Burke, J. / Achreja, A. / Nilaj, B. / Kohagen, K. / Eu, Y.H. / Rosenfeld, A. ...

履歴

登録	2025年1月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年10月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9myf.cif.gz	244.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9myf.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9myf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9myf_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9myf_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	9myf_validation.xml.gz	44.9 KB	表示
CIF形式データ	9myf_validation.cif.gz	58.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/9myf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/9myf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9ayiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial

B: NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial

ヘテロ分子

133 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial

B: NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial

ヘテロ分子

A: NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial

B: NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
266 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	204.048, 58.923, 106.929
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.938, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial / NAD-ME / Malic enzyme 2 分子量: 64690.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ME2 / プラスミド: pProEX-HTb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P23368, malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating)

-
非ポリマー , 6種, 82分子

#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-A1AE5 / 2~3~,2~6~-dihydroxy-1~4~,3~4~-dimethoxy[1~1~,2~1~:2~4~,3~1~-terphenyl]-2~2~,2~5~-dione 分子量: 352.337 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₁₆O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID 分子量: 118.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₄
#5: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#6: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.39 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1 M SPG (Succinic acid, Sodium phosphate monobasic monohydrate, Glycine), 25% PEG-1500, pH= 6.0.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95372 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→49.219 Å / Num. obs: 46166 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12 % / B_iso Wilson estimate: 51.4 Å² / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 2.45→2.54 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 4486 / CC_1/2: 0.595 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.45→49.219 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 21.292 / SU ML: 0.401 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.619 / ESU R Free: 0.315 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.278	2378	5.151 %	Random selection
R_work	0.2294	43784	-	-
all	0.232	-	-	-
obs	-	46162	99.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 66.906 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-7.235 Å²	-0 Å²	-1.707 Å²
2-	-	7.747 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.192 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→49.219 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8679	0	243	71	8993

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.012	9166
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	8662
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.896	1.827	12441
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.322	1.753	19947
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.649	5	1109
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.022	5	65
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.837	5	3
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.082	10	1537
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	11.912	10	398
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.041	0.2	1380
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.002	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	10621
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2083
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	1906
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	8396
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	4499
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	4428
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	220
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.004	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.083	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.108	0.2	231
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.05	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.265	6.734	4427
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.263	6.735	4427
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.794	12.113	5533
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.794	12.114	5534
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.277	7.006	4739
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.276	7.006	4740
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.958	12.797	6906
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.958	12.797	6907
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.136	62.755	10207
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.136	62.758	10207

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.45-2.525	0.442	195	0.44	3756	0.44	3952	0.781	0.813	99.9747	0.423
2.525-2.608	0.418	205	0.417	3644	0.417	3850	0.814	0.841	99.974	0.395
2.608-2.699	0.405	176	0.384	3565	0.385	3742	0.734	0.821	99.9733	0.363
2.699-2.801	0.398	186	0.342	3409	0.345	3595	0.882	0.898	100	0.317
2.801-2.915	0.389	182	0.315	3252	0.319	3434	0.896	0.925	100	0.288
2.915-3.044	0.347	174	0.278	3175	0.282	3349	0.92	0.944	100	0.247
3.044-3.192	0.336	171	0.266	2982	0.27	3153	0.914	0.952	100	0.239
3.192-3.363	0.299	167	0.223	2884	0.227	3051	0.938	0.968	100	0.197
3.363-3.566	0.285	158	0.209	2707	0.213	2866	0.952	0.971	99.9651	0.188
3.566-3.811	0.252	137	0.183	2573	0.187	2710	0.956	0.969	100	0.165
3.811-4.115	0.246	117	0.177	2410	0.18	2528	0.958	0.98	99.9604	0.169
4.115-4.504	0.226	133	0.173	2203	0.177	2336	0.972	0.982	100	0.171
4.504-5.031	0.203	96	0.166	2002	0.168	2098	0.974	0.984	100	0.171
5.031-5.799	0.256	108	0.196	1772	0.2	1880	0.962	0.982	100	0.198
5.799-7.077	0.275	75	0.201	1540	0.205	1615	0.97	0.979	100	0.204
7.077-9.907	0.165	68	0.162	1193	0.162	1261	0.985	0.988	100	0.172
9.907-49.219	0.246	30	0.249	717	0.249	748	0.957	0.97	99.8663	0.269

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