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- PDB-9msz: 1.1 A Crystal Structure of Housefly Cytochrome c at pH 9.7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9msz
タイトル1.1 A Crystal Structure of Housefly Cytochrome c at pH 9.7
要素Cytochrome c
キーワードELECTRON TRANSPORT / metalloproteins / Insect / Protostome / cytochrome c / Alkaline pH
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class IA/ IB / Cytochrome c / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BICARBONATE ION / HEME C / Cytochrome c
類似検索 - 構成要素
生物種Musca domestica (イエバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Zafreen, L. / Huang, L.-S. / Luemmen, P. / Berry, E.A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Insect Cytochrome c at different pH values.
著者: Zafreen, L. / Huang, L.-S. / Luemmen, P. / Berry, E.A.
履歴
登録2025年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c
B: Cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6155
ポリマ－23,3172
非ポリマー1,2983
水6,630368
1
A: Cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3383
ポリマ－11,6581
非ポリマー6802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2772
ポリマ－11,6581
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.038, 59.682, 52.127
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.865, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome c


分子量: 11658.432 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Musca domestica (イエバエ) / 器官: Thorax / 組織: Wing muscle / 参照: UniProt: A0A1I8N8V4
#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸


分子量: 61.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 368 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.4 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.7
詳細: Concentrated protein in 0.5 mM EDTA, 20 mM Tris-HCL pH 7.5 was mixed with an equal volume of precipitant containing 0.1 M Glycine pH 10.0 and 28% w/v Polyethylene Glycol Monomethyl Ether 2000 ...詳細: Concentrated protein in 0.5 mM EDTA, 20 mM Tris-HCL pH 7.5 was mixed with an equal volume of precipitant containing 0.1 M Glycine pH 10.0 and 28% w/v Polyethylene Glycol Monomethyl Ether 2000 and allowed to vapor diffuse against a reservoir of the same precipitant

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9804 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9804 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→32.575 Å / Num. obs: 76813 / % possible obs: 95.04 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.16 % / Biso Wilson estimate: 9.22 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.1-1.135.890.2255.639920.9630.990.1060.27864.29
1.13-1.167.270.2067.851160.9790.9950.0780.22182.76
1.16-1.29.660.18310.358950.9880.9970.0610.19395.73
1.2-1.2413.10.16713.161110.9920.9980.0490.17498.52
1.24-1.2913.440.1481561690.9930.9980.0420.15499.13
1.29-1.3513.580.12517.461340.9950.9990.0350.1399.26
1.35-1.4213.660.10819.461860.9960.9990.0310.1399.47
1.42-1.5113.740.0922.361640.9970.9990.0250.09399.74
1.51-1.6313.810.07824.562360.9980.9990.0220.08199.89
1.63-1.7913.920.0726.862290.99810.0190.072100
1.79-2.0513.910.0642962090.99810.0180.066100
2.05-2.5913.490.06230.562590.9980.9990.0180.064100
2.59-32.57510.140.06626.261140.9910.9980.0250.07196.62

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3150精密化
PHENIXdev_3150精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.1→32.575 Å / SU ML: 0.0632 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.55 / 位相誤差: 13.9739 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1509 1869 2.43 %
Rwork0.1307 74935 -
obs0.1312 76804 95.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 16.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→32.575 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1642 0 90 368 2100
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091877
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.15622559
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0782247
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0124327
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.939689
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.1-1.130.1795960.17773892X-RAY DIFFRACTION64.21
1.13-1.160.1571180.13055000X-RAY DIFFRACTION82.78
1.16-1.20.15271480.11765750X-RAY DIFFRACTION95.72
1.2-1.240.13621490.11685959X-RAY DIFFRACTION98.52
1.24-1.290.17491530.11926011X-RAY DIFFRACTION99.12
1.29-1.350.14881430.11465993X-RAY DIFFRACTION99.27
1.35-1.420.13251540.10736029X-RAY DIFFRACTION99.45
1.42-1.510.11311460.10376018X-RAY DIFFRACTION99.74
1.51-1.630.13421520.10816084X-RAY DIFFRACTION99.89
1.63-1.790.15911480.11926082X-RAY DIFFRACTION99.98
1.79-2.050.16731550.13426052X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.590.15741550.13676105X-RAY DIFFRACTION100
2.59-32.5750.15031520.15035960X-RAY DIFFRACTION96.62

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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