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- PDB-9mvv: Pfs230 (D9-D14) with Pfs48/45 of the endogenous Pfs230-Pfs48/45 c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mvv
タイトルPfs230 (D9-D14) with Pfs48/45 of the endogenous Pfs230-Pfs48/45 complex
要素
  • Gametocyte surface protein P230
  • Gametocyte surface protein P45/48
キーワードPROTEIN BINDING / 6-cysteine protein / Plasmodium falciparum / malaria transmission
機能・相同性
機能・相同性情報


side of membrane / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / 6-Cysteine (6-Cys) domain / 6-Cysteine (6-Cys) domain superfamily / Sexual stage antigen s48/45 domain / 6-Cysteine (6-Cys) domain profile. / Sexual stage antigen s48/45 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Gametocyte surface protein P230 / Gametocyte surface protein P45/48
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.36 Å
データ登録者Dietrich, M.H. / Glukhova, A. / Shakeel, S. / Tham, W.H.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP2001385 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP2016908 オーストラリア
引用ジャーナル: Science / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structure of endogenous Pfs230 and Pfs48/45 fertilization complex.
著者: Melanie H Dietrich / Jill Chmielewski / Li-Jin Chan / Li Lynn Tan / Amy Adair / Frankie M T Lyons / Mikha Gabriela / Sash Lopaticki / Toby A Dite / Laura F Dagley / Lucia Pazzagli / Priya ...著者: Melanie H Dietrich / Jill Chmielewski / Li-Jin Chan / Li Lynn Tan / Amy Adair / Frankie M T Lyons / Mikha Gabriela / Sash Lopaticki / Toby A Dite / Laura F Dagley / Lucia Pazzagli / Priya Gupta / Mohd Kamil / Ashley M Vaughan / Rattanaporn Rojrung / Anju Abraham / Ramin Mazhari / Rhea J Longley / Kathleen Zeglinski / Quentin Gouil / Ivo Mueller / Stewart A Fabb / Rekha Shandre-Mugan / Colin W Pouton / Alisa Glukhova / Shabih Shakeel / Wai-Hong Tham /
要旨: Malaria parasite fertilization occurs in the midgut of a female mosquito. Blocking fertilization within the mosquito can prevent malaria transmission. Pfs230 and Pfs48/45 proteins are critical for ...Malaria parasite fertilization occurs in the midgut of a female mosquito. Blocking fertilization within the mosquito can prevent malaria transmission. Pfs230 and Pfs48/45 proteins are critical for male fertility and transmission of the malaria parasite. They form a core fertilization complex, but it is unknown how they interact. We determined a cryo-electron microscopy structure of the endogenous Pfs230-Pfs48/45 complex showing that Pfs48/45 interacts with Pfs230 domains 13 and 14. Transgenic parasite lines with these domains removed were defective in Pfs230 gamete localization and showed reduced oocyst formation. Nanobodies against domains 13 and 14 inhibited Pfs230-Pfs48/45 complex formation and reduced transmission, and structural analyses revealed their epitopes. These Pfs230 domains were targets of naturally acquired immunity and immune sera from messenger RNA lipid nanoparticle immunizations blocked parasite transmission.
履歴
登録2025年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月30日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月30日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月30日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年8月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22025年9月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin / Item: _citation.journal_volume / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gametocyte surface protein P230
C: Gametocyte surface protein P45/48


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)412,2082
ポリマ－412,2082
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Gametocyte surface protein P230


分子量: 363701.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
参照: UniProt: P68874
#2: タンパク質 Gametocyte surface protein P45/48


分子量: 48506.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8I6T1
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Heterodimeric complex of endogenous Plasmodium falciparum proteins Pfs230 and Pfs48/45
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 0.4 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 400 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
4cryoSPARCCTF補正
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 87061 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 104.34 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.003510668
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.754114529
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05561707
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00581855
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.65611459

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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