[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルStructure of the Staphylococcus aureus bacteriophage 80α neck shows details of the DNA, tail completion protein, and tape measure protein.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 33, Issue 6, Page 1063-11073.e2, Year 2025
掲載日2025年6月5日
著者James L Kizziah / Amarshi Mukherjee / Laura K Parker / Terje Dokland /
PubMed 要旨The Staphylococcus aureus pathogenicity islands (SaPIs), including SaPI1, are a type of mobile genetic elements (MGEs) that are mobilized at high frequency by "helper" bacteriophages, such as 80α, ...The Staphylococcus aureus pathogenicity islands (SaPIs), including SaPI1, are a type of mobile genetic elements (MGEs) that are mobilized at high frequency by "helper" bacteriophages, such as 80α, leading to packaging of the SaPI genomes into virions made from helper-encoded structural proteins. 80α and SaPI1 virions consist of an icosahedral head connected via a portal vertex to a long, non-contractile tail. A connector or "neck" forms the interface between the tail and the head. Here, we have determined the high-resolution structure of the neck section of SaPI1 virions, including the dodecameric portal and head-tail-connector proteins, and the hexameric head-tail joining, tail terminator and major tail proteins. We also resolved the DNA, the tail completion protein (TCP), and the tape measure protein (TMP) inside the tail, features that have not previously been observed at high resolution. Our study provides insights into the assembly and infection process in this important group of MGEs.
リンクStructure / PubMed:40174589 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.14 - 3.54 Å
構造データ

48617

9mu2

EMDB-48617, PDB-9mu2:
SaPI1 neck structure with DNA, tail completion protein, and tape measure protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.54 Å

48618

9mu3

EMDB-48618, PDB-9mu3:
SaPI1 neck structure
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.14 Å

由来
  • staphylococcus phage 80alpha (ファージ)
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / sapi / capsid / tail / phage

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る