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- PDB-9mt1: 1.53 A Crystal Structure of Housefly cytochrome c at pH 6.5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mt1
タイトル1.53 A Crystal Structure of Housefly cytochrome c at pH 6.5
要素Cytochrome c
キーワードELECTRON TRANSPORT / metalloproteins / Insect / Protostome / cytochrome c
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class IA/ IB / Cytochrome c / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHANOL / HEME C / METHANOL / Cytochrome c
類似検索 - 構成要素
生物種Musca domestica (イエバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.405 Å
データ登録者Zafreen, L. / Huang, L.-S. / Luemmen, P. / Berry, E.A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Insect Cytochrome c at different pH values.
著者: Zafreen, L. / Huang, L.-S. / Luemmen, P. / Berry, E.A.
履歴
登録2025年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c
B: Cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7018
ポリマ－23,3172
非ポリマー1,3846
水6,305350
1
A: Cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3554
ポリマ－11,6581
非ポリマー6973
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3464
ポリマ－11,6581
非ポリマー6883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.222, 34.152, 105.071
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.040, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-203-

NA

21A-365-

HOH

31B-455-

HOH

41B-463-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111(chain 'A' and ((resid 8 through 10 and (name N...
221(chain 'B' and ((resid 8 through 10 and (name N...
112(chain 'A' and ((resid 43 through 49 and (name N...
222(chain 'A' and ((resid 43 through 49 and (name N...
113(chain 'A' and ((resid 57 through 59 and (name N...
223(chain 'B' and ((resid 57 through 59 and (name N...

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.482633807305, 0.872490149181, 0.0763252751637), (0.875097539901, 0.476855303523, 0.0825428080592), (0.0356216746627, 0.106630010247, -0.993660473808)-3.02428054903, -1.4855041997, 50.3481056918
2given(1), (1), (1)
3given(-0.48709477716, 0.870737981962, 0.0674836634397), (0.871220710611, 0.479063624682, 0.107109835722), (0.0609356337902, 0.110965806779, -0.991954352912)-2.73933614849, -2.34992489683, 50.6377950108

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cytochrome c


分子量: 11658.432 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Musca domestica (イエバエ) / 器官: thorax / 組織: wing muscle / 参照: UniProt: A0A1I8N8V4

-
非ポリマー , 5種, 356分子

#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MOH / METHANOL


分子量: 32.042 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4O
#4: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL


分子量: 46.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 350 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.13 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.56
詳細: protein in 0.5 mM Na-EDTA, 20 mM Tris at pH of 7.5, was mixed with an equal volume of precipitant containing 0.1 M BIS-Tris pH 6.5, 28% w/v Polyethylene Glycol Monomethyl Ether 2000 and ...詳細: protein in 0.5 mM Na-EDTA, 20 mM Tris at pH of 7.5, was mixed with an equal volume of precipitant containing 0.1 M BIS-Tris pH 6.5, 28% w/v Polyethylene Glycol Monomethyl Ether 2000 and allowed to equilibrate by vapor diffusion against the same precipitant

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9804 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9804 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.405→29.196 Å / Num. obs: 36225 / % possible obs: 92.24 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.64 % / CC1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.138 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.405-1.451.670.694118410.5190.8270.5810.9157.44
1.45-1.493.130.6331.628520.6770.8990.3760.74187.3
1.49-1.553.720.5232.331190.7650.9310.2930.60395.09
1.55-1.614.670.3633.731300.8910.9710.180.40896.9
1.61-1.685.090.284531520.9340.9830.1340.31596.98
1.68-1.775.080.2266.231460.9550.9880.1070.25196.59
1.77-1.885.060.1847.431380.9710.9930.0870.20496.38
1.88-2.035.110.1519.131040.9790.9950.0710.16795.48
2.03-2.235.080.12211.430850.9840.9960.0570.13594.31
2.23-2.555.080.11112.430980.9870.9970.0520.12394.28
2.55-3.225.120.10414.131650.9880.9970.0480.11595.79
3.22-29.25.390.09816.333950.9890.9970.0450.10899.47

