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- PDB-9mxz: Lecithin:Cholesterol Acyltransferase Bound to Apolipoprotein A-I ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mxz
タイトルLecithin:Cholesterol Acyltransferase Bound to Apolipoprotein A-I dimer in HDL
要素
  • Apolipoprotein A-I
  • Phosphatidylcholine-sterol acyltransferase
キーワードLIPID TRANSPORT / Complex / Lecithin:Cholesterol Acyltransferase / Apolipoprotein A-I / HDL
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylcholine-sterol O-acyltransferase / phosphatidylcholine-sterol O-acyltransferase activity / regulation of high-density lipoprotein particle assembly / platelet-activating factor acetyltransferase activity / Defective ABCA1 causes TGD / high-density lipoprotein particle receptor binding / peptidyl-methionine modification / HDL clearance / sterol ester esterase activity / spherical high-density lipoprotein particle ...phosphatidylcholine-sterol O-acyltransferase / phosphatidylcholine-sterol O-acyltransferase activity / regulation of high-density lipoprotein particle assembly / platelet-activating factor acetyltransferase activity / Defective ABCA1 causes TGD / high-density lipoprotein particle receptor binding / peptidyl-methionine modification / HDL clearance / sterol ester esterase activity / spherical high-density lipoprotein particle / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase / Scavenging by Class B Receptors / negative regulation of response to cytokine stimulus / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase activity / protein oxidation / regulation of intestinal cholesterol absorption / apolipoprotein A-I binding / vitamin transport / blood vessel endothelial cell migration / cholesterol import / high-density lipoprotein particle binding / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / ABC transporters in lipid homeostasis / apolipoprotein A-I receptor binding / apolipoprotein receptor binding / negative regulation of cell adhesion molecule production / negative regulation of cytokine production involved in immune response / phospholipase A2 activity / HDL assembly / negative regulation of very-low-density lipoprotein particle remodeling / phosphatidylcholine metabolic process / phosphatidylcholine biosynthetic process / aflatoxin metabolic process / glucocorticoid metabolic process / acylglycerol homeostasis / very-low-density lipoprotein particle remodeling / phosphatidylcholine-sterol O-acyltransferase activator activity / positive regulation of phospholipid efflux / Chylomicron remodeling / cellular response to lipoprotein particle stimulus / Chylomicron assembly / high-density lipoprotein particle clearance / phospholipid efflux / chylomicron / high-density lipoprotein particle remodeling / positive regulation of cholesterol metabolic process / lipid storage / reverse cholesterol transport / phospholipid homeostasis / high-density lipoprotein particle assembly / chemorepellent activity / low-density lipoprotein particle / lipoprotein biosynthetic process / cholesterol transfer activity / cholesterol transport / high-density lipoprotein particle / very-low-density lipoprotein particle / endothelial cell proliferation / regulation of Cdc42 protein signal transduction / HDL remodeling / cholesterol efflux / triglyceride homeostasis / Scavenging by Class A Receptors / negative regulation of interleukin-1 beta production / adrenal gland development / negative chemotaxis / cholesterol binding / response to copper ion / cholesterol biosynthetic process / positive regulation of Rho protein signal transduction / amyloid-beta formation / positive regulation of cholesterol efflux / endocytic vesicle / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Scavenging of heme from plasma / Retinoid metabolism and transport / cholesterol metabolic process / positive regulation of stress fiber assembly / phospholipid metabolic process / heat shock protein binding / endocytic vesicle lumen / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / response to glucocorticoid / positive regulation of phagocytosis / cholesterol homeostasis / integrin-mediated signaling pathway / Post-translational protein phosphorylation / Heme signaling / PPARA activates gene expression / phospholipid binding / lipid metabolic process / negative regulation of inflammatory response / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Platelet degranulation / extracellular vesicle / : / amyloid-beta binding / cytoplasmic vesicle / blood microparticle / secretory granule lumen
類似検索 - 分子機能
Lecithin:cholesterol/phospholipid:diacylglycerol acyltransferase / Lecithin:cholesterol acyltransferase / Apolipoprotein A/E / : / Apolipoprotein A1/A4/E domain / Lipases, serine active site. / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6PL / Apolipoprotein A-I / Phosphatidylcholine-sterol acyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.8 Å
