[日本語] English
万見
- PDB-9mt4: Connector structure of phage JohannRWettstein (Bas63) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mt4
タイトルConnector structure of phage JohannRWettstein (Bas63)
要素
  • (Phage protein) x 2
  • Collar protein
  • Head-closure protein
  • Portal protein
  • Structural protein
  • Tail terminator protein
  • Tube protein
キーワードVIRAL PROTEIN / connector / portal / adaptor / head completion / tail terminator / fiber / whisker / collar / tube / sheath / phage / bacteriophage / neck / Bas63 / JohannRWettstein
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Phage neck terminator protein / Protein of unknown function DUF935 / Portal protein of Mu bacteriophage / Structural protein ORF10, bacteriophage KPP10 / Protein of unknown function DUF3383 / Bacteriophage PhiTE tail tube protein / Protein of unknown function (DUF3383)
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / Phage neck terminator protein gp12-like domain-containing protein / Head-closure protein / Uncharacterized protein / Portal protein / Structural protein / Phage protein / Phage protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia phage JohannRWettstein (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Hodgkinson-Bean, J.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Ministry of Agriculture, Forestry and Fisheries (MAFF)GD0696J004 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21K20645 日本
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: C12 local connector reconstruction of phage JohannRWettstein (Bas63)
著者: Hodgkinson-Bean, J. / Ayala, R. / McJarrow-Keller, K. / Cassin, L. / Rutter, G.L. / Crowe, A.J.M. / Wolf, M. / Bostina, M.
履歴
登録2025年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: Portal protein
A: Portal protein
E: Head-closure protein
F: Tail terminator protein
P: Tube protein
O: Tube protein
I: Phage protein
J: Phage protein
L: Phage protein
K: Phage protein
M: Phage protein
N: Phage protein
Q: Structural protein
R: Structural protein
C: Phage protein
D: Phage protein
G: Collar protein
H: Collar protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)419,65918
ポリマ－419,65918
非ポリマー00
水00
1
B: Portal protein
A: Portal protein
E: Head-closure protein
F: Tail terminator protein
P: Tube protein
O: Tube protein
I: Phage protein
J: Phage protein
L: Phage protein
K: Phage protein
M: Phage protein
N: Phage protein
Q: Structural protein
R: Structural protein
C: Phage protein
D: Phage protein
G: Collar protein
H: Collar protein
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,517,954108
ポリマ－2,517,954108
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5

-
要素

-
タンパク質 , 8種, 18分子 BAEFPOIJLKMNQRCDGH

#1: タンパク質 Portal protein


分子量: 55447.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia phage JohannRWettstein (ファージ)
参照: UniProt: A0AAE7VVG7
#2: タンパク質 Head-closure protein


分子量: 15630.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia phage JohannRWettstein (ファージ)
参照: UniProt: A0AAE7VV34
#3: タンパク質 Tail terminator protein


分子量: 22316.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia phage JohannRWettstein (ファージ)
参照: UniProt: A0AAE7VUU6
#4: タンパク質 Tube protein


分子量: 16203.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia phage JohannRWettstein (ファージ)
参照: UniProt: A0AAE7VV62
#5: タンパク質
Phage protein


分子量: 11673.070 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia phage JohannRWettstein (ファージ)
参照: UniProt: A0AAE7VWD1
#6: タンパク質 Structural protein


分子量: 48916.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia phage JohannRWettstein (ファージ)
参照: UniProt: A0AAE7VVP5
#7: タンパク質 Phage protein


分子量: 16980.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia phage JohannRWettstein (ファージ)
参照: UniProt: A0AAE8B2G2
#8: タンパク質 Collar protein


分子量: 18289.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia phage JohannRWettstein (ファージ)
参照: UniProt: A0AAE7VUQ8

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: JohannRWettstein (Bas63) / タイプ: VIRUS
詳細: Connector structure of phage JohannRWettstein (Bas63).
由来: NATURAL
由来(天然)生物種: JohannRWettstein (Bas63) (ファージ)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Escherichia coli
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: Phage buffer
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mMTris HCL 7.41
210 mMmagnesium sulphateMgSO41
30.01 % W/VGelatin1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Mature viral particles with packaged genomes
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 49.6 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

-
解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 20388 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る