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3150精密化
PHENIXdev_3150精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.405→29.19 Å / SU ML: 0.1453 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.8901 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1853 1706 4.71 %random selection
Rwork0.1593 34513 --
obs0.1606 36219 92.23 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 18.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.405→29.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1642 0 95 350 2087
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00971856
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.11042530
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0782245
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0136323
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4018682
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.405-1.450.3239550.33751785X-RAY DIFFRACTION57.45
1.45-1.490.3058790.26922773X-RAY DIFFRACTION87.3
1.49-1.550.27691520.22112966X-RAY DIFFRACTION95.06
1.55-1.610.23531390.18872991X-RAY DIFFRACTION96.9
1.61-1.680.17011700.1682981X-RAY DIFFRACTION96.95
1.68-1.770.1981580.15322987X-RAY DIFFRACTION96.56
1.77-1.880.20481370.15043001X-RAY DIFFRACTION96.38
1.88-2.030.19541760.15322928X-RAY DIFFRACTION95.48
2.03-2.230.16251500.13812935X-RAY DIFFRACTION94.31
2.23-2.550.17261380.14132960X-RAY DIFFRACTION94.28
2.55-3.210.16461750.14722990X-RAY DIFFRACTION95.79
3.21-29.190.17571770.15213216X-RAY DIFFRACTION99.41
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2520818099060.03396351987630.02485592371770.1046520635090.04644807392230.107846957626-0.0440670751363-0.057906993758-0.1898194484450.0882522964367-0.0518128082014-0.02189614465650.155562316074-0.00266256236901-0.0007899690610960.1181013584670.01338928070340.006542976095330.06887599554360.008407399387210.125581591105-4.79425032228-22.359467427115.6084009013
20.8585144861240.1733738596090.093475458930.95670373234-0.06152198995260.0173521204632-0.0585964536824-0.1283543812350.05689654158020.127308373204-0.008219548285430.1944059143990.000911657502166-0.08024613148060.009986956849630.0696373320843-0.0002947724153880.003626955963160.0544790772073-0.01173092678680.116588417608-16.2723793307-11.209814173514.0835500956
30.0195803498876-0.0628652960409-0.087356582510.2008602293650.2790674736110.3877501250270.002188254271160.0841878341870.0290299565613-0.17229540623-0.06915072798750.161656153356-0.108872979418-0.165423385072-0.009484856567810.0967457695094-0.00277970001297-0.01942801249630.0966474015639-0.004277652108760.140468569166-13.1199719854-6.933066530254.58556500776
40.09302039408580.02251625078680.05031179824740.06124998276440.06079126631560.1562168618690.01037283988740.06868651451220.0128353852958-0.08987225494290.0232543628241-0.0187844759682-0.04886959600130.01417688909290.01210440908330.09015057454140.00276999356702-0.003619428680080.0577870809407-0.003255713619990.105222264166-3.057192022-8.812525950874.99685370462
50.0271292845284-0.0164428219549-0.02691069324080.0195328365478-0.002575878674390.0641024435230.0384488625539-0.0064494811596-0.02235148686640.0685868085098-0.010014369958-0.154402479296-0.061273117095-0.02505693830730.0004685530278110.0906842457166-0.0188356512476-0.001151789630560.0846066091963-0.005739219223140.1042289098922.12310960088-4.8227214799610.7727957401
60.2440787429880.003554395276730.06632820627780.1650375797650.1072567870580.08645175896830.00416780121526-0.1574271338440.01489656889260.1270044075220.04869761103010.005550293201520.1494564659980.05986048346070.02848658890350.09489753433370.0101094561414-0.004158359902830.0728939757968-0.01791547787140.112775946095-1.69123600201-6.2651956029515.4952460724
70.9676707817370.212241796328-0.03632634043010.0500546314519-0.02436285478920.0822834612801-0.05338637030550.09416886571650.0223815868451-0.004970459966860.03526067782480.01884523372750.0610933056799-0.0130906519406-0.007345852434260.07233925301790.00706739004395-0.009130381434020.0413957333283-0.005670252905520.0983777089597-5.4946408324-21.065618004910.8725698621
80.609673849563-0.278787859762-0.07478311629520.179609350998-0.03275575267080.266143728571-0.0139267209271-0.05241126588190.2130164517790.175923183349-0.04736304891290.1242778944260.061725529517-0.364564848481-0.06770097238570.1728956482940.02158361394740.03093998519310.260667679214-0.02534135608160.134941429467-18.2181274514-15.760985477331.7553154845
90.1700965330380.1196449339760.1974882111490.08434669459660.1391866605530.229443442687-0.07676293318980.0608224120274-0.1099558393420.01798853525910.0400455755425-0.01069861787920.07449008088560.1558643382-0.009311634270370.1463161036540.07357476352330.01046488625060.1725153559810.01354249397650.114776590068-3.41446046956-20.108843069434.2254342722
100.01763382331960.03280409113480.01282268797140.06130308457230.02532142818010.0132523079368-0.0388868679023-0.230641021478-0.1268441244420.290127785680.0346761951582-0.1263365131430.1441367954350.11446070837-0.00048377136430.2176205605820.074049893786-0.01416646490780.2440443273110.01599755273290.139688591488-1.93300090649-16.271333594744.6941665706
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130.02942229942420.0161895903785-0.0156136010660.02130746550740.001494210009570.0163877834389-0.070073532483-0.03379506274280.06372182333420.1290425379660.1103112357440.13942792031-0.02460903824-0.266925758236-6.02276120335E-50.2219332298310.06403391986740.03181080281050.2560524508940.02270028432840.161618140104-17.2097431652-15.721581699437.2724425759
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -3 through 13 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 14 through 33 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 34 through 49 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 50 through 69 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 70 through 74 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 75 through 87 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 88 through 103 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid -3 through 13 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 14 through 33 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 34 through 49 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 50 through 60 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 61 through 87 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 88 through 103 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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