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- PDB-9my5: Structure of the BasE mutant V336A, an NRPS adenylation domain in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9my5
タイトルStructure of the BasE mutant V336A, an NRPS adenylation domain in the acinetobactin biosynthetic pathway bound to 4-methyl salicylic Acid
要素(2,3-dihydroxybenzoyl)adenylate synthase
キーワードLIGASE / NRPS / Adenylation Domain / Nonribosomal peptide siderophore / acinetobactin / synthetase
機能・相同性
機能・相同性情報


(2,3-dihydroxybenzoyl)adenylate synthase / 2,3-dihydroxybenzoate--[aryl-carrier protein] ligase / siderophore biosynthetic process / nucleotidyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
2,3-dihydroxybenzoate-AMP ligase / : / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / (2,3-dihydroxybenzoyl)adenylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Ahmed, S.F. / Gulick, A.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM136235 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: The structural basis of substrate selectivity of the acinetobactin biosynthetic adenylation domain, BasE.
著者: Ahmed, S.F. / Gulick, A.M.
履歴
登録2025年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: (2,3-dihydroxybenzoyl)adenylate synthase
A: (2,3-dihydroxybenzoyl)adenylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,48612
ポリマ－125,8392
非ポリマー64710
水5,188288
1
B: (2,3-dihydroxybenzoyl)adenylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,2947
ポリマ－62,9191
非ポリマー3756
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: (2,3-dihydroxybenzoyl)adenylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,1925
ポリマ－62,9191
非ポリマー2724
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.759, 143.682, 148.724
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 (2,3-dihydroxybenzoyl)adenylate synthase / 2 / 3-dihydroxybenzoate-AMP ligase


分子量: 62919.418 Da / 分子数: 2 / 変異: P45L, V336A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
株: AB900
遺伝子: entE, basE, ABR2091_2618, GSE42_14350, H0529_00955
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A505MWF2, (2,3-dihydroxybenzoyl)adenylate synthase
#2: 化合物 ChemComp-A1BUB / 2-hydroxy-4-methylbenzoic acid / 4-methyl salicylic acid


分子量: 152.147 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN
配列の詳細This entry uses a Uniprot reference that is for a different strain of A. Baumannii. These sequence ...This entry uses a Uniprot reference that is for a different strain of A. Baumannii. These sequence discrepancies listed as "conflicts" are due to this strain difference. The wild-type sequence for the protein from this strain of A. Baumannii is found in Genbank entry WP_000744385.1.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.94 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 12% PEG 4000, 0.1 M Calcium chloride, 0.05 M TRIS HCl pH 8.5, 3mM 4-methylsalicylic acid

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→39.59 Å / Num. obs: 56567 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 49.04 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.39→2.46 Å / Rmerge(I) obs: 1.462 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4575 / CC1/2: 0.728 / Rpim(I) all: 0.629

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.39→39.59 Å / SU ML: 0.2908 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.2702
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2252 2001 3.55 %
Rwork0.1861 54422 -
obs0.1874 56423 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 58.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.39→39.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6715 0 33 288 7036
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00826905
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90879410
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05341062
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00821233
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.2901951
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.39-2.450.35041480.30553820X-RAY DIFFRACTION99.77
2.45-2.520.27191340.27273858X-RAY DIFFRACTION99.75
2.52-2.590.3011410.25633840X-RAY DIFFRACTION99.9
2.59-2.670.27771440.24493824X-RAY DIFFRACTION99.6
2.67-2.770.29791350.24133865X-RAY DIFFRACTION99.8
2.77-2.880.26041460.23413804X-RAY DIFFRACTION98.73
2.88-3.010.25111410.21093866X-RAY DIFFRACTION99.5
3.01-3.170.25881400.20363851X-RAY DIFFRACTION99.85
3.17-3.370.24271450.20753879X-RAY DIFFRACTION99.88
3.37-3.630.2041400.19123917X-RAY DIFFRACTION99.9
3.63-3.990.21551410.16333892X-RAY DIFFRACTION99.9
3.99-4.570.17761450.1493891X-RAY DIFFRACTION99.12
4.57-5.750.2171460.15423997X-RAY DIFFRACTION100
5.76-39.590.19841550.16564118X-RAY DIFFRACTION99.14
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.241713023290.4322518989280.1390747471891.77656835378-0.0528750187252.326030623280.03534047558520.0363196893484-0.08504374773730.05303927624940.0051746579826-0.1629496039440.04605533380880.0899758638719-0.03876212872090.3125322422280.03305093192730.00733797081480.343969847484-0.02102457566720.370378629861-23.928165643-12.780405226219.3233183797
21.50258426677-0.213431948769-0.2723482344492.16636735904-0.08391842544062.6223604104-0.0471923007452-0.172114382778-0.0677223301977-0.011791535511-0.0332442916606-0.08770061718910.1351675332590.2511733994890.07144708009670.280864935334-0.002123264788740.04003972490210.3571709195180.02740365038860.287739117727-5.19634026056-9.57820191029-12.5455920272
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain 'B' and resid 3 through 439)BA - B3 - 5011
22(chain 'A' and resid 3 through 439)AD3 - 4391 - 437

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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