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万見
- PDB-9mu3: SaPI1 neck structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mu3
タイトルSaPI1 neck structure
要素
  • DUF3168 domain-containing protein
  • Head-tail connector protein
  • Major tail protein
  • adaptor
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / sapi / capsid / tail / phage
機能・相同性Bacteriophage 69, Orf23, major tail protein / Phage gp6-like head-tail connector protein / Phage gp6-like head-tail connector protein / Phage major tail protein TP901-1 / Phage tail tube protein / Uncharacterized protein / DUF3168 domain-containing protein / Major tail protein / Head-tail connector protein
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus phage 80alpha (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.14 Å
データ登録者Kizziah, J.L. / Dokland, T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI083255 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Structure of the Staphylococcus aureus bacteriophage 80α neck shows details of the DNA, tail completion protein, and tape measure protein.
著者: James L Kizziah / Amarshi Mukherjee / Laura K Parker / Terje Dokland /
要旨: The Staphylococcus aureus pathogenicity islands (SaPIs), including SaPI1, are a type of mobile genetic elements (MGEs) that are mobilized at high frequency by "helper" bacteriophages, such as 80α, ...The Staphylococcus aureus pathogenicity islands (SaPIs), including SaPI1, are a type of mobile genetic elements (MGEs) that are mobilized at high frequency by "helper" bacteriophages, such as 80α, leading to packaging of the SaPI genomes into virions made from helper-encoded structural proteins. 80α and SaPI1 virions consist of an icosahedral head connected via a portal vertex to a long, non-contractile tail. A connector or "neck" forms the interface between the tail and the head. Here, we have determined the high-resolution structure of the neck section of SaPI1 virions, including the dodecameric portal and head-tail-connector proteins, and the hexameric head-tail joining, tail terminator and major tail proteins. We also resolved the DNA, the tail completion protein (TCP), and the tape measure protein (TMP) inside the tail, features that have not previously been observed at high resolution. Our study provides insights into the assembly and infection process in this important group of MGEs.
履歴
登録2025年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _em_admin.last_update

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Head-tail connector protein
B: Head-tail connector protein
C: adaptor
D: DUF3168 domain-containing protein
E: Major tail protein
F: Major tail protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,2686
ポリマ－95,2686
非ポリマー00
水00
1
A: Head-tail connector protein
B: Head-tail connector protein
C: adaptor
D: DUF3168 domain-containing protein
E: Major tail protein
F: Major tail protein
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)571,61036
ポリマ－571,61036
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5

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要素

#1: タンパク質 Head-tail connector protein


分子量: 12809.583 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus phage 80alpha (ファージ)
参照: UniProt: S4V9M2
#2: タンパク質 adaptor


分子量: 11815.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus phage 80alpha (ファージ)
参照: UniProt: A0AA96SLM5
#3: タンパク質 DUF3168 domain-containing protein / tail completion protein


分子量: 14730.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus phage 80alpha (ファージ)
参照: UniProt: A4ZFB8
#4: タンパク質 Major tail protein


分子量: 21551.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus phage 80alpha (ファージ)
参照: UniProt: A4ZFB9
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Staphylococcus phage 80alpha / タイプ: VIRUS / 詳細: SaPI1 virion / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 80alpha (ファージ)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
緩衝液pH: 7.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm
撮影電子線照射量: 35.26 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 23206 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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