データ登録者Coleman, B. / Bedi, S. / Hill, J.H. / Morris, J. / Manthei, K.A. / Hart, R.C. / He, Y. / Shah, A.S. / Jerome, W.G. / Vaisar, T. ...Coleman, B. / Bedi, S. / Hill, J.H. / Morris, J. / Manthei, K.A. / Hart, R.C. / He, Y. / Shah, A.S. / Jerome, W.G. / Vaisar, T. / Bornfeldt, K.E. / Song, H. / Segrest, J.P. / Heinecke, J.W. / Aller, S.G. / Tesmer, J.J.G. / Davidson, S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)P01 HL116263 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01 HL153118 米国
引用ジャーナル: J Lipid Res / 年: 2025
タイトル: Lecithin:cholesterol acyltransferase binds a discontinuous binding site on adjacent apolipoprotein A-I belts in HDL.
著者: Bethany Coleman / Shimpi Bedi / John H Hill / Jamie Morris / Kelly A Manthei / Rachel C Hart / Yi He / Amy S Shah / W Gray Jerome / Tomas Vaisar / Karin E Bornfeldt / Hyun Song / Jere P ...著者: Bethany Coleman / Shimpi Bedi / John H Hill / Jamie Morris / Kelly A Manthei / Rachel C Hart / Yi He / Amy S Shah / W Gray Jerome / Tomas Vaisar / Karin E Bornfeldt / Hyun Song / Jere P Segrest / Jay W Heinecke / Stephen G Aller / John J G Tesmer / W Sean Davidson /
要旨: Lecithin:cholesterol acyltransferase (LCAT) is a high-density lipoprotein (HDL) modifying protein that profoundly affects the composition and function of HDL subspecies. The cholesterol ...Lecithin:cholesterol acyltransferase (LCAT) is a high-density lipoprotein (HDL) modifying protein that profoundly affects the composition and function of HDL subspecies. The cholesterol esterification activity of LCAT is dramatically increased by apolipoprotein A-I (APOA1) on HDL, but the mechanism remains unclear. Using site-directed mutagenesis, cross-linking, mass spectrometry, electron microscopy, protein engineering, and molecular docking, we identified two LCAT binding sites formed by helices 4 and 6 from two antiparallel APOA1 molecules in HDL. Although the reciprocating APOA1 "belts" form two ostensibly symmetrical binding locations, LCAT can adopt distinct orientations at each site, as shown by our 9.8 Å cryoEM envelope. In one case, LCAT membrane binding domains align with the APOA1 belts and, in the other, the HDL phospholipids. By introducing disulfide bonds between the APOA1 helical domains, we demonstrated that LCAT does not require helical separation during its reaction cycle. This indicates that LCAT, anchored to APOA1 belts, accesses substrates and deposits products through interactions with the planar lipid surface. This model of the LCAT/APOA1 interaction provides insights into how LCAT and possibly other HDL-modifying factors engage the APOA1 scaffold, offering potential strategies to enhance LCAT activity in individuals with genetic defects.
履歴
登録2025年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月2日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月2日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月2日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月2日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update
改定 1.22025年5月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Apolipoprotein A-I
A: Apolipoprotein A-I
B: Phosphatidylcholine-sterol acyltransferase
C: Phosphatidylcholine-sterol acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)266,571162
ポリマ－146,0014
非ポリマー120,570158
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Apolipoprotein A-I / Apo-AI / ApoA-I / Apolipoprotein A1


分子量: 28120.637 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: molecular dynamics simulation containing 2 molecules of apolipoprotein A-I and 100 POPC
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APOA1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P02647
#2: タンパク質 Phosphatidylcholine-sterol acyltransferase / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase / Lecithin-cholesterol acyltransferase / ...1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase / Lecithin-cholesterol acyltransferase / Phospholipid-cholesterol acyltransferase / Platelet-activating factor acetylhydrolase / PAF acetylhydrolase


分子量: 44879.988 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: 4XWG Lecithin:Cholesterol Acyltransferase crystal structure of closed conformation
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LCAT
発現宿主: Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス)
参照: UniProt: P04180, phosphatidylcholine-sterol O-acyltransferase, 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase
#3: 化合物...
ChemComp-6PL / (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE / 1-PALMITOYL-2-STEAROYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / O-(1-O-パルミトイル-2-O-ステアロイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン


分子量: 763.100 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H85NO8P / コメント: リン脂質*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of 2 Lecithin:Cholesterol Acyltransferase molecules bound to Apolipoprotein dimer in HDL
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #2 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: OTHER / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 400 nm
撮影電子線照射量: 46 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: HADDOCK / カテゴリ: モデルフィッティング
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 9.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 44391 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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