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- PDB-9mwm: Structure of rat neuronal nitric oxide synthase R349A mutant heme... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mwm
タイトルStructure of rat neuronal nitric oxide synthase R349A mutant heme domain bound with N-(3-(((2-(3-(aminomethyl)-[1,1'-biphenyl]-4-yl)ethyl)amino)methyl)phenyl)thiazole-5-carboximidamide
要素Nitric oxide synthase, brain
キーワードOXIDOREDUCTASE / nitric oxide synthase inhibitor binding
機能・相同性
機能・相同性情報


Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / negative regulation of hepatic stellate cell contraction / positive regulation of adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / negative regulation of iron ion transmembrane transport / response to vitamin B3 / ROS and RNS production in phagocytes / postsynaptic specialization, intracellular component / peptidyl-cysteine S-nitrosylation / Ion homeostasis / negative regulation of vasoconstriction ...Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / negative regulation of hepatic stellate cell contraction / positive regulation of adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / negative regulation of iron ion transmembrane transport / response to vitamin B3 / ROS and RNS production in phagocytes / postsynaptic specialization, intracellular component / peptidyl-cysteine S-nitrosylation / Ion homeostasis / negative regulation of vasoconstriction / synaptic signaling by nitric oxide / azurophil granule / : / response to nitric oxide / positive regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of hydrolase activity / positive regulation of sodium ion transmembrane transport / response to vitamin E / peptidyl-cysteine S-nitrosylase activity / negative regulation of calcium ion transport / negative regulation of potassium ion transport / regulation of sodium ion transport / positive regulation of the force of heart contraction / cadmium ion binding / neuron projection terminus / negative regulation of cytosolic calcium ion concentration / nitric-oxide synthase (NADPH) / sodium channel regulator activity / regulation of postsynaptic membrane potential / multicellular organismal response to stress / negative regulation of insulin secretion / regulation of neurogenesis / nitric-oxide synthase activity / negative regulation of serotonin uptake / xenobiotic catabolic process / NADPH binding / L-arginine catabolic process / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / negative regulation of blood pressure / postsynaptic density, intracellular component / nitric oxide metabolic process / nitric oxide biosynthetic process / behavioral response to cocaine / response to hormone / photoreceptor inner segment / cellular response to epinephrine stimulus / sarcoplasmic reticulum membrane / T-tubule / secretory granule / response to activity / calyx of Held / positive regulation of long-term synaptic potentiation / cell periphery / response to nicotine / sarcoplasmic reticulum / striated muscle contraction / female pregnancy / establishment of protein localization / cellular response to mechanical stimulus / phosphoprotein binding / vasodilation / response to nutrient levels / sarcolemma / response to estrogen / caveola / response to lead ion / cellular response to growth factor stimulus / response to peptide hormone / Z disc / positive regulation of neuron apoptotic process / calcium-dependent protein binding / NADP binding / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / negative regulation of neuron apoptotic process / response to heat / nuclear membrane / ATPase binding / response to lipopolysaccharide / scaffold protein binding / response to hypoxia / calmodulin binding / cytoskeleton / dendritic spine / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / response to ethanol / perikaryon / transmembrane transporter binding / mitochondrial outer membrane / postsynaptic density / membrane raft / negative regulation of cell population proliferation / heme binding / negative regulation of apoptotic process / dendrite / positive regulation of DNA-templated transcription / synapse / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / enzyme binding
類似検索 - 分子機能
Nitric-oxide synthase, eukaryote / Nitric oxide synthase, N-terminal / Nitric oxide synthase, N-terminal domain superfamily / Nitric oxide synthase, domain 2 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 1 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 3 superfamily / : / Nitric oxide synthase, oxygenase domain / Nitric oxide synthase (NOS) signature. / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding ...Nitric-oxide synthase, eukaryote / Nitric oxide synthase, N-terminal / Nitric oxide synthase, N-terminal domain superfamily / Nitric oxide synthase, domain 2 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 1 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 3 superfamily / : / Nitric oxide synthase, oxygenase domain / Nitric oxide synthase (NOS) signature. / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / PDZ domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Flavoprotein-like superfamily / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / ACETATE ION / 5,6,7,8-TETRAHYDROBIOPTERIN / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Nitric oxide synthase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Li, H. / Poulos, T.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM131920 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2026
タイトル: New Inhibitors of Neuronal Nitric Oxide Synthase for the Treatment of Melanoma.
著者: Awasthi, A. / Patel, A. / Li, H. / Kang, K.M. / Hardy, C.D. / Ansari, A. / Nowar, R. / Hasan, M.E. / Yang, S. / Poulos, T.L. / Silverman, R.B.
履歴
登録2025年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年4月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22026年8月12日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature ...pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_atom_coordination / pdbx_nonpoly_atom_coordination_sphere / pdbx_nonpoly_atom_coordination_sphere_order
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / 解説: Metalloprotein remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitric oxide synthase, brain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1506
ポリマ－48,7261
非ポリマー1,4245
水1,26170
1
A: Nitric oxide synthase, brain
ヘテロ分子

