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- EMDB-48599: Connector structure of phage JohannRWettstein (Bas63) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48599
タイトルConnector structure of phage JohannRWettstein (Bas63)
マップデータ
試料
  • ウイルス: JohannRWettstein (Bas63) (ファージ)
  • タンパク質・ペプチド: Portal protein
  • タンパク質・ペプチド: Head-closure protein
  • タンパク質・ペプチド: Tail terminator protein
  • タンパク質・ペプチド: Tube protein
  • タンパク質・ペプチド: Phage protein
  • タンパク質・ペプチド: Structural protein
  • タンパク質・ペプチド: Phage protein
  • タンパク質・ペプチド: Collar protein
キーワードconnector / portal / adaptor / head completion / tail terminator / fiber / whisker / collar / tube / sheath / phage / bacteriophage / neck / Bas63 / JohannRWettstein / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Phage neck terminator protein / Protein of unknown function DUF935 / Portal protein of Mu bacteriophage / Structural protein ORF10, bacteriophage KPP10 / Protein of unknown function DUF3383 / Bacteriophage PhiTE tail tube protein / Protein of unknown function (DUF3383)
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / Phage neck terminator protein gp12-like domain-containing protein / Head-closure protein / Uncharacterized protein / Portal protein / Structural protein / Phage protein / Phage protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia phage JohannRWettstein (ファージ) / JohannRWettstein (Bas63) (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Hodgkinson-Bean J
資金援助 日本, 2件
OrganizationGrant number国
Ministry of Agriculture, Forestry and Fisheries (MAFF)GD0696J004 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21K20645 日本
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: C12 local connector reconstruction of phage JohannRWettstein (Bas63)
著者: Hodgkinson-Bean J / Ayala R / McJarrow-Keller K / Cassin L / Rutter GL / Crowe AJM / Wolf M / Bostina M
履歴
登録2025年1月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月19日-
マップ公開2025年11月19日-
更新2025年11月19日-
現状2025年11月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48599.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48599.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.39 Å/pix.
x 422 pix.
= 585.314 Å		1.39 Å/pix.
x 322 pix.
= 446.614 Å		1.39 Å/pix.
x 322 pix.
= 446.614 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.387 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.7
最小 - 最大-0.9059245 - 3.5063803
平均 (標準偏差)0.03560856 (±0.15240598)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-1-1-101
サイズ322322422
Spacing322322422
セルA: 446.61398 Å / B: 446.61398 Å / C: 585.31396 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : JohannRWettstein (Bas63)

全体名称: JohannRWettstein (Bas63) (ファージ)
要素
  • ウイルス: JohannRWettstein (Bas63) (ファージ)
  • タンパク質・ペプチド: Portal protein
  • タンパク質・ペプチド: Head-closure protein
  • タンパク質・ペプチド: Tail terminator protein
  • タンパク質・ペプチド: Tube protein
  • タンパク質・ペプチド: Phage protein
  • タンパク質・ペプチド: Structural protein
  • タンパク質・ペプチド: Phage protein
  • タンパク質・ペプチド: Collar protein

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超分子 #1: JohannRWettstein (Bas63)

超分子名称: JohannRWettstein (Bas63) / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Connector structure of phage JohannRWettstein (Bas63).
NCBI-ID: 2852035 / 生物種: JohannRWettstein (Bas63) / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: Portal protein

分子名称: Portal protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage JohannRWettstein (ファージ)
分子量理論値: 55.44702 KDa
配列文字列: MAEITETQES LPPFRMGEVG SLGLKVKNGR IYEEPRQALR FPESIKTFQL MMRDPAVAAS VNIIKMFVRK VNWRFVPPKG KEQDPKMLE RADFFNSLMD DMEHDWADFI NSVMSFCTYG FCVNEKVYKK RQGKKGKYQS KFDDGLIGWA KLPIRNQSTL D KWYFDEDF ...文字列:
MAEITETQES LPPFRMGEVG SLGLKVKNGR IYEEPRQALR FPESIKTFQL MMRDPAVAAS VNIIKMFVRK VNWRFVPPKG KEQDPKMLE RADFFNSLMD DMEHDWADFI NSVMSFCTYG FCVNEKVYKK RQGKKGKYQS KFDDGLIGWA KLPIRNQSTL D KWYFDEDF RKVTGVRQNL RNVSHIAGAI NLGERPLTRK LPRAKFMLFK YDDEYGNPEG RSPLLNAYVP WKYKVQIEEY EA VGVSRDL VGMPKIGLPP DYLDENAEPE KKAFVQYCKT VVNDMIANDR AGLIWPRYID PDTKEDIFEF SLVSRQGAKA YDT GSIIDR YSKQIMMAFM SDVLAMGQSK YGSFSLADSK TSLLAMSVDI LLKQIKNVIN RDLVAQTYAL NMWDDEEHVQ ITYD DIETP DLEAIGSYIQ KTVAVGALEV DKELSNKLRE HIGLPPADES QPVSEKLSPN SQSRSGDGYK TAGEGTAKTP SAKDP STAN KANK

UniProtKB: Portal protein

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分子 #2: Head-closure protein

分子名称: Head-closure protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage JohannRWettstein (ファージ)
分子量理論値: 15.630534 KDa
配列文字列:
MRLLNRHSFV VKRKVSEDGY YNDDGDWVAS QDIVEVNCKG NIQPYIKGSV KNGTQIALPE GIRLTDTRIL YTTYKLRTSD DVEWNESDI VMIDGHEYEV FMTMDWSQQL AHTSHYEYII IRRDKMNAVR NSRT

