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- PDB-9mxa: Crystal structure of the DNA binding domain of FLI1 (wild-type) i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mxa
タイトルCrystal structure of the DNA binding domain of FLI1 (wild-type) in complex with a DNA containing two contiguous GGAA sites
要素
  • DNA (5'-D(*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*TP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*G)-3')
  • Friend leukemia integration 1 transcription factor
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Ewing sarcoma / transcription factor / oncogenesis / bone tumor / drug target / deregulation / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


hemostasis / blood circulation / megakaryocyte development / animal organ morphogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding ...hemostasis / blood circulation / megakaryocyte development / animal organ morphogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / nuclear body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Friend leukemia integration 1 transcription factor, pointed domain / SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Ets-domain signature 1. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain ...Friend leukemia integration 1 transcription factor, pointed domain / SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Ets-domain signature 1. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Friend leukemia integration 1 transcription factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Hou, C. / Tsodikov, O.V.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA243529 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2025
タイトル: Structure and cooperative formation of a FLI1 filament on contiguous GGAA DNA sites.
著者: Hou, C. / Tsodikov, O.V.
履歴
登録2025年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Friend leukemia integration 1 transcription factor
D: Friend leukemia integration 1 transcription factor
E: DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*TP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7544
ポリマ－42,7544
非ポリマー00
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5450 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area13900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.949, 96.949, 185.748
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 Friend leukemia integration 1 transcription factor / Proto-oncogene Fli-1 / Transcription factor ERGB


分子量: 16786.859 Da / 分子数: 2 / 断片: DNA-binding domain (residues 259-399) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FLI1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q01543
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*G)-3')


分子量: 4708.073 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*TP*C)-3')


分子量: 4471.897 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.81 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris, pH 8.5, 2 M ammonium phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→50 Å / Num. obs: 13984 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13.6 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 47
反射 シェル解像度: 2.59→2.63 Å / Num. unique obs: 699 / CC1/2: 0.899

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5JVT

5jvt


解像度: 2.59→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 42.066 / SU ML: 0.376 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.465 / ESU R Free: 0.306 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28738 674 4.8 %RANDOM
Rwork0.26048 ---
obs0.26179 13295 98.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 98.744 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.71 Å20 Å2-0 Å2
2---1.71 Å2-0 Å2
3---3.42 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.59→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1531 608 0 5 2144
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0122250
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0181780
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3761.4913161
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2931.8654105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5495186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.72321.09991
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.1615270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6391513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2285
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022137
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02556
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1864.464753
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.1884.47752
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.3996.672936
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.3966.665937
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4753.3481494
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4763.351493
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.2864.9312225
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.43637.0232744
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.43437.0122745
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.594→2.661 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.41 46 -
Rwork0.433 960 -
obs--99.51 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0025-0.01430.03310.1328-0.07890.7174-0.06730.02880.00590.0728-0.33930.0490.02860.09790.40650.2782-0.0361-0.32540.6755-0.43781.236525.91157.399139.2095
20.9160.0789-0.19532.8591-1.90871.4462-0.0530.14210.26250.25550.1403-0.2470.0624-0.3-0.08730.647-0.1543-0.15060.8049-0.12970.972512.091-5.886415.611
32.9909-1.50640.49051.8214-0.45692.9343-0.0161-0.5050.6163-0.1734-0.59-0.8487-0.1809-0.40960.60610.66390.1268-0.21690.691-0.23321.389724.48610.634322.7908
40.51470.49460.45270.80560.9683.6165-0.1363-0.24560.1362-0.2413-0.3134-0.2187-0.37790.32890.44970.6272-0.0702-0.07120.6537-0.07161.180625.8663-0.838524.6583
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A281 - 369
2X-RAY DIFFRACTION2D268 - 373
3X-RAY DIFFRACTION3E1 - 15
4X-RAY DIFFRACTION4F1 - 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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