A: Nitric oxide synthase, brain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,30012
ポリマ－97,4532
非ポリマー2,84810
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z+1/21
Buried area10070 Å2
ΔGint-216 kcal/mol
Surface area33010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.220, 113.815, 163.062
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Nitric oxide synthase, brain / BNOS / Constitutive NOS / NC-NOS / NOS type I / Neuronal NOS / nNOS / Peptidyl-cysteine S-nitrosylase NOS1


分子量: 48726.410 Da / 分子数: 1 / 変異: R349A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Nos1, Bnos / 器官: brain / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P29476, nitric-oxide synthase (NADPH)

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非ポリマー , 6種, 75分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-H4B / 5,6,7,8-TETRAHYDROBIOPTERIN


分子量: 241.247 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N5O3 / コメント: 神経伝達物質*YM
#4: 化合物 ChemComp-A1BTW / N-{3-[({2-[3-(aminomethyl)[1,1'-biphenyl]-4-yl]ethyl}amino)methyl]phenyl}-1,3-thiazole-5-carboximidamide


分子量: 441.591 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H27N5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.4 % / 解説: bricks
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 20-24% PEG3350, 0.1M MES 0.14-0.20M AMMONIUM ACETATE, 10% ETHYLENE GLYCOL, 30uM SDS, 5 mM GSH

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月9日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→46.66 Å / Num. obs: 32977 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.084 / Χ2: 1.31 / Net I/σ(I): 13.1 / Num. measured all: 211945
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 3.525 / Num. unique obs: 2305 / CC1/2: 0.453 / Rpim(I) all: 1.434 / Rrim(I) all: 3.81 / Χ2: 0.83 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.95→38.993 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.07 / 位相誤差: 36.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2435 3086 5.01 %random
Rwork0.1977 ---
obs0.2001 32414 97.42 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→38.993 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3332 0 97 70 3499
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073542
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9874819
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.6192059
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048498
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006609
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9501-1.98050.47011380.36892340X-RAY DIFFRACTION86
1.9805-2.0130.34881210.36242464X-RAY DIFFRACTION89
2.013-2.04770.45151050.3282538X-RAY DIFFRACTION92
2.0477-2.08490.3851110.33692593X-RAY DIFFRACTION94
2.0849-2.1250.38471670.31052635X-RAY DIFFRACTION97
2.125-2.16840.35091430.31042657X-RAY DIFFRACTION99
2.1684-2.21560.35171290.292750X-RAY DIFFRACTION99
2.2156-2.26710.35791600.28192666X-RAY DIFFRACTION99
2.2671-2.32380.31651390.2742699X-RAY DIFFRACTION99
2.3238-2.38660.3261620.27232724X-RAY DIFFRACTION99
2.3866-2.45680.32991160.26682717X-RAY DIFFRACTION100
2.4568-2.53610.31751330.25992739X-RAY DIFFRACTION99
2.5361-2.62670.33791370.2512626X-RAY DIFFRACTION97
2.6267-2.73190.33231340.24752717X-RAY DIFFRACTION100
2.7319-2.85620.29561400.23422719X-RAY DIFFRACTION99
2.8562-3.00670.27941140.23142755X-RAY DIFFRACTION99
3.0067-3.1950.24391660.23882697X-RAY DIFFRACTION99
3.195-3.44150.25491730.20382709X-RAY DIFFRACTION100
3.4415-3.78760.17711440.17642674X-RAY DIFFRACTION99
3.7876-4.33510.19891550.16162710X-RAY DIFFRACTION100
4.3351-5.45940.2281570.15612656X-RAY DIFFRACTION98
5.4594-38.9930.21251420.15682711X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -23.3281 Å / Origin y: -4.8905 Å / Origin z: 22.1811 Å
111213212223313233
T0.2851 Å20.0002 Å2-0.0795 Å2-0.397 Å20.0062 Å2--0.4774 Å2
L1.3947 °2-0.1107 °20.2986 °2-2.3297 °20.5276 °2--10.5555 °2
S-0.0736 Å °0.1235 Å °-0.0307 Å °-0.0415 Å °-0.0978 Å °-0.0933 Å °-0.5339 Å °0.4742 Å °0.1529 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain A and resid 299:716)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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