UniProtKB: Head-closure protein

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分子 #3: Tail terminator protein

分子名称: Tail terminator protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage JohannRWettstein (ファージ)
分子量理論値: 22.316256 KDa
配列文字列: MQLETAELEK GLVRTLVDVI GHRLARDKNN RPNVIRAYPS DNSNDKGLKP DQPFITVYCQ DAATPYGWVL DKFVEDDVVC YRIAFQIPV LITVNGKGAH SIMLELKQRL EMSSVRDLIL EETGATVLDT GAIPNDYTYL NTDFENSAPL VVTLVKNSVL K DERGSIIE ...文字列:
MQLETAELEK GLVRTLVDVI GHRLARDKNN RPNVIRAYPS DNSNDKGLKP DQPFITVYCQ DAATPYGWVL DKFVEDDVVC YRIAFQIPV LITVNGKGAH SIMLELKQRL EMSSVRDLIL EETGATVLDT GAIPNDYTYL NTDFENSAPL VVTLVKNSVL K DERGSIIE RVIVDGELVY EEGQEPPEYT IHLDVDSKGV K

UniProtKB: Phage neck terminator protein gp12-like domain-containing protein

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分子 #4: Tube protein

分子名称: Tube protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage JohannRWettstein (ファージ)
分子量理論値: 16.203184 KDa
配列文字列:
MAMYQQYSPK DVVCSWNGIA IEGFAPDSFL RLQRTSPLVT PVVGAGGQVA LTRNADKTGT IEIELMQTSL SNQMLSAIQA KQDNMELEE DISSNFVIYD PSGSVLATGI NAWLQELPQI ELGRDQNSKT WIFGCEKLDY TSTIPASSV

UniProtKB: Uncharacterized protein

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分子 #5: Phage protein

分子名称: Phage protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage JohannRWettstein (ファージ)
分子量理論値: 11.67307 KDa
配列文字列:
MGTLTIDGKN KILATLTPTT IILHNVDPTA DPTANKVTQP VAIYFSEPDN GLIASEDTVN ITVPASATVS HYSLWDANDK CVATGALSK PQFFAEEGIY VISSVSVDLN K

UniProtKB: Phage protein

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分子 #6: Structural protein

分子名称: Structural protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage JohannRWettstein (ファージ)
分子量理論値: 48.916574 KDa
配列文字列: MWNPIVNVDI TLNTAGTTRE GFGLPLFLAS TDNFEERVRG YTSLTEVAED FDENTAAYKA AKQLWSQTPK VTQLYIGRRA MQYTVSIPN AVTESTDYSI TVAAGGGISQ PYQYTAQAED TAENVLQQFK TQIEADPTIK DKVSVNVTGS NGSATMIITK A GDNDFVKV ...文字列:
MWNPIVNVDI TLNTAGTTRE GFGLPLFLAS TDNFEERVRG YTSLTEVAED FDENTAAYKA AKQLWSQTPK VTQLYIGRRA MQYTVSIPN AVTESTDYSI TVAAGGGISQ PYQYTAQAED TAENVLQQFK TQIEADPTIK DKVSVNVTGS NGSATMIITK A GDNDFVKV TTTAQTVYIA STTADTASTA LAAIEAYSTD WYFIAAEDRT QQFVLAMASE IQARKKIFFT ANSDVTALQG TE LASANDV PAQLAKNMYT RTVCLWHHAA AEDYPEMAYI AYGAPYDAGS IAWGNAQLTG VAASLQPSNQ RPLTSIQKSA LDV RHCNFI DLDGGVPVVR RGITSGGEWI DIVRGVDWLE SDLKTSLRDL LINQKGGKIT YDDTGITRIR QVIETSLQRA VNRN FLSSY TVNVPKASQV ALADKKARIL KDVTFAGILA GAILDVDLKG TVAYE

UniProtKB: Structural protein

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分子 #7: Phage protein

分子名称: Phage protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage JohannRWettstein (ファージ)
分子量理論値: 16.980219 KDa
配列文字列:
MCYTGDPANN PLDRVRILCT DTNNDEILIE QSVLEWFYLE SGKDEKKAAI KALKYLLFQV AKMGDEKVGG VYLRNSSRFK SLKAVYDDL VKSSVSGLPY AGGINQCDID MRRQNPCSVK KYTEYGDAAR YEGRDYCNRV NGVFIIERDE

UniProtKB: Phage protein

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分子 #8: Collar protein

分子名称: Collar protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage JohannRWettstein (ファージ)
分子量理論値: 18.289898 KDa
配列文字列:
MAEVISISNA TRVHSYRGVL IITDKLSVEA GSRASLSGYI SDGGTSDVFT ICRLLDAPMS GKPFISGNCS EIVKIPFDSS CLLGVKLYN CENKRINVNS IEAAFITLDT AFQSPMTVNK DTNRLEYIFS QNDYKVLVKG KVYDMIVNVV DESGNHSTVL K QKVRFN

UniProtKB: Uncharacterized protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称式
10.0 mMTris HCL 7.4
10.0 mMmagnesium sulphateMgSO4
0.01 % W/VGelatin

詳細: Phage buffer
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE
詳細Mature viral particles with packaged genomes

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 49.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 20